Проспективное наблюдательное когортное исследование гриппа, респираторно-синцитиального вируса и других респираторных патогенов бремени сообщества и динамики передачи инфекции в домашних хозяйствах в Южной Африке (PHIRST-SA)

Исходная информация: Информация о бремени гриппа среди населения необходима для информационного контроля, но ее сбор не осуществляется на регулярной основе. Например, модели передачи гриппа, которые широко используются для информирования об эффективности и рентабельности вакцин, противовирусных препаратов и немедикаментозных контрмер, зависят от достоверных эпидемиологических оценок возникновения и передачи заболевания в сообществе. В то время как исследования на уровне сообществ, такие как когортное исследование Flu Watch в Соединенном Королевстве, были проведены в последние годы в странах с высоким уровнем дохода, бремя гриппа на уровне сообщества остается в значительной степени неизвестным в странах с низким и средним уровнем дохода, особенно в Африке, где бремя гриппа может быть выше. Кроме того, отсутствуют данные о динамике передачи вирусов гриппа в домохозяйствах. Такие данные могут дать важную информацию для информирования целевых мероприятий, например, как максимизировать косвенные эффекты вакцинации против гриппа для защиты более уязвимых групп, для которых доступные вакцины против гриппа в настоящее время не лицензированы или их эффективность низкая (например, дети до 2 лет).

Респираторно-синцитиальный вирус человека (РСВ) является основной причиной острых инфекций нижних дыхательных путей у детей, особенно среди детей младше 3 месяцев. Хотя в настоящее время вакцина против RSV недоступна, оценивается эффективность многообещающих вакцин-кандидатов против RSV. Были предложены альтернативные стратегии вакцинации против РСВ, в том числе вакцинация старших возрастных групп для косвенной защиты уязвимых младенцев за счет снижения циркуляции вируса в популяции или предотвращения цепочек передачи к младенцу. Тем не менее, для оценки этих последствий необходимы знания о бремени РСВ, динамике передачи и источнике инфекции для младенцев в сообществе.

Пневмококк является ведущей бактериальной причиной пневмонии. Пневмококковая конъюгированная вакцина (ПКВ) была введена в расширенную программу иммунизации в 2009 году. Данные о распространенности носительства, динамике носительства и взаимодействии с другими респираторными патогенами будут полезны для руководства мероприятиями по борьбе с пневмококковой инфекцией, не предотвращенной вакцинацией. И дифтерия, и коклюш были идентифицированы как новые патогены в Южной Африке в последние годы, что привело к вспышкам в 2014 и 2015 годах после многих лет низкой распространенности. Менингококк является эпидемическим заболеванием, вызывающим циклические вспышки в Южной Африке, но мало что известно о распространенности носительства в Южной Африке. Ежегодная заболеваемость туберкулезом в Южной Африке является самой высокой в ​​мире, при этом Свазиленд, Лесото и Южная Африка имеют самые высокие показатели туберкулеза в мире. Кроме того, в Южной Африке туберкулез является ведущей причиной смерти в формах уведомления о смерти, а у ВИЧ-инфицированных лиц (как еще не получающих антиретровирусные препараты, так и принимающих антиретровирусные препараты) является ведущей серьезной оппортунистической инфекцией.

Данные о распространенности носительства и/или динамике передачи этих патогенов важны для определения мер контроля, включая стратегии целевой вакцинации. Часто рекомендуются профилактические меры по ограничению передачи ВИЧ в домашних хозяйствах, но данные о передаче в домашних условиях и воздействии ВИЧ-инфекции на сегодняшний день ограничены.

Цели Основные

• Оценить бремя гриппа и РСВ среди населения, включая: (i) заболеваемость гриппом и РСВ среди населения; (ii) симптоматическая фракция, связанная с инфекцией гриппа и РСВ; (iii) тяжесть, связанная с симптоматическими инфекциями; и (iv) доля лиц с симптомами инфекции, обращающихся за медицинской помощью.
• Оценить динамику передачи инфекций гриппа и РСВ в сообществе, включая: (i) оценку риска вторичной инфекции в семье (SIR), серийный интервал и продолжительность выделения; (ii) оценка передачи инфекции между возрастными группами в домашнем хозяйстве и, возможно, в сообществе; и (iii) оценка эффективного репродуктивного числа (Rt) и его изменения во времени в сообществе.

Вторичный (выбранный)

• Оценить симптоматическую фракцию, тяжесть, связанную с симптоматическими инфекциями, и долю лиц с симптоматической инфекцией, обращающихся за медицинской помощью, среди положительных случаев гриппа или РСВ по серостатусу ВИЧ и возрасту.
• Оценить SIR и продолжительность выделения гриппа и RSV среди ВИЧ-инфицированных и ВИЧ-неинфицированных индексных случаев, а также частоту заражения гриппом и RSV-инфекцией среди ВИЧ-инфицированных и ВИЧ-неинфицированных членов домохозяйства.
• Оценить роль бессимптомных инфекций в бытовой передаче гриппа и РСВ.
• Определить гетерогенность штаммов вируса гриппа и РСВ в кластерах домохозяйств и описать эволюцию вируса внутри домохозяйства и между домохозяйствами, а также связь между штаммами вируса и продолжительностью выделения вируса и ВИЧ-статусом.
• Описать и сравнить назофарингеальную пневмококковую нагрузку у здоровых людей по возрасту и с течением времени, а также то, как эта нагрузка может быть изменена респираторно-вирусной инфекцией, ВИЧ-статусом и прививочным статусом.
• Определить распространенность и продолжительность колонизации B. pertussis в сообществе по возрастным группам, статусу вакцины и с течением времени, динамику передачи внутри домохозяйства и долю лиц, у которых развивается симптоматическая инфекция.
• Определить распространенность колонизации N. meningitidis и C. diphtheria в сообществе по возрастным группам в один и тот же момент времени каждый год.
• Измерить ежегодную заболеваемость туберкулезной инфекцией среди лиц, проживающих в изучаемых домохозяйствах, и оценить факторы риска (включая заболеваемость и распространенность ВИЧ) заражения туберкулезом.
• Выяснить влияние качества жилья, использования топлива и качества воздуха в помещении, а также выбранных мер вентиляции на заражение туберкулезом и передачу респираторных вирусов и бактерий в домашнем хозяйстве. где проводится медико-демографическое наблюдение (HDSS) (участок наблюдения Agincourt HDSS) и отдельные городские районы в муниципалитете Матлосана в Северо-Западной провинции. С 2010 года в этих учреждениях проводится проспективный стационарный эпиднадзор за тяжелыми острыми респираторными заболеваниями, связанными с гриппом и РСВ. Проспективное когортное исследование будет проводиться в течение 3 лет подряд, с 2016 по 2018 гг., и включать 3 последовательных сезона РСВ и гриппа. Приблизительно сто домохозяйств (50 домохозяйств на участок, с ожидаемым средним числом членов домохозяйства 5 для набора в общей сложности 500 зачисленных лиц) будут случайным образом выбираться из исследуемой популяции каждый год и давать согласие на участие в исследовании. Для каждого члена домохозяйства сыворотка будет собираться ежеквартально (январь-февраль, апрель-май, сентябрь-октябрь и ноябрь-декабрь), в том числе до и после сезонов РСВ (февраль-май) и гриппа (май-сентябрь), а также заключительный анализ крови. розыгрыш в конце года. Демографические характеристики членов домохозяйства будут собираться при зачислении. Начиная с начала сезона РСВ и гриппа образцы верхних дыхательных путей будут собираться два раза в неделю обученными медсестрами-исследователями у всех членов домохозяйства, независимо от наличия респираторных симптомов в течение года. Во время каждого визита будет регистрироваться развитие симптомов (с использованием оценки тяжести) и поведение пациентов с симптомами при обращении за медицинской помощью. Кроме того, зимой при одном посещении домохозяйства у каждого человека будет взят мазок из ротоглотки для исследования на менингококк и дифтерию. Образцы из носоглотки будут проверены на выявление РСВ или вируса гриппа, пневмококка и инфекции B. pertussis с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР) в режиме реального времени. Образцы крови будут проверены на повышение титра антител к РСВ, гриппу и коклюшу. Образцы крови пациентов, давших согласие, будут проверены на ВИЧ-инфекцию. В случае инфицирования туберкулезом мы будем проводить туберкулиновую кожную пробу (ТКП) на исходном уровне и в конце первого года, а затем ежегодно у людей с отрицательным результатом ТКП при предыдущем тесте. Тестирование на ВИЧ будет предложено всем участникам в начале исследования, а затем через шесть месяцев. У всех участников будет взят образец мокроты для посева на исходном уровне, а затем ежемесячно проводится скрининг на наличие симптомов туберкулеза и исследуется с помощью Xpert Mtuberculosis/Rif, если симптомы туберкулеза присутствуют.

Размер выборки, составляющий приблизительно 1500 человек в течение 3 последовательных сезонов, позволит оценить 20-процентный риск заражения и 10-процентный риск заболевания с 95-процентным доверительным интервалом и 5-процентной желаемой абсолютной точностью в сообществе. Лица в домохозяйствах, включенные в первый и второй год исследования, будут иметь одно повторное посещение к концу 2-го и 3-го года исследования (октябрь). Во время этого визита будет взят образец крови для тестирования на ВИЧ-инфекцию, грипп и серологию RSV, а также будет проведено тестирование ТКП у лиц, у которых было обнаружено, что ТКП отрицательный при предыдущем тесте.

Воздействие: это исследование улучшит понимание бремени гриппа, РСВ, коклюша, туберкулеза и пневмококковой инфекции в Южной Африке. Также будут представлены данные о распространенности носительства менингококка и дифтерии. Данные, полученные в результате этого исследования, также предоставят важную информацию о динамике передачи гриппа, RSV, коклюша и пневмококка в сообществе, что позволит лучше разработать стратегию вмешательств (включая стратегии целевой вакцинации) и оценить их потенциальное воздействие. Кроме того, отсутствуют проспективные данные о заражении туберкулезом в странах с высоким бременем туберкулеза. Полученные данные послужат основой для моделирования передачи, размера выборки для исследований по профилактике и эпиднадзора для оценки воздействия Национальной программы борьбы с туберкулезом.