Helseøkonomisk evaluering av ikke-invasiv prenatal eksklusjonsdiagnostikk (PRENATSAFE)

Siden oppdagelsen av en liten del av sirkulerende cellefritt foster-DNA (ccffDNA) i mors blod, har ikke-invasiv prenatal diagnostikk (NIPD)-teknikker som bruker en enkel blodprøve blitt utviklet for å 1) screene for kromosomale abnormaliteter, 2) diagnostisere fosters kjønn, og 3) oppdage varianter som ikke bæres av moren (eksklusjons-NIPD ved PCR).

Eksklusjons-NIPD ved PCR er for tiden tilgjengelig for visse vanlige varianter, men utviklingen av det for hver variant tar 3–6 uker per senter. Utviklingsprosessen for PCR-NIPD er langvarig og kostbar for hver variant som testes, noe som begrenser tilgangen til denne teknikken. I praksis er denne teknikken ikke bredt tilgjengelig for par med risiko for å overføre en alvorlig monogen sykdom i Frankrike, på grunn av det store antallet forskjellige gener og flere varianter av et gitt gen.

Neste-generasjons sekvensering (NGS) er basert på den samtidige, parallelle utførelsen av millioner av sekvenseringsreaksjoner, noe som muliggjør at den samme nukleotidsekvensen blir sekvensert hundrevis av ganger. Den gir kvalitativ informasjon om naturen til den sekvenserte basen, samt kvantitativ informasjon om antall ganger basen har blitt sekvensert (lesninger). Selv om den bare tillater analyse av rundt 2 % av hele genomet, tilsvarer NGS-sekvensering av eksomet nesten alle eksonene i de omtrent 22 000 genene i vårt genom. Dette genererer imidlertid store mengder data, noe som fører til ekstra kostnader.

Siden den ble bredt tatt i bruk av diagnostiske laboratorier, har noen team utviklet en NGS-basert NIPD for eksklusjon av en patogen variant. Den tillater analyse av flere patogene varianter uten å kreve en ekstra utviklingsfase. De har vist at NGS-basert NIPD er en robust og pålitelig teknologi, men en som medfører ekstra reagenskostnader.

I Frankrike utføres det 1 700 til 1 800 prenataldiagnostiske tester (PND) for monogene sykdommer hvert år på grunn av familiær historie. Mellom 35 og 40 % av par som gjennomgår invasiv PND, kan dra nytte av NIPD ved NGS, som foreslått i PrenatSafe-prosjektet. Den økte tilgjengeligheten av NIPD, enten ved PCR eller NGS, kan også påvirke etterspørselen fra par på lang sikt. I Frankrike vil innføringen av NIPD ved NGS sannsynligvis føre til en økning i forespørsler om NIPD, ettersom mange par med lav risiko for tilbakefall (ved de novo-mutasjoner) sannsynligvis vil velge det på grunn av mangelen på iatrogenisitet.

Den raske og utbredte økningen av NIPD ved NGS, muliggjort ved bruk av en standardisert, generaliserbar teknikk som NGS, vil transformere vår praksis over hele landet. PrenatSafe-prosjektet har derfor som mål å evaluere kostnad/nytte-forholdet for NIPD ved NGS sammenlignet med den nåværende standardprosedyren: NIPD ved PCR når den utføres i klinisk praksis eller PND ved invasiv prøvetaking (trofoblastbiopsi eller amniocentese), ved bruk av en automatisert, standardisert NGS-teknikk som involverer eksomsekvensering, som dekker nesten alle indikasjoner for eksklusjons-NIPD.

Dette prosjektet er den første kostnadskonsekvensanalysen av prospektiv eksombasert NIPD, ved bruk av en enkelt standardisert teknikk. Målet er å overføre denne innovative teknologien til rutinemessig praksis hvis den viser seg å være fordelaktig og økonomisk levedyktig. Eksombasert NIPD for eksklusjon kan være fullstendig automatisert, fra ccffDNA-ekstraksjon til sekvensering. Dette reduserer risikoen for menneskelige feil og bringer behandlingstidene i samsvar med kravene til prenatal diagnostikk. Hvis den lykkes, vil eksombasert NIPD bli et tidligere alternativ til invasiv PND uten å øke risikoen for foster tap. Den vil være tilgjengelig for et svært stort antall indikasjoner og kan enkelt overføres til andre prenataldiagnostiske sentre i Frankrike.