Экономическая оценка здравоохранения неинвазивной пренатальной диагностики исключения (PRENATSAFE)

С момента обнаружения небольшой доли циркулирующей бесклеточной фетальной ДНК (цбфДНК) в крови матери были разработаны методы неинвазивной пренатальной диагностики (НИПД), использующие простой образец крови, для 1) скрининга хромосомных аномалий, 2) определения пола плода и 3) выявления вариантов, не переносимых матерью (НИПД на исключение методом ПЦР).

НИПД на исключение методом ПЦР в настоящее время доступна для определённых распространённых вариантов, но разработка метода для каждого варианта занимает 3–6 недель на центр. Процесс разработки ПЦР НИПД для каждого тестируемого варианта длителен и затратен, что ограничивает доступность этой методики. На практике эта техника не является широкодоступной для пар с риском передачи тяжёлого моногенного заболевания во Франции из-за большого количества различных генов и множественных вариантов одного гена.

Секвенирование нового поколения (NGS) основано на одновременном, параллельном выполнении миллионов реакций секвенирования, позволяя секвенировать одну и ту же нуклеотидную последовательность сотни раз. Оно предоставляет качественную информацию о природе секвенированного основания, а также количественную информацию о количестве раз, которое основание было секвенировано (риды). Хотя оно позволяет анализировать только около 2% всего генома, секвенирование экзома методом NGS соответствует почти всем экзонам примерно 22 000 генов в нашем геноме. Однако это генерирует большой объём данных, что ведёт к дополнительным затратам.

С момента широкого внедрения NGS диагностическими лабораториями, некоторые команды разработали НИПД на основе NGS для исключения патогенного варианта. Это позволяет анализировать множественные патогенные варианты без необходимости дополнительной фазы разработки. Они продемонстрировали, что НИПД на основе NGS — это надёжная и достоверная технология, но она влечёт дополнительные затраты на реагенты.

Во Франции ежегодно проводится от 1700 до 1800 пренатальных диагностических тестов (ПД) на моногенные заболевания из-за семейного анамнеза. От 35 до 40% пар, проходящих инвазивный ПД, могли бы получить пользу от НИПД методом NGS, как предлагается в проекте PrenatSafe. Увеличение доступности НИПД, будь то методом ПЦР или NGS, также может повлиять на спрос со стороны пар в долгосрочной перспективе. Во Франции внедрение НИПД методом NGS, вероятно, приведёт к увеличению запросов на НИПД, поскольку многие пары с низким риском рецидива (в случае de novo мутаций), вероятно, выберут её из-за отсутствия ятрогенности.

Быстрый и широкий рост НИПД методом NGS, ставший возможным благодаря использованию стандартизированной, обобщаемой техники, такой как NGS, преобразует нашу практику по всей стране. Таким образом, проект PrenatSafe направлен на оценку соотношения затрат и выгод НИПД методом NGS по сравнению с текущим стандартным протоколом: НИПД методом ПЦР, когда она выполняется в клинической практике, или ПД методом инвазивного забора (биопсия трофобласта или амниоцентез), с использованием автоматизированной, стандартизированной техники NGS, включающей секвенирование экзома, которое охватывает почти все показания для НИПД на исключение.

Этот проект представляет собой первый анализ затрат и последствий проспективной НИПД на основе экзома с использованием единой стандартизированной методики. Цель — внедрить эту инновационную технологию в рутинную практику, если она окажется полезной и экономически жизнеспособной. НИПД на основе экзома для исключения может быть полностью автоматизирована, от экстракции цбфДНК до секвенирования. Это снижает риск человеческой ошибки и приводит сроки выполнения в соответствие с требованиями пренатальной диагностики. В случае успеха НИПД на основе экзома станет более ранней альтернативой инвазивному ПД, не увеличивая риск потери плода. Она будет доступна для очень большого числа показаний и может быть легко передана другим центрам пренатальной диагностики во Франции.