Sammenslutning af autofagi-relaterede gener, LncRNA og SNP'er med kolorektal cancer i egyptisk befolkning

Kolorektal cancer (CRC) er en almindelig tumor i fordøjelseskanalen 1. Det er den tredje hyppigste dødsårsag i verden. Samlet 5-års overlevelsesrate er mindre end 40%, og forekomsten er stigende 2. Prognosen og behandlingen er dog ikke blevet væsentligt forbedret. Derfor er en ordentlig udvælgelse af patienter til aggressiv behandling nødvendig, nye terapeutiske og prognostiske strategier er tvingende nødvendige 3.

Autofagi er en vej til selvfordøjelse, hvor uønskede cytoplasmatiske komponenter genbruges 4. Under normale forhold er autofagi essentiel for cellulær homeostase 5. Autofagi har to roller i kræftceller, stimulering eller undertrykkelse, med virkninger på progression og onkogenese 6. Nyere forskning har fastslået, at autofagi er et vigtigt mål for at kontrollere cancer afhængigt af stadie og type af tumor 7. Forskellige molekylære mekanismer bidrager til cancercellers modstandsdygtighed over for behandling 8. Blandt disse mekanismer ser autofagi ud til at være kritisk 9.

EIF4EBP1 (Eukaryot translation initiation factor 4E-binding protein 1) er kodet af EIF4EBP1 genet. Det fungerer som en effektor i mTOR (mammilian target of rapamycin) pathway, som ved aktivering er EIF4EBP1 phosphoryleret, hvilket fremmer celleproliferation 10. Undersøgelser har antydet, at EIF4EBP1 fremmer carcinogenese som ved hepatocellulært karcinom. Dets rolle i CRC er dog ikke blevet belyst 10.

Lange ikke-kodende RNA'er (lncRNA'er) er gruppe af RNA, 200 nukleotider i længden 11,. Ekspression af lncRNA'er er blevet opdaget i flere tumorer, der fungerer som onkogener. 'HOXA(hydrogenase transcriptional regulatory protein) transcript at the distal tip' (HOTTIP) har fået opmærksomhed på det seneste. Det er opreguleret i CRC-væv og regulerer gener via epigenetisk modifikation. Derfor kan det være en kandidat til cancerisering og terapi af CRC 12.

Ekspression af lncRNA'er kan påvirkes af enkeltnukleotidpolymorfismer (SNP'er), den mest almindelige genetiske variation i humane genomer13. rs1859168 blev rapporteret som en potentiel funktionel polymorfi på HOTTIP, der ændrer dets ekspressionsniveau 14. Det blev også for nylig rapporteret, at HOTTIP øger interleukin 6-ekspression, som forstærker immunudslip af cancerceller 15.