Hospodářské hodnocení neinvazivní prenatální exkluzivní diagnostiky (PRENATSAFE)

Od objevu malého množství cirkulující volné fetální DNA (ccffDNA) v krvi matky byly vyvinuty neinvazivní prenatální diagnostické (NIPD) techniky využívající jednoduchý odběr krve, které slouží k 1) screeningu chromozomálních abnormalit, 2) diagnostice pohlaví plodu a 3) detekci variant, které matka nenese (vylučovací NIPD pomocí PCR).

Vylučovací NIPD pomocí PCR je v současnosti dostupná pro určité běžné varianty, ale vývoj pro každou variantu trvá v každém centru 3–6 týdnů. Vývojový proces pro PCR NIPD je pro každou testovanou variantu zdlouhavý a nákladný, což přístup k této technice omezuje. V praxi není tato technika ve Francii široce dostupná pro páry s rizikem přenosu závažného monogenního onemocnění kvůli velkému počtu různých genů a mnoha variantám daného genu.

Sekvenování nové generace (NGS) je založeno na současném, paralelním provádění milionů sekvenačních reakcí, což umožňuje sekvenování stejné nukleotidové sekvence stokrát. Poskytuje kvalitativní informace o povaze sekvenované báze i kvantitativní informace o počtu, kolikrát byla báze sekvenována (čtení). Ačkoli umožňuje analyzovat pouze asi 2 % celého genomu, sekvenování exomu pomocí NGS odpovídá téměř všem exonům přibližně 22 000 genů v našem genomu. To však generuje velké množství dat, což vede k dalším nákladům.

Od jeho rozšířeného přijetí diagnostickými laboratořemi některé týmy vyvinuly NIPD založenou na NGS pro vyloučení patogenní varianty. Umožňuje analyzovat více patogenních variant bez nutnosti další vývojové fáze. Prokázaly, že NIPD založená na NGS je robustní a spolehlivá technologie, která však zahrnuje dodatečné náklady na činidla.

Ve Francii se ročně provádí 1 700 až 1 800 prenatálních diagnostických testů (PND) na monogenní onemocnění z důvodu rodinné anamnézy. Mezi 35 a 40 % párů podstupujících invazivní PND by mohlo mít prospěch z NIPD pomocí NGS, jak navrhuje projekt PrenatSafe. Zvýšená dostupnost NIPD, ať už pomocí PCR nebo NGS, by také mohla dlouhodobě ovlivnit poptávku párů. Ve Francii zavedení NIPD pomocí NGS pravděpodobně povede ke zvýšení žádostí o NIPD, protože mnoho párů s nízkým rizikem recidivy (v případě de novo mutací) si ji pravděpodobně zvolí kvůli absenci iatrogenicity.

Rychlý a rozšířený nástup NIPD pomocí NGS, umožněný použitím standardizované, zobecnitelné techniky, jako je NGS, změní naše postupy po celé zemi. Projekt PrenatSafe si proto klade za cíl vyhodnotit poměr nákladů a přínosů NIPD pomocí NGS ve srovnání se současným standardním postupem: NIPD pomocí PCR při provádění v klinické praxi nebo PND pomocí invazivního odběru (biopsie trofoblastu nebo amniocentézy), s využitím automatizované, standardizované NGS techniky zahrnující sekvenování exomu, která pokrývá téměř všechny indikace pro vylučovací NIPD.

Tento projekt je první analýzou nákladů a důsledků prospektivní NIPD založené na exomu s použitím jedné standardizované techniky. Cílem je převést tuto inovativní technologii do rutinní praxe, pokud se prokáže jako prospěšná a ekonomicky životaschopná. NIPD založená na exomu pro vyloučení může být plně automatizovaná, od extrakce ccfDNA po sekvenování. To snižuje riziko lidské chyby a přizpůsobuje dobu zpracování požadavkům prenatální diagnostiky. Pokud bude úspěšná, NIPD založená na exomu by se stala dřívější alternativou k invazivní PND bez zvýšení rizika ztráty plodu. Byla by dostupná pro velmi velký počet indikací a mohla by být snadno přenesena do dalších prenatálních diagnostických center ve Francii.