Использование ДНК циркулирующей в плазме опухоли (цДНК) у бессимптомных субъектов для выявления неопластического заболевания (H1000)
4 апреля 2018 г. обновлено: Pathway Genomics
Корпорация Pathway Genomics (Pathway Genomics), компания из Сан-Диего, штат Калифорния, участвует в разработке и проверке новых методов молекулярной диагностики для анализа циркулирующей опухолевой дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК) (цДНК), обнаруженной в ДНК, полученной из плазмы (клеток). -свободная ДНК или вкДНК) для выявления конкретных вариантов (мутаций) в генах, вызывающих рак.
Целью тестирования на наличие мутаций в ctDNA является обнаружение и мониторинг рака.
Все клетки выделяют ДНК в кровоток.
Обнаружение связанных с раком мутаций во вкДНК может привести к раннему выявлению рака у внешне здоровых (т.е.
бессимптомный) или может позволить поставщику медицинских услуг более эффективно контролировать и лечить пациента с известным раком.
Анализ проводится с использованием методологии, основанной на полимеразной цепной реакции (ПЦР), где олигонуклеотиды предназначены для нацеливания на определенные мутации в определенных представляющих интерес генах с последующим глубоким секвенированием амплифицированных мишеней следующего поколения.
Оценка эффективности этих тестов для скрининга рака у бессимптомных субъектов имеет важное значение для клинической проверки использования этих тестов.
Конкретной целью этого протокола является получение соответствующих образцов крови человека от отдельных субъектов с более высоким, чем средний риск развития рака из-за возраста, наследственности, воздействия окружающей среды или токсического воздействия для использования в статистическом анализе этого метода в качестве дополнительного скрининга. тест на потенциальное наличие рака.
Обзор исследования
Статус
Завершенный
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Целью данного исследования является получение образцов крови человека от бессимптомных субъектов, у которых никогда не диагностировали рак, но которые могут иметь повышенный риск развития рака из-за наследственности, воздействия, возраста или семейного анамнеза, чтобы оценить достоверность скрининга здоровых, но пациенты с риском развития рака с помощью анализа цДНК.
В частности, образцы крови будут собираться у людей, которые ответили на самостоятельную анкету о состоянии здоровья, которая выявляет повышенный риск заражения раком. Каждому участнику будет предложено предоставить образец крови объемом 30 мл, который будет взят поставщиком первичной медико-санитарной помощи (PCP) или лицензированным флеботомистом. Образцы, собранные в ходе исследования, также могут быть использованы в исследованиях и разработках новых или модифицированных молекулярно-генетических анализов. Результаты этих исследований будут использованы для дальнейшего понимания использования ctDNA для обнаружения и мониторинга рака у людей.
Образцы крови собираются в пробирки для сбора крови (BCT), называемые Cell-Free DNA BCT® производства Streck и предназначенные для сбора, стабилизации и транспортировки бесклеточной ДНК плазмы. Это устройство также стабилизирует и сохраняет клеточную геномную ДНК, присутствующую в ядерных клетках крови и циркулирующих эпителиальных клетках (опухолевых клетках), обнаруженных в цельной крови. Этот продукт не был одобрен Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США для использования в диагностике in vitro и имеет маркировку Streck только для использования в исследовательских целях. В соответствии с положениями о поправках к усовершенствованию клинических лабораторий (CLIA) лаборатории имеют право проверять и использовать в рамках лабораторно-разработанного теста (LDT) устройства, которые не были одобрены или одобрены FDA. Pathway Genomics утвердила систему молекулярного анализа CancerInterceptTM Detect с пробирками Streck в соответствии с CLIA.
После того, как образец был собран и отправлен в Pathway врачом или флеботомистом, который собирает образцы, вся остальная обработка и тестирование проводятся персоналом лаборатории Pathway. Анализ начинается с отделения плазмы от остальной части образца крови. затем из каждого образца будет выделена вкДНК. Измеряют количество вкДНК, а затем образец амплифицируют с помощью ПЦР для секвенирования следующего поколения. Затем результаты секвенирования будут проанализированы на наличие одной или нескольких из 96 мутаций, проанализированных в этом анализе. Затем данные анализируются и составляется отчет.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Действительный)
1106
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
California
-
San Diego, California, Соединенные Штаты, 92121
- Pathway Genomics
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
18 лет и старше (ВЗРОСЛЫЙ, OLDER_ADULT)
Принимает здоровых добровольцев
Да
Полы, имеющие право на обучение
Все
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Лица с повышенным риском развития рака в связи с возрастом старше 50 лет, сильным семейным анамнезом рака, известным носительством патогенного варианта гена, указывающего на повышенный риск развития рака, например наследственного синдрома рака, или из-за воздействию токсинов окружающей среды, канцерогенов или мутагенов, включая табак.
Физические лица должны иметь юридические полномочия для предоставления согласия и, следовательно, быть в возрасте 18 лет или старше.
Описание
Критерии включения:
- сильный семейный анамнез рака
- известное носительство патогенного варианта в гене, указывающем на повышенный риск рака, например, в генах BRCA1 или TP53.
- воздействие токсинов, канцерогенов или мутагенов из окружающей среды, включая, помимо прочего, табак, радиацию, асбест, длительное воздействие промышленных химикатов
- возраст равен или старше 50 лет
Критерий исключения:
- предшествующий диагноз рака, за исключением базально-клеточной карциномы
- отсутствие факторов риска, которые подвергают человека высокому риску
- возраст до 18 лет
- лица, не желающие подписывать одобренную IRB форму согласия
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Повышенный риск развития рака
В группу должно входить не менее 1000 человек, которые входят в группу высокого риска развития онкологических заболеваний.
Риск оценивается путем заполнения анкеты истории болезни.
Примеры таких субъектов включают лиц с известными вариантами патогенеза наследственного ракового синдрома без диагноза рака, со значительным семейным анамнезом рака молочной железы, яичников, толстой кишки или легких или меланомы, или другим сильным раком в анамнезе, но без предварительного молекулярного диагноза, заядлых курильщиков. или те, кто подвергается воздействию канцерогенов и мутагенов.
Лица, отвечающие критериям включения, будут подвергнуты выделению бесклеточной ДНК и анализу ДНК циркулирующей опухоли (цДНК) для выявления генетических мутаций, связанных с возможным развитием злокачественного новообразования.
|
Внеклеточную ДНК (вкДНК) выделяют из образца плазмы крови и тестируют на наличие 96 специфических хорошо описанных мутаций в 9 генах, вызывающих рак.
Наличие более 2 копий мутации может свидетельствовать о наличии злокачественного новообразования.
Последующие консультации с врачом субъекта потребуются для осмотра и любого дополнительного тестирования, которое врач хочет провести для дальнейшей оценки развития рака.
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Количество субъектов, у которых обнаружена одна или несколько из 96 мутаций цДНК.
Временное ограничение: 1 год
|
Когорта из 1000 или более человек с высоким риском развития рака будет проверена на наличие 96 хорошо описанных мутаций в 9 генах, вызывающих рак, с помощью анализа цДНК.
Будет оценено количество индивидуумов с одной или несколькими из 96 проанализированных мутаций.
|
1 год
|
|
Количество копий мутантных аллелей, обнаруженных у положительных субъектов
Временное ограничение: 1 год
|
Среди когорты субъектов, включенных в исследование, у которых обнаружена одна или несколько из 96 мутаций цДНК, будет рассчитано количество копий на проанализированный образец плазмы.
|
1 год
|
|
Процент ctDNA, обнаруженный в общем количестве циркулирующей свободной ДНК (cfDNA)
Временное ограничение: 1 год
|
В образцах, содержащих одну или несколько мутаций ctDNA, будет рассчитан процент ctDNA в общем количестве cfDNA.
|
1 год
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Количество субъектов с одной или несколькими из 96 мутаций цДНК, у которых развился рак
Временное ограничение: От 1 до 5 лет
|
1000 или более человек в исследовании будут наблюдаться в течение 1-5 лет для оценки развития злокачественного новообразования.
Особое внимание будет уделено когорте, у которой есть первоначальные анализы, указывающие на присутствие ctDNA.
Субъекты могут быть повторно протестированы с течением времени, чтобы показать изменение уровня ctDNA.
Их собственные врачи будут направлять любые последующие исследования, такие как визуализация или другие лабораторные исследования.
Тест предназначен для выявления случаев рака среди лиц с высоким риском развития рака.
|
От 1 до 5 лет
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Спонсор
Следователи
- Главный следователь: Glenn Braunstein, MD, Pathway Genomics
- Директор по исследованиям: Anja Kammesheidt, PhD, Pathway Genomics
Публикации и полезные ссылки
Лицо, ответственное за внесение сведений об исследовании, добровольно предоставляет эти публикации. Это может быть что угодно, связанное с исследованием.
Общие публикации
- Bettegowda C, Sausen M, Leary RJ, Kinde I, Wang Y, Agrawal N, Bartlett BR, Wang H, Luber B, Alani RM, Antonarakis ES, Azad NS, Bardelli A, Brem H, Cameron JL, Lee CC, Fecher LA, Gallia GL, Gibbs P, Le D, Giuntoli RL, Goggins M, Hogarty MD, Holdhoff M, Hong SM, Jiao Y, Juhl HH, Kim JJ, Siravegna G, Laheru DA, Lauricella C, Lim M, Lipson EJ, Marie SK, Netto GJ, Oliner KS, Olivi A, Olsson L, Riggins GJ, Sartore-Bianchi A, Schmidt K, Shih lM, Oba-Shinjo SM, Siena S, Theodorescu D, Tie J, Harkins TT, Veronese S, Wang TL, Weingart JD, Wolfgang CL, Wood LD, Xing D, Hruban RH, Wu J, Allen PJ, Schmidt CM, Choti MA, Velculescu VE, Kinzler KW, Vogelstein B, Papadopoulos N, Diaz LA Jr. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014 Feb 19;6(224):224ra24. doi: 10.1126/scitranslmed.3007094.
- Freidin MB, Freydina DV, Leung M, Montero Fernandez A, Nicholson AG, Lim E. Circulating tumor DNA outperforms circulating tumor cells for KRAS mutation detection in thoracic malignancies. Clin Chem. 2015 Oct;61(10):1299-304. doi: 10.1373/clinchem.2015.242453. Epub 2015 Aug 13.
- Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med. 2014 May;20(5):548-54. doi: 10.1038/nm.3519. Epub 2014 Apr 6.
- Kidess E, Heirich K, Wiggin M, Vysotskaia V, Visser BC, Marziali A, Wiedenmann B, Norton JA, Lee M, Jeffrey SS, Poultsides GA. Mutation profiling of tumor DNA from plasma and tumor tissue of colorectal cancer patients with a novel, high-sensitivity multiplexed mutation detection platform. Oncotarget. 2015 Feb 10;6(4):2549-61. doi: 10.18632/oncotarget.3041.
- Perrone F, Lampis A, Bertan C, Verderio P, Ciniselli CM, Pizzamiglio S, Frattini M, Nucifora M, Molinari F, Gallino G, Gariboldi M, Meroni E, Leo E, Pierotti MA, Pilotti S. Circulating free DNA in a screening program for early colorectal cancer detection. Tumori. 2014 Mar-Apr;100(2):115-21. doi: 10.1177/030089161410000201.
- Lin PC, Lin JK, Lin CH, Lin HH, Yang SH, Jiang JK, Chen WS, Chou CC, Tsai SF, Chang SC. Clinical Relevance of Plasma DNA Methylation in Colorectal Cancer Patients Identified by Using a Genome-Wide High-Resolution Array. Ann Surg Oncol. 2015 Dec;22 Suppl 3:S1419-27. doi: 10.1245/s10434-014-4277-2. Epub 2014 Dec 4.
- Spindler KL, Appelt AL, Pallisgaard N, Andersen RF, Brandslund I, Jakobsen A. Cell-free DNA in healthy individuals, noncancerous disease and strong prognostic value in colorectal cancer. Int J Cancer. 2014 Dec 15;135(12):2984-91. doi: 10.1002/ijc.28946. Epub 2014 Jun 17.
- Beaver JA, Jelovac D, Balukrishna S, Cochran R, Croessmann S, Zabransky DJ, Wong HY, Toro PV, Cidado J, Blair BG, Chu D, Burns T, Higgins MJ, Stearns V, Jacobs L, Habibi M, Lange J, Hurley PJ, Lauring J, VanDenBerg D, Kessler J, Jeter S, Samuels ML, Maar D, Cope L, Cimino-Mathews A, Argani P, Wolff AC, Park BH. Detection of cancer DNA in plasma of patients with early-stage breast cancer. Clin Cancer Res. 2014 May 15;20(10):2643-2650. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-13-2933. Epub 2014 Feb 6.
- Oshiro C, Kagara N, Naoi Y, Shimoda M, Shimomura A, Maruyama N, Shimazu K, Kim SJ, Noguchi S. PIK3CA mutations in serum DNA are predictive of recurrence in primary breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015 Apr;150(2):299-307. doi: 10.1007/s10549-015-3322-6. Epub 2015 Mar 4.
- Bianchi DW, Chudova D, Sehnert AJ, Bhatt S, Murray K, Prosen TL, Garber JE, Wilkins-Haug L, Vora NL, Warsof S, Goldberg J, Ziainia T, Halks-Miller M. Noninvasive Prenatal Testing and Incidental Detection of Occult Maternal Malignancies. JAMA. 2015 Jul 14;314(2):162-9. doi: 10.1001/jama.2015.7120.
- Kinugasa H, Nouso K, Miyahara K, Morimoto Y, Dohi C, Tsutsumi K, Kato H, Matsubara T, Okada H, Yamamoto K. Detection of K-ras gene mutation by liquid biopsy in patients with pancreatic cancer. Cancer. 2015 Jul 1;121(13):2271-80. doi: 10.1002/cncr.29364. Epub 2015 Mar 30.
- Sanmamed MF, Fernandez-Landazuri S, Rodriguez C, Zarate R, Lozano MD, Zubiri L, Perez-Gracia JL, Martin-Algarra S, Gonzalez A. Quantitative cell-free circulating BRAFV600E mutation analysis by use of droplet digital PCR in the follow-up of patients with melanoma being treated with BRAF inhibitors. Clin Chem. 2015 Jan;61(1):297-304. doi: 10.1373/clinchem.2014.230235. Epub 2014 Nov 19.
- Hosny G, Farahat N, Tayel H, Hainaut P. Ser-249 TP53 and CTNNB1 mutations in circulating free DNA of Egyptian patients with hepatocellular carcinoma versus chronic liver diseases. Cancer Lett. 2008 Jun 18;264(2):201-8. doi: 10.1016/j.canlet.2008.01.031. Epub 2008 Mar 3.
- Izumchenko E, Chang X, Brait M, Fertig E, Kagohara LT, Bedi A, Marchionni L, Agrawal N, Ravi R, Jones S, Hoque MO, Westra WH, Sidransky D. Targeted sequencing reveals clonal genetic changes in the progression of early lung neoplasms and paired circulating DNA. Nat Commun. 2015 Sep 16;6:8258. doi: 10.1038/ncomms9258.
- Hamakawa T, Kukita Y, Kurokawa Y, Miyazaki Y, Takahashi T, Yamasaki M, Miyata H, Nakajima K, Taniguchi K, Takiguchi S, Mori M, Doki Y, Kato K. Monitoring gastric cancer progression with circulating tumour DNA. Br J Cancer. 2015 Jan 20;112(2):352-6. doi: 10.1038/bjc.2014.609. Epub 2014 Dec 9.
- Wang Y, Springer S, Mulvey CL, Silliman N, Schaefer J, Sausen M, James N, Rettig EM, Guo T, Pickering CR, Bishop JA, Chung CH, Califano JA, Eisele DW, Fakhry C, Gourin CG, Ha PK, Kang H, Kiess A, Koch WM, Myers JN, Quon H, Richmon JD, Sidransky D, Tufano RP, Westra WH, Bettegowda C, Diaz LA Jr, Papadopoulos N, Kinzler KW, Vogelstein B, Agrawal N. Detection of somatic mutations and HPV in the saliva and plasma of patients with head and neck squamous cell carcinomas. Sci Transl Med. 2015 Jun 24;7(293):293ra104. doi: 10.1126/scitranslmed.aaa8507.
- Reinert T, Scholer LV, Thomsen R, Tobiasen H, Vang S, Nordentoft I, Lamy P, Kannerup AS, Mortensen FV, Stribolt K, Hamilton-Dutoit S, Nielsen HJ, Laurberg S, Pallisgaard N, Pedersen JS, Orntoft TF, Andersen CL. Analysis of circulating tumour DNA to monitor disease burden following colorectal cancer surgery. Gut. 2016 Apr;65(4):625-34. doi: 10.1136/gutjnl-2014-308859. Epub 2015 Feb 4.
Полезные ссылки
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования
1 ноября 2015 г.
Первичное завершение (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
1 августа 2017 г.
Завершение исследования (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
1 августа 2017 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
13 ноября 2015 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
19 ноября 2015 г.
Первый опубликованный (ОЦЕНИВАТЬ)
23 ноября 2015 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (ДЕЙСТВИТЕЛЬНЫЙ)
6 апреля 2018 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
4 апреля 2018 г.
Последняя проверка
1 апреля 2018 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Ключевые слова
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- Pathway Gennomics 004
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕТ
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .