Mikrobiota jelitowa TNBC podczas leczenia neoadjuwantowego

Jest to randomizowane, prospektywne badanie na małej grupie 30 pacjentów (badanie pilotażowe). Po włączeniu uczestników zostaną losowo przydzieleni w stosunku 2:1 w oparciu o interwencję żywieniową (spersonalizowane doradztwo dotyczące zwiększania spożycia błonnika i utrzymywania odpowiedniego spożycia kalorii podczas leczenia raka piersi) lub ulotkę edukacyjną na temat zwiększania spożycia błonnika. Randomizacja zostanie ukryta za pomocą generatora liczb losowych. Badacze i pracownicy służby zdrowia nie zostaną oślepieni ze względu na charakter samej interwencji, ale cała dokumentacja związana ze spersonalizowaną interwencją żywieniową nie będzie częścią elektronicznej dokumentacji medycznej uczestnika. Współbadacze kończący analizę danych będą nieświadomi zadań grupowych uczestników.

Zgoda zostanie uzyskana po dokonaniu zapisu. Zmienne, które należy zebrać w ramach podstawowego kwestionariusza demograficznego, obejmują: wiek, płeć, stan cywilny, poziom wykształcenia, status zatrudnienia, roczny dochód, miejsce zamieszkania (kod pocztowy), BMI, przyjmowane leki i dawkę, stopień zaawansowania TNBC w chwili rozpoznania oraz rodzaj leczenia ( S).

Uczestnicy uzupełnią: tymczasowe aktualizacje leków, w tym stosowanie antybiotyków (ankieta przejściowa), objawy żołądkowo-jelitowe przy użyciu oceny objawów PROMIS GI, spożycie diety (NCI-DSQ) z dwoma 24-godzinnymi dziennikami posiłków, stan sprawności (skala FACT-G), lęk (skala FACT-G). GAD-7) i depresja (PHQ-9) oraz aktywność fizyczna (RAPA). Jeśli uczestnicy zgłoszą umiarkowanie ciężki lęk i/lub depresję odpowiednio w ankietach GAD-7 i/lub PHQ-9, zostaną powiadomieni telefonicznie lub e-mailem, aby skontaktowali się ze swoim lekarzem podstawowej opieki zdrowotnej lub onkologiem w celu uzyskania szybkiej oceny. Próbki kału będą pobierane na początku badania (przed leczeniem), po 6 tygodniach, 12 tygodniach, 18 tygodniach i 24 tygodniach. 6-tygodniowy okres przerwy wybrano w oparciu o oczekiwane cykle leczenia doksorubicyną/cyklofosfamidem o dużej dawce i taksolem +/- pembrolizumabem. Odstęp ten wybrano również na podstawie minimalnego czasu oczekiwanego dla potencjalnych zmian w spożyciu diety i objawów podczas leczenia. Przypomnienia o ankietach będą wysyłane za pośrednictwem aplikacji co 6 tygodni, a dane będą eksportowane do RedCap.

Interwencja żywieniowa dla grupy leczonej – spersonalizowane doradztwo dotyczące zwiększenia spożycia błonnika i utrzymania odpowiedniego spożycia kalorii podczas leczenia – będzie prowadzona jako (1) 60-minutowa wstępna konsultacja telezdrowia w pierwszym tygodniu od włączenia do badania oraz (2) maksymalnie dwie 30-minutowe wizyty kontrolne w trakcie badania, najlepiej pierwsza wizyta kontrolna w ciągu 6 tygodni od włączenia do badania. Sesje te będą prowadzone przez dyplomowanego dietetyka, wykorzystując świadomość kulturową i ocenę objawów. Notatki z sesji zostaną dołączone do dokumentacji medycznej uczestników. Interwencja uczestników kontrolnych będzie miała formę ulotki edukacyjnej na temat zwiększania spożycia błonnika. Studenci studiów magisterskich na Uniwersytecie Stanowym w San Diego (SDSU) w zakresie ćwiczeń i nauk o żywieniu pomogą wszystkim uczestnikom w wypełnieniu dwóch 24-godzinnych dzienników żywności ASA24 w każdym punkcie czasowym wraz z innymi ankietami. Skład składników odżywczych podany w dziennikach 24-godzinnych będzie analizowany w SDSU przy użyciu ASA24.

Uczestnicy będą pobierać próbki kału za pomocą zestawu badawczego Zymo Research, który, jak wcześniej wykazano, jest równie skuteczny jak większa próbka kału (miarka)10 wysyłana do domu. Zestaw ten zawiera probówkę do zbierania kału, łapacz kału, torbę na zagrożenie biologiczne, rękawiczki i wielojęzyczne instrukcje. Aby zachęcić do uczestnictwa i pozostania w programie, uczestnicy otrzymają bon upominkowy o wartości 40 dolarów na próbkę kału z całkowitą rekompensatą do 200 dolarów. Uczestnicy będą przesyłać próbki kału pocztą do Biorepozytorium Scripps i przetwarzać je w celu przechowywania w temperaturze -80 stopni C. Po pobraniu wszystkich próbek zostaną one przesłane do Scripps Genomics Core w celu ekstrakcji DNA i sekwencjonowania 16S. Analiza danych sekwencjonowania przeprowadzona przez CCBB obejmie klasyfikację taksonomiczną, tabele liczebności, analizę różnorodności (wskaźniki alfa i beta) oraz wykresy analizy głównych składowych (PCA). Analizy podzbiorów porównają uczestników z wysokim/niskim spożyciem błonnika, wysokim/niskim spożyciem kalorii, nadwagą/brakiem nadwagi według BMI i leczeniem ukierunkowanym na raka (samą chemioterapią lub z immunoterapią).

Dane z ankiety zostaną zaimportowane do GraphPad Prism w celu wizualizacji i analiz. Dla każdej pozycji ankiety zebranej we wszystkich 5 punktach czasowych zostanie zastosowany model efektów mieszanych, w którym wynik pozycji ankiety jest zmienną zależną, grupa (kontrola lub interwencja żywieniowa) i punkt czasowy to efekty stałe, a uczestnik jest traktowany jako efekt losowy . Model efektów mieszanych wykorzystuje ograniczone oszacowanie największej wiarygodności w celu uwzględnienia brakujących wartości. Reszty zostaną zbadane, aby upewnić się, że osiągnięto przybliżenie normalności. Wartości p zostaną podane dla każdego ustalonego efektu (grupy i czasu) oraz interakcji między tymi efektami, podane jako czas x grupa.

Do analizy TME na podstawie retrospektywnego przeglądu wykresów zostanie wybranych maksymalnie 3 uczestników przyjmujących dietę bogatą w błonnik, u których wystąpiła pCR i 3 uczestników z chorobą resztkową (tj. łącznie maksymalnie 6 uczestników), a próbki biopsyjne przed i po leczeniu zostaną wybrane zidentyfikowane w Zakładzie Patologii. Próbki będą dalej przetwarzane i montowane na szkiełkach, każdy z 1 uczestnikiem z dopasowanymi próbkami przed i po leczeniu neoadjuwantowym na szkiełku w celu przestrzennego profilowania transkrypcyjnego GeoMx 96 regionów zainteresowania (ROI) za pośrednictwem Scripps Genomics Core. CCBB przeprowadzi analizę statystyczną w celu zidentyfikowania szlaków sygnałowych i składu komórek odpornościowych w TNBC.

Na koniec badania uczestnikom zostanie zaoferowany udział w sesji indywidualnej za pośrednictwem platformy wideokonferencji (takiej jak Zoom), aby zapewnić uczestnikom możliwość podzielenia się własnymi słowami swoimi doświadczeniami z badania i korzystania z narzędzia aplikacja ankietowa. W szczególności uczestnicy zostaną poproszeni o omówienie użyteczności dostarczonych materiałów edukacyjnych, łatwości poruszania się po aplikacji badawczej i udziału w badaniu, a także innych informacji zwrotnych, które pomogą onkologom medycznym i dietetykom w ciągłym ulepszaniu doświadczeń pacjentów podczas leczenia neoadiuwantowego. Uczestnicy, którzy odinstalują aplikację CareEvolution lub nie będą z nią korzystać przez ponad 60 dni, zostaną wyrejestrowani z badania.