Ocena ekonomiczna w opiece zdrowotnej nieinwazyjnej prenatalnej diagnostyki wykluczenia (PRENATSAFE)

Od czasu odkrycia niewielkiej frakcji płodowego DNA wolno krążącego (ccffDNA) we krwi matki, opracowano nieinwazyjne techniki diagnostyki prenatalnej (NIPD) wykorzystujące prostą próbkę krwi, aby: 1) badać przesiewowo pod kątem nieprawidłowości chromosomalnych, 2) diagnozować płeć płodu oraz 3) wykrywać warianty nieprzenoszone przez matkę (wykluczające NIPD metodą PCR).

Wykluczające NIPD metodą PCR jest obecnie dostępne dla niektórych powszechnych wariantów, ale opracowanie go dla każdego wariantu zajmuje 3-6 tygodni na ośrodek. Proces opracowywania PCR NIPD jest długotrwały i kosztowny dla każdego testowanego wariantu, co ogranicza dostęp do tej techniki. W praktyce technika ta nie jest szeroko dostępna dla par zagrożonych przekazaniem ciężkiej choroby monogenowej we Francji, ze względu na dużą liczbę różnych genów i wiele wariantów danego genu.

Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) opiera się na jednoczesnym, równoległym przeprowadzaniu milionów reakcji sekwencjonowania, umożliwiając sekwencjonowanie tej samej sekwencji nukleotydowej setki razy. Dostarcza ono informacji jakościowych o naturze sekwencjonowanej zasady, a także informacji ilościowych o liczbie razy, gdy baza została zsekwencjonowana (odczyty). Chociaż pozwala ono na analizę zaledwie około 2% całego genomu, sekwencjonowanie egzomu metodą NGS odpowiada prawie wszystkim eksonom około 22 000 genów w naszym genomie. Jednak generuje to dużą ilość danych, prowadząc do dodatkowych kosztów.

Od czasu jego powszechnego przyjęcia przez laboratoria diagnostyczne, niektóre zespoły opracowały NIPD oparte na NGS w celu wykluczenia wariantu patogennego. Pozwala ono na analizę wielu wariantów patogennych bez konieczności dodatkowej fazy opracowywania. Wykazały one, że NIPD oparte na NGS jest solidną i niezawodną technologią, ale wiąże się z dodatkowymi kosztami odczynników.

We Francji każdego roku wykonuje się 1700 do 1800 prenatalnych testów diagnostycznych (PND) dla chorób monogenowych z powodu historii rodzinnej. Od 35 do 40% par poddających się inwazyjnemu PND mogłoby skorzystać z NIPD metodą NGS, jak proponuje się w projekcie PrenatSafe. Zwiększona dostępność NIPD, czy to metodą PCR czy NGS, może również wpłynąć na długoterminowe zapotrzebowanie par. We Francji wprowadzenie NIPD metodą NGS prawdopodobnie doprowadzi do wzrostu liczby wniosków o NIPD, ponieważ wiele par z niskim ryzykiem nawrotu (w przypadku mutacji de novo) prawdopodobnie wybierze je ze względu na brak jatrogenności.

Szybki i powszechny wzrost NIPD metodą NGS, umożliwiony przez zastosowanie ustandaryzowanej, uogólnialnej techniki takiej jak NGS, przekształci nasze praktyki w całym kraju. Projekt PrenatSafe ma zatem na celu ocenę stosunku kosztów do korzyści NIPD metodą NGS w porównaniu z obecną standardową procedurą: NIPD metodą PCR, gdy jest wykonywane w praktyce klinicznej, lub PND poprzez inwazyjne pobieranie próbek (biopsję trofoblastu lub amniopunkcję), przy użyciu zautomatyzowanej, ustandaryzowanej techniki NGS obejmującej sekwencjonowanie egzomu, która pokrywa prawie wszystkie wskazania do wykluczającego NIPD.

Ten projekt jest pierwszą analizą kosztów i konsekwencji prospektywnego NIPD opartego na egzomie, przy użyciu jednej ustandaryzowanej techniki. Celem jest wdrożenie tej innowacyjnej technologii do rutynowej praktyki, jeśli okaże się korzystna i ekonomicznie opłacalna. NIPD oparte na egzomie do wykluczenia można w pełni zautomatyzować, od ekstrakcji ccfDNA do sekwencjonowania. Zmniejsza to ryzyko błędu ludzkiego i dostosowuje czasy realizacji do wymagań diagnostyki prenatalnej. W przypadku sukcesu, NIPD oparte na egzomie stałoby się wcześniejszą alternatywą dla inwazyjnego PND bez zwiększania ryzyka utraty płodu. Byłoby dostępne dla bardzo dużej liczby wskazań i mogłoby być łatwo przeniesione do innych ośrodków diagnostyki prenatalnej we Francji.