Rozproszone biobanki chorób rzadkich: model gromadzenia próbek/danych przy zastosowaniu zrównoważonych i wspólnych kryteriów (SATELLITES)

Cel szczegółowy 1. Utworzenie Rozproszonego Biobanku Rozwoju Obszarów Wiejskich. Celem naszego projektu jest utworzenie biobanku rozproszonego chorób rzadkich jako sieci nowatorskich, dedykowanych i już istniejących biobanków, aby przezwyciężyć niedobory próbek biologicznych na choroby rzadkie i udostępnić wysokiej jakości materiał do przyszłych wspólnych badań w ramach współpracy krajowej i międzynarodowej. Sieć będzie obejmować głównie biobanki skupiające się na chorobach sercowo-naczyniowych i neurologicznych. Zostanie zorganizowane zgodnie z dwukierunkowym modelem Hub&Spoke, w którym każdy biobank chorób rzadkich pełni funkcję scentralizowanego centrum próbek i danych zebranych od pacjentów z chorobami rzadkimi, którzy odnoszą się do jego własnej instytucji/centrum, a także pełni funkcję rzecznika innych biobanków chorób rzadkich w sieci. Każdy biobank będzie pełnił funkcję centrum gromadzenia próbek/danych od pacjentów z chorobami rzadkimi, którzy zgłaszają się do innych ośrodków referencyjnych chorób rzadkich rozproszonych na całym terytorium, a którzy nie posiadają zorganizowanego biobanku zgodnie z nowoczesną definicją biobanku. Takie podejście będzie sprzyjać łączeniu różnych biobanków rozproszonych geograficznie na terenie kraju i pozwoli uniknąć migracji pacjentów do biobanku zainteresowań. Zostaną zdefiniowane dwa główne ośrodki: Centrum Północne, do którego będą odnosić się biobanki chorób rzadkich i ośrodki referencyjne chorób rzadkich w północnych Włoszech; oraz Centrum Południowe, do którego będą odnosić się biobanki chorób rzadkich i centra referencyjne chorób rzadkich w środkowych i południowych Włoszech. Zostanie utworzony katalog inwentarza próbek biologicznych, a opis wszystkich procedur stosowanych w przypadku tych zbiorów (SOP, dane dotyczące próbek, dokumenty etyczne i prawne) będzie powiązany z każdą próbką i danymi.

Cel szczegółowy 2. Harmonizacja, standaryzacja i zarządzanie siecią. Zgodnie z normą ISO 20387, która ilustruje ogólne wymagania dotyczące biobankowania, zostaną zdefiniowane standardowe procedury operacyjne (SOP), aby zapewnić spójność i standaryzację praktyk (gromadzenie, przygotowanie, przechowywanie i dystrybucja materiału biologicznego, a także powiązanych informacji i danych) w każdym pojedynczym biobank. Próbki biologiczne od pacjentów z RD zebrane w rozproszonym biobanku RD zostaną uzyskane zgodnie z określonymi standardowymi procedurami operacyjnymi opracowanymi na potrzeby pobierania próbek biologicznych z RD, odpowiednimi dla metod Omics. SOP zostaną wygenerowane dla każdego etapu procesu przedanalitycznego, od pobrania po przechowywanie i nie tylko, w celu udostępniania próbek. Utworzenie rozproszonego biobanku chorób rzadkich jako sieci biobanków wymaga rygorystycznego systemu zarządzania jakością (QMS), który jest niezbędny do zminimalizowania różnic między laboratoriami i ośrodkami oraz do zagwarantowania jakości próbki dystrybuowanej w ramach wspólnych projektów. System zarządzania jakością obejmuje: (1) zapewnienie jakości w celu standaryzacji wszystkich etapów procesu biobankowania, (2) kontrole jakości (QC) próbek w celu walidacji procesu zarządzania próbkami, w celu zapewnienia powtarzalnej jakości i niezawodności procedur przechowywania oraz stabilność próbek w czasie. Kontrola jakości zostanie przeprowadzona zarówno na historycznych, jak i nowych kolekcjach próbek biologicznych RD, aby zmaksymalizować sukces eksperymentu i wiarygodną interpretację wyników. Próbka kontroli jakości dostarczy cennych informacji umożliwiających wczesne podjęcie działań zapobiegawczych lub naprawczych, oszczędzając koszty i zmniejszając ryzyko błędów eksperymentalnych. W celu lepszej standaryzacji między laboratoriami biobanków chorób rzadkich zostaną określone najbardziej odpowiednie narzędzia (markery i testy), które można zastosować do oceny przedanalitycznych zmian w przypadku próbek pochodzących zarówno z tkanki płynnej, jak i stałej. Dane dotyczące próbek biologicznych oraz informacje kliniczne dotyczące próbek będą gromadzone przy użyciu wspólnej bazy danych. Celem będzie ujednolicenie i ujednolicenie zasad komunikacji pomiędzy biobankami chorób rzadkich na poziomie informacji o dawcy oraz ułatwienie lokalizacji i dostępu do próbek. Aby rozwiązać te problemy, zgodnie z projektem MIABIS zostanie zaprojektowany protokół komunikacyjny obejmujący minimum informacji wymaganych do nawiązania współpracy między biobankami i umożliwienia wymiany próbek biologicznych. Aby ułatwić harmonizację różnych biobanków w sieci, opracowane zostaną również wspólne regulacje oraz podstawowe dokumenty etyczne i prawne. Ponadto stworzona zostanie strona internetowa sieci biobanków, która zwiększy widoczność narzędzia i pozwoli udostępnić wszystkie opracowane dokumenty. Na stronie internetowej będzie znajdować się „wirtualny biobank”, czyli internetowy katalog próbek biologicznych przechowywanych w biobankach. Wirtualny biobank szybko i skutecznie pomoże badaczom znaleźć próbki biologiczne znajdujące się w różnych biobankach i będzie promować przejrzyste udostępnianie zasobów biologicznych w celu ułatwienia współpracy krajowej i międzynarodowej. Cel szczegółowy 3. Modernizacja biobanków chorób rzadkich i tworzenie nowych biobanków chorób rzadkich. Istniejące już w sieci biobanki chorób rzadkich zostaną wdrożone pod względem liczebności pobieranych próbek i organizacji pobrań próbek zgodnie ze wspólnymi SPO. Wszystkie próbki zostaną powiązane z odpowiednimi informacjami osobistymi i zdrowotnymi, w tym dokumentacją zdrowotną, historią rodziny i stylem życia. Zostaną one dalej scharakteryzowane poprzez analizę danych genomu, a fenotyp będzie regularnie aktualizowany podczas wizyt kontrolnych. Utworzone zostaną nowatorskie biobanki poświęcone materiałowi biologicznemu i powiązanym danym pochodzącym od pacjentów cierpiących na mutacje choroby Huntingtona (HD), zespół Marfana (MS), dziedziczny obrzęk naczynioruchowy (HAE) i wrodzone wady serca (CHD). HD to rzadka genetyczna choroba neurodegeneracyjna, która obecnie w Europie dotyka 1 na 10 000 osób. We Włoszech na tę chorobę cierpi ponad 6 000 osób, a około 40 000 osób uważa się za „zagrożone” wystąpieniem objawów w późniejszym życiu. Chociaż zaburzenie to jest dobrze zbadane i scharakteryzowane, pozostaje wiele do zbadania w zakresie różnorodności objawów u pacjentów, nawet w tej samej rodzinie. W tym względzie Centrum Chorób Rzadkich IRCCS Neuromed i Untà Ricerca e Cura Huntington e Malattie Rare IRCCS CSS są uznawane za ośrodki referencyjne dla tej choroby na poziomie krajowym i międzynarodowym. Fundacja LIRH to europejska witryna sieci HD połączona z organizacjami zajmującymi się rodzinami HD w całym kraju. Współpraca zagwarantuje zebranie danych klinicznych, które zostaną podzielone według stadium choroby i pochodzenia próbek z całych Włoch. Stwardnienie rozsiane to rzadka choroba genetyczna, występująca u około 1 na 5000 osób i spowodowana mutacją w genie zwanym FBN1. Stwardnienie rozsiane wpływa na tkankę łączną, ale uszkadza naczynia krwionośne, serce, oczy, skórę, płuca i kości bioder, kręgosłupa, stóp i klatki piersiowej. Niektóre powikłania stwardnienia rozsianego mogą być bardzo poważne, jak tętniak (wybrzuszenie) aorty. HAE to rzadka choroba genetyczna charakteryzująca się nieprzewidywalnymi, nawracającymi epizodami obrzęku skóry i błon śluzowych, najczęściej spowodowanymi niedoborem inhibitora C1. Częstość występowania HAE szacuje się na około 1 na 50 000 osób na całym świecie. IRCCS Policlinico San Donato jest członkiem sieci ERN Guard Heart, członkiem ITACA (Włoskiej Sieci ds. Dziedzicznego i Nabytego Obrzęku Naczynioruchowego) oraz siedzibą Centrum Genetyki Sercowo-Naczyniowej. Utworzenie dedykowanych biobanków będzie innowacyjnym i cennym narzędziem do badania korelacji genotyp-fenotyp oraz mechanizmów molekularnych leżących u podstaw tak dużej zmienności. Utworzenie tych nowatorskich biobanków chorób rzadkich będzie miało znaczący wpływ na krajową i międzynarodową konkurencyjność włoskich badań biomedycznych. Zaletą tworzenia tego rodzaju biobanków będzie możliwość gromadzenia wielu próbek biologicznych w czasie postępu choroby od każdego pojedynczego pacjenta. Funkcja rozproszonego biobanku chorób rzadkich jako zasobu badawczego stawia pod znakiem zapytania procesy i praktyki dotyczące rekrutacji, uczestnictwa i zaangażowania. Rola uczestników biobanku jest często bierna po wstępnej rejestracji i pobraniu próbek. Aby jednak poprawić przejrzystość i wykazać wiarygodność biobanków sieci, uczestnicy będą aktywnie zaangażowani poza początkowymi spotkaniami twarzą w twarz w kierunku bardziej interaktywnych dialogów z zespołami badawczymi. Biorąc pod uwagę biobanking jako usługę dla pacjentów, zostanie określona współpraca między biobankami chorób rzadkich w sieci a organizacjami pacjentów, promując dedykowane spotkania, okrągłe stoły i grupy fokusowe. Ścisła współpraca między biobankami chorób rzadkich a organizacjami pacjentów będzie również kluczowa dla osiągnięcia integracji przykładowych danych przechowywanych w biobankach z danymi klinicznymi przechowywanymi w rejestrach lub klinicznych bazach danych.

WP1. Model piasty i szprychy. Biobank Scattered RD zostanie utworzony jako sieć już istniejących i nowatorskich biobanków dedykowanych głównie chorobom sercowo-naczyniowym i neurologicznym, zgodnie z dwukierunkowym modelem Hub&Spoke. Model będzie obejmował dwa główne węzły, Hub Północny i Hub Południowy, które mają już doświadczenie w tworzeniu sieci biobanków. Celem tych głównych węzłów będzie: 1. Koordynacja tworzenia biobanku rozproszonych chorób rzadkich poprzez standaryzację i harmonizację wszystkich procedur procesu biobankowania.

Stworzone zostaną standardowe procedury operacyjne (SOP) dotyczące gromadzenia, przetwarzania i przechowywania, zarządzania kontrolą jakości, kwestii etycznych i prawnych oraz ujednolicenia zarządzania, ponieważ biobanki będą działać jako jeden podmiot. 2. Zarządzanie i ułatwianie łączenia różnych biobanków i Centrów Referencyjnych RD rozmieszczonych geograficznie na terenie Kraju. Okresowo będą organizowane wirtualne i bezpośrednie spotkania przedstawicieli biobanków i Ośrodków Referencyjnych PROW. 3. Bycie biobankami referencyjnymi dla Ośrodków Referencyjnych ds. Chorób rozsianych po całym terytorium, które nie posiadają zaplecza do pobierania próbek i danych do badań naukowych, lub dla Ośrodków Referencyjnych ds. Chorób, które już pobrały próbki i dane, ale nie posiadają nowocześnie zdefiniowanego biobanku i chcą być częścią biobanku Scattered RD.

Jednostka OU1 będzie biobankiem referencyjnym Ośrodków Referencyjnych dotyczących chorób rzadkich w północnych Włoszech, a jednostka OU3 ośrodków referencyjnych chorób rzadkich w środkowych i południowych Włoszech. 4. Koordynacja tworzenia katalogu inwentaryzacji próbek biologicznych próbek/zbiorów danych już znajdujących się w biobankach sieci. Zostanie wygenerowany kwestionariusz, który zostanie udostępniony jednostkom uczestniczącym w tym projekcie oraz nowym biobankom lub Ośrodkom Referencyjnym ds. rozwoju chorób rzadkich, które pragną stać się częścią sieci. Pytania będą dotyczyć zarówno informacji na temat infrastruktury i obiektów biobanków instytucji, w której przechowywane są zbiory, jak i na temat próbek/zbiorów danych historycznych (SOP opracowane i wykorzystywane do gromadzenia, przetwarzania i przechowywania, rodzaju próbek i zebranych powiązanych danych, liczby zaangażowanych pacjentów, stosowane dokumenty etyczne i prawne, zasady zapewniania jakości). Co więcej, w modelu dwukierunkowym zaplanowano, że każda jednostka będzie scentralizowanym ośrodkiem gromadzenia historycznych i nowych zbiorów od pacjentów z chorobami rzadkimi, którzy odnoszą się do jej własnej instytucji/centrum, a także będzie rzecznikiem sieci. Każda jednostka będzie gromadzić i przechowywać nowe próbki biologiczne oraz powiązane dane dotyczące pacjentów z chorobami rzadkimi i zespołami, zgodnie ze SOP i opracowanymi politykami. Każda Jednostka będzie odpowiedzialna za własne próbki/gromadzenie danych i będzie nimi zarządzać zgodnie z zarządzaniem siecią.

WP2. Księga Jakości: i) procedury przetwarzania próbek (np. porcjowanie, przechowywanie i kontrola jakości), materiały eksploatacyjne, sprzęt, instrumenty, odczynniki i etykiety; ii) procedury uzyskiwania świadomej zgody i cofania zgody od uczestników; iii) zasady zarządzania, w tym kontrola dostępu, systemy tworzenia kopii zapasowych, adnotacje kliniczne, prowadzenie i archiwizacja dokumentów; iv) procedury udostępniania i przyjmowania próbek, w tym metody i sprzęt; v) procedury odzyskiwania kosztów; vi) wymagania organizacyjne (zarządzanie).

WP2.1 Standardowe procedury operacyjne dotyczące przepływu biobanków zgodnie z oficjalnymi wytycznymi: 1. warunki przedanalityczne (pobranie, wstępne przetwarzanie, tymczasowa kriokonserwacja pochodnych, długotrwałe przechowywanie, badanie) określone dla każdego rodzaju próbek i pochodnych; 2. wybór rodzaju pojemnika do odbioru pierwotnego (antykoagulant, konserwant) i krioprobówek z kodem QR; 3. określenie liczby i objętości porcji próbki; 4. procedury dystrybucji próbek za pośrednictwem certyfikowanych firm transportowych.

WP2.2. Zarządzanie przy wsparciu prawnika specjalizującego się w ochronie danych w zakresie prawnego zarządzania biobankami: 1. polityka dostępu do próbek zapewniająca badaczom prosty i przejrzysty mechanizm dostępu do próbek i udostępniania ich; 2. Komitet Sterujący (menedżerowie PI, biobanku i Ośrodka Referencyjnego RD, przedstawiciel organizacji pacjentów) dokona przeglądu wszystkich wniosków o próbki i powiązane dane oraz zasugeruje zatwierdzenie, odrzucenie lub odroczenie; 3. Umowa o przekazaniu danych materiałowych (MDTA): i) regulująca warunki wykorzystania próbek/danych; ii) określić rodzaj próbek/danych, które mają zostać przekazane, cel przekazania, wszelkie ograniczenia lub obowiązki związane z wykorzystaniem próbek i danych; 4. ELSI podejmuje działania mające na celu ochronę dawców biobanków i ich danych osobowych: i) utworzenie Świadomej Zgody zgodnie z RODO UE, aby zapewnić dawcom wystarczające informacje na temat korzyści/ryzyka związanego z biobankowaniem próbek, aby dać im możliwość wycofania zgody, aby zapewnić ich, że ich próbki i dane będą chronione przed niewłaściwym wykorzystaniem, będą bezpiecznie przechowywane i wykorzystywane do badań. WP2.3. QMS: 1. Zapewnienie jakości gwarantowane przez Księgę Jakości, poprzez definicję wszelkich niezgodności próbek pierwotnych lub pochodnych (np. krew hemolityczna lub lipemiczna, obecność skrzepów) oraz identyfikowalność próbki i powiązane informacje; 2. Kontrola jakości próbek w celu obiektywnej oceny jakości próbek i walidacji procesu zarządzania próbkami będzie zapewniona poprzez: i) bezwzględną ocenę jakości próbek; ii) test przydatności. Analizy kontroli jakości na nowych i historycznych próbkach będą scentralizowane, aby zapewnić spójność procesów, dzielić się narzędziami i najlepszymi praktykami oraz narzucić pewną autonomię wysiłkom na rzecz jakości, a także zapewnić silny system jakości. WP3. Scentralizowana baza danych usprawniająca administrację próbkami zebranymi w każdym biobanku w oparciu o integrację oprogramowania bazy danych każdego biobanku z oprogramowaniem scentralizowanej bazy danych. Minimalny zestaw danych zaprojektowany zgodnie z Minimum Information About Biobank data Sharing (MIABIS) będzie definiował: i) biobank, w którym przechowywane są próbki; ii) pobranie próbki; iii) szczegóły dotyczące próbek (np. rodzaj próbki, temperatura przechowywania, miejsce anatomiczne); iv) dawca próbki (np. data urodzenia, płeć); v) zdarzenie związane z próbką lub dawcą (np. wiek pobrania próbki, ontologia choroby, diagnoza choroby). WP4. Strona internetowa zwiększająca widoczność biobanków i udostępniająca wszystkie dokumenty: i) obszar publiczny dostępny dla wszystkich obywateli, który będzie zawierał ogólne informacje o sieci i kontakty, aktualności, organizowane wydarzenia, wyniki badań; ii) katalog materiału biologicznego przechowywanego w celu ułatwienia badaczom innej instytucji znalezienia interesujących go próbek; iii) zarezerwowany obszar logowania, dostępny wyłącznie dla przedstawicieli każdego biobanku sieci. Jego stworzeniem zajmie się agencja specjalizująca się w projektowaniu stron internetowych i tworzeniu stron biobanków.

WP5. Zbiory historyczne zostaną przebudowane i zreorganizowane zgodnie z działaniami opisanymi w tym projekcie w celu stworzenia katalogu inwentarza próbek biologicznych, którego zadaniem będzie dostarczenie listy wszystkich próbek biologicznych i powiązanych danych już przechowywanych w biobankach. Ponadto biobanki RD wdrożą liczbę swoich próbek i powiązane dane, zbierając nowe próbki/dane zgodnie z SOP wygenerowanymi i udostępnionymi partnerom w ramach rozproszonych SOP Biobanku RD.

WP5.1. Opierając się na doświadczeniach już istniejących włoskich sieci biobanków chorób rzadkich, rozproszony biobank chorób rzadkich będzie promował aktywny udział organizacji pacjentów w tworzeniu tej sieci biobanków, ponieważ będzie ona stanowić podstawową usługę dla pacjentów. Organizowane będą dedykowane spotkania i okrągłe stoły z udziałem biobankerów, badaczy, przedstawicieli organizacji pacjentów cierpiących na choroby rzadkie, pacjentów i ich krewnych, w celu omówienia i udostępnienia dokumentów biobanku wygenerowanych na temat polityk i procedur, w tym dotyczących zagadnień ELSI. Ponadto zorganizowane zostaną spotkania z ekspertami kilku aspektów biobankowania (pracownikami służby zdrowia, bioetykami, prawnikami DPO) w celu omówienia zagadnień etycznych i prawnych dotyczących prywatności, świadomej zgody, cofnięcia zgody, dostępu do próbek i danych, zwrotu wyników i przypadkowych ustaleń oraz gdzie pacjenci i ich bliscy będą mieli możliwość wyrażenia swoich opinii, potrzeb i oczekiwań. Zorganizowane zostaną również grupy fokusowe z udziałem mediatorów-ekspertów w celu zbadania opinii, wiedzy, spostrzeżeń i obaw uczestników w odniesieniu do biobankowania.

ZBIERANIE DANYCH I ZARZĄDZANIE DANYMI. Minimalny zestaw danych standardowych atrybutów będzie definiował informacje o biobanku i próbce biologicznej (np. biobank, w którym próbki są przechowywane, pobranie próbki, rodzaj próbki, temperatura przechowywania, miejsce anatomiczne) oraz informacje o dawcy (np. data urodzenia, płeć, wiek pobrania próbki, ontologia choroby, diagnoza choroby). Wszystkie dane zostaną zapisane w oprogramowaniu bazy danych już obecnym w jednostkach. W każdym Centrum Referencyjnym ds. Rozwoju Rozwoju gromadzenie danych będzie prowadzone pod nadzorem Menedżera Biobanku i kierownika projektu, który będzie odpowiedzialny za ochronę bezpieczeństwa danych i prywatności zgodnie z polityką instytucjonalną. Wszyscy dawcy i powiązane próbki/dane zostaną pseudonimizowane za pomocą kodu alfanumerycznego. Minimalny zestaw danych z każdego biobanku będzie przepływał do scentralizowanego systemu baz danych w oparciu o integrację oprogramowania bazy danych każdego biobanku z oprogramowaniem scentralizowanej bazy danych. Integracja ta będzie opierać się na udostępnianiu danych za pośrednictwem interfejsu API opartego na szyfrowanym protokole TLS. Ze względu na czas trwania projektu, integracja ta zostanie wdrożona dla czterech Jednostek uczestniczących w tym projekcie w celu zbudowania i przetestowania architektury, która będzie mogła zostać rozszerzona na wszystkie biobanki w przyszłych projektach. Jeśli chodzi o poprzednie zbiory, dane zostaną uporządkowane zgodnie z minimalnym wygenerowanym zbiorem danych.

PRÓBKI BIOLOGICZNE. Nowe próbki biologiczne będą pobierane, przetwarzane, przechowywane i udostępniane zgodnie z SOP. Rodzaj pobieranych próbek będzie zależał od projektu badawczego (krew pełna i pochodne, FFPE lub tkanki zamrożone).

Próbki zostaną podzielone na określoną objętość i liczbę podwielokrotności i przechowywane w partnerskich biobankach. Jeśli chodzi o zbiór historyczny, utworzony zostanie katalog inwentarza próbek biologicznych, a opis wszystkich procedur stosowanych przy zbieraniu (SOP, dane dotyczące próbek, dokumenty etyczne i prawne) będzie powiązany z każdą próbką i danymi.

PRZYKŁADOWE KONTROLE JAKOŚCI. 1. Bezwzględna ocena jakości próbek. Pochodne próbek krwi: obecność hemoglobiny w osoczu lub surowicy, obecność komórek lub resztek komórek w osoczu lub surowicy, obecność płytek krwi w osoczu bez płytek krwi, analiza cytofluorymetryczna PBMC. Tkanki: analiza histologiczna preparatów barwionych tkankowo w celu sprawdzenia architektury tkanki, morfologii komórek i ostrości. Próbki kwasu nukleinowego: czystość oblicza się na podstawie stosunku absorbancji zmierzonej za pomocą spektrofotometru, w jakim kwas nukleinowy przyczynia się do absorbancji zanieczyszczeń. Typowe wymagania dla przełożeń A260/A280 to 1,8 x 2,2; A260/A280 czystego DNA wynosi ~1,8, a A260/A280 czystego RNA wynosi ~2. ​​Integralność DNA/RNA ocenia się technikami elektroforezy kapilarnej i przedstawia za pomocą numeru integralności DNA/RNA DIN/RIN (gdzie 1 oznacza wysoce zdegradowany DNA/ RNA i 10 oznacza wysoce nienaruszony DNA/RNA). 2. Test przydatności. Analiza specyficznych markerów przeprowadzona na partii badanych próbek w celu oceny przydatności próbek do określonego celu, ponieważ próbka może mieć wystarczająco wysoką jakość do jednego rodzaju analizy (np. analizy przeciwciał), ale nie do innych rodzajów analizy (np. analiza metabolitów). Kontrola jakości próbek zostanie przeprowadzona zarówno w przypadku próbek historycznych, jak i nowych, na losowo wybranych próbkach, a jeśli jakość nie spełnia wcześniej określonych kryteriów, przed kontynuowaniem gromadzenia biobanków zostaną przeprowadzone działania korygujące, aby zapewnić solidny i powtarzalny proces. W odniesieniu do zbiorów historycznych oceniony zostanie wpływ cykli zamrażania i rozmrażania oraz różnych warunków postępowania przed przechowywaniem, a próbki, które nie spełniają norm kontroli jakości, nie zostaną uwzględnione. Wewnątrzbiobankowe próbki kontroli jakości zostaną pobrane w celu sprawdzenia jakości jakości pojedynczych próbek z biobanku, oceniając różnice między oddzielnymi badaniami tego samego rodzaju próbek, natomiast międzybiobankowe próbki kontroli jakości zostaną pobrane w celu sprawdzenia jakości jakości każdego biobanku i oceny różnic między poszczególnymi biobankami. biobanki Rozproszonego Biobanku RD.

PLAN STATYSTYCZNY. W ramach tego projektu próbki i dane będą gromadzone i przechowywane w Scattered RD Biobank. Na próbkach nie będą przeprowadzane żadne analizy biologiczne ani systematyczne badania, interpretacja i synteza zebranych danych klinicznych w celu wyciągnięcia znaczących wniosków. W celu monitorowania procesu biobankowania przeprowadzona zostanie opisowa analiza statystyczna danych. Opisowa analiza statystyczna zostanie wyrażona w kategoriach średniej (odchylenie standardowe) lub mediany (zakres, rozstęp międzykwartylowy) dla zmiennych ciągłych oraz jako bezwzględne i względne częstotliwości dla zmiennych kategorycznych. Porównania pomiędzy dwiema niezależnymi grupami zostaną dokonane za pomocą niesparowanego testu T lub sumy Wilcoxona test rangowy, stosownie do potrzeb.

Procedury wnioskowania (testowanie hipotez i przedziały ufności) oraz modele regresji również będą odpowiednio stosowane w zależności od celu każdej konkretnej analizy. Kontrola jakości. Próbka o wielkości 325 z partii 2000 pozwala ocenić 5% ryzyko odrzucenia próbki i 5% ryzyko przyjęcia próbki niezgodnej, w oparciu o akceptowalny poziom jakości 5% i graniczny poziom jakości 2%. Limit akceptacji wynosi 8.

OCZEKIWANE WYNIKI. 1. Utworzenie Rozproszonego Biobanku Obszarów Wiejskich poprzez i) harmonizację i standaryzację procesu biobankowania biobanków sieci; ii) realizację Księgi Jakości Scatterd RD Biobank zawierającej SOP dotyczące gromadzenia, przygotowania, przechowywania i dystrybucji materiału/danych biologicznych, wspólne regulacje oraz podstawowe dokumenty etyczne i prawne (np. świadoma zgoda, MDTA) oraz System Zarządzania Jakością; iii) utworzenie scentralizowanej bazy danych zawierającej minimalny zbiór danych. 2. Rozwój systemów kontroli jakości (QC) próbek biologicznych w celu zapewnienia tworzenia kolekcji o wysokiej jakości. Systemy kontroli jakości obejmują specyficzne testy i analizy, które należy przeprowadzić na próbkach biologicznych oraz określenie wartości odcięcia dla akceptacji historycznych lub nowych kolekcji w Scattered RD Biobank. 3. Stworzenie Katalogu Inwentaryzacji Próbek Biopróbkowych/danych zebranych przez poszczególne biobanki przed utworzeniem sieci, co umożliwi lepsze zarządzanie i waloryzację zbiorów historycznych. Prowadzi to do zwiększenia stopnia wykorzystania zebranych próbek/danych i zmniejszenia objętości przechowywanych próbek. Biobanki sieci będą bardziej selektywne pod względem przechowywanych danych, co pomoże w przejściu od modelu biobanków opartego głównie na retrospektywnych próbkach wcześniej zdefiniowanych okazów do bardziej perspektywicznych kolekcji kierowanych przez badaczy, aby zmniejszyć koszty duplikatów kolekcji. 4. Zwiększenie widoczności biobanków poprzez utworzenie strony internetowej sieci w celu usprawnienia udostępniania zebranych próbek/danych oraz ułatwienia dostępu biobanków i Ośrodków Referencyjnych ds. rozwoju chorób rzadkich do krajowych i międzynarodowych projektów badawczych. Na stronie internetowej potencjalni interesariusze mogą znaleźć „wirtualny biobank” Rozproszonego Biobanku RD wraz z katalogiem okazów biologicznych sieci.

5. Nawiązanie współpracy pomiędzy Organizacjami Pacjentów a Rozproszonym Biobankiem RD dzięki formalnemu porozumieniu. Skuteczna współpraca między pacjentami a społecznością naukową jest niezbędna do zwiększenia świadomości i zaufania, a także do dzielenia się celami i wysiłkami wspierającymi badania nad rzadkimi chorobami 6. Zidentyfikować i włączyć do rozproszonego biobanku chorób rzadkich pojedyncze i małe biobanki, które są nie są jeszcze częścią żadnej sieci i stanowią samodzielne zbiory, bez polityki transgranicznego udostępniania próbek lub określonych przepływów pracy wdrożonych w celu zagwarantowania jakości próbki biologicznej i powiązanych zebranych danych. Bycie częścią Scattered RD Biobank pomoże tym biobankom ewoluować od biobanku skupiającego się na liczbie zebranych próbek do biobanku skupiającego się na jakości próbek biologicznych i danych.

ANALIZY RYZYKA. Ten dwuletni grant badawczy pokryje koszty utworzenia Scatterd RD Biobank i uruchomienia infrastruktury. Jednakże rozproszony biobank RD jest projektem długoterminowym, który wymaga długoterminowej stabilności ekonomicznej. Partnerzy biobanków tej sieci zlokalizowani są w instytucjach naukowych, co zagwarantuje pokrycie finansowe podstawowych działań, takich jak konserwacja, serwisowanie sprzętu oraz rachunki za media, m.in. energii elektrycznej i gazów, które są w dużej mierze zużywane przez systemy zamrażania. Jednakże stabilność ekonomiczna Scatterd RD Biobank może stanowić wąskie gardło ze względu na koszty utrzymania. Rozwiązania zarządcze zapewniające długoterminową stabilność sieci powinny obejmować: i) dostęp do krajowych i międzynarodowych mechanizmów finansowania dotacji na projekty RD; ii) wprowadzenie procedur zwrotu kosztów pobierania, przechowywania i obsługi próbek. Rzeczywiście, koszty pozyskania, zaopatrzenia, przetwarzania, przechowywania i konserwacji próbek biologicznych stanowią znaczną część całkowitych wydatków biobanku; (iii) zwiększenie liczby rozprowadzanych próbek.

Tempo przechowywania próbek nie powinno rosnąć szybciej niż stopień wykorzystania; iv) nawiązanie współpracy z wieloma rodzajami interesariuszy, takimi jak stowarzyszenia pacjentów i darczyńcy, szpitale i lekarze, badacze, administracja publiczna i organizacje charytatywne; v) lepsze zrozumienie korzyści płynących z biobanków dla gospodarki i społeczeństwa, ponieważ biobanki odgrywają kluczową rolę w poprawie diagnostyki pacjentów i opieki terapeutycznej, a tym samym zwiększaniu finansowania publicznego i prywatnego.

Rozwój rozproszonego biobanku chorób rzadkich nie jest łatwy ze względu na heterogeniczność biobanków/ośrodków referencyjnych chorób rzadkich w zakresie próbek i gromadzenia danych. Należy opracować zharmonizowane wytyczne w celu zorganizowania historycznych i nowych zbiorów próbek/danych pod kątem procedur biobanków, ochrony danych, udostępniania próbek/danych i baz danych. Aby zapewnić interoperacyjność zbiorów danych i próbek, należy stosować oprogramowanie baz danych, takie jak systemy zarządzania informacjami w biobankach (BIMS), zharmonizowane usługi i wspólne ontologie (MIABIS). Jakość biobanków zależy w dużej mierze od pracy odpowiednio przeszkolonego personelu, który odpowiada za przyjmowanie, przetwarzanie i przechowywanie biopróbek oraz związanych z nimi danych. Personel biobanku musi zagwarantować stałą jakość próbek, co jest podstawą powodzenia pojedynczego biobanku, a tym samym całej sieci. Rekrutacja personelu do projektu o tej skali jest kluczowa dla wykorzystania pełnego potencjału, szczególnie w przypadku biobanków potrzebujących nowych rekrutacji personelu. Aby projekt sieciowy powiódł się, należy zapewnić zharmonizowane szkolenie personelu technicznego, ponieważ zaniedbanie działań w zakresie szkolenia pracowników może zaszkodzić zdrowiu publicznemu i powinno wiązać się z ryzykiem szkody dla reputacji biobanków i instytucji przyjmującej. Nowy personel zostanie odpowiednio przeszkolony, zanim zostanie w pełni zintegrowany ze środowiskiem pracy, ucząc się o pracy zespołowej, bezpieczeństwie personelu, prywatności pacjentów, jakości próbek i najlepszych praktykach w formie starannie wdrożonych standardowych procedur operacyjnych.

Harmonizacja odgrywa kluczową rolę w tworzeniu sieci biobanków, lecz należy rozwiązać wiele problemów etycznych i prawnych. Ekspert ds. ram etycznych i prawnych oraz ustawodawstwa krajowego zostanie zaproszony do udziału w całym procesie rozwoju sieci biobanków, aby zapewnić ochronę dawców i właściwe wykorzystanie ich próbek.