Związek genów związanych z autofagią, LncRNA i SNP z rakiem jelita grubego w populacji egipskiej

Rak jelita grubego (RJG) jest częstym nowotworem przewodu pokarmowego 1. Jest trzecią najczęstszą przyczyną śmierci na świecie. Ogólny wskaźnik 5-letnich przeżyć wynosi mniej niż 40%, a częstość występowania wzrasta 2. Jednak rokowanie i terapia nie uległy istotnej poprawie. Dlatego konieczna jest odpowiednia selekcja chorych do agresywnego leczenia, pilnie potrzebne są nowe strategie terapeutyczne i prognostyczne 3.

Autofagia to ścieżka samotrawienia, w której niepożądane składniki cytoplazmatyczne są poddawane recyklingowi 4. W normalnych warunkach autofagia jest niezbędna dla homeostazy komórkowej 5. Autofagia pełni podwójną rolę w komórkach nowotworowych, stymulację lub supresję, wpływając na progresję i onkogenezę 6. Ostatnie badania wykazały, że autofagia jest ważnym celem w kontrolowaniu raka w zależności od stadium i rodzaju nowotworu 7. Różnorodne mechanizmy molekularne przyczyniają się do oporności komórek nowotworowych na leczenie 8. Wśród tych mechanizmów autofagia wydaje się krytyczna 9.

EIF4EBP1 (Eukariotyczny czynnik inicjacji translacji 4E-binding protein 1) jest kodowany przez gen EIF4EBP1. Działa jako efektor w szlaku mTOR (mammilian target of rapamycin), który po aktywacji EIF4EBP1 jest fosforylowany, promując proliferację komórek 10. Badania sugerują, że EIF4EBP1 promuje rakotwórczość, podobnie jak w raku wątrobowokomórkowym. Jednak jego rola w CRC nie została wyjaśniona 10.

Długie niekodujące RNA (lncRNA) to grupa RNA o długości 200 nukleotydów i długości 11 ,. Ekspresję lncRNA odkryto w wielu nowotworach, działając jako onkogeny. Ostatnio zwrócono uwagę na transkrypt HOXA (białko regulatorowe transkrypcji hydrogenazy) na dystalnej końcówce (HOTTIP). Jest on regulowany w górę w tkance CRC, regulując geny poprzez modyfikację epigenetyczną. Dlatego może być kandydatem do rakotwórczości i terapii CRC 12.

Na ekspresję lncRNA mogą wpływać polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (SNP), najczęstsza zmienność genetyczna w ludzkich genomach13. rs1859168 został zgłoszony jako potencjalny funkcjonalny polimorfizm na HOTTIP, który zmienia jego poziom ekspresji 14. Niedawno doniesiono również, że HOTTIP zwiększa ekspresję interleukiny 6, która nasila ucieczkę immunologiczną komórek rakowych 15.