Plasmassa kiertävän kasvain-DNA:n (ctDNA) käyttö oireettomilla koehenkilöillä kasvainsairauden havaitsemiseksi (H1000)
keskiviikko 4. huhtikuuta 2018 päivittänyt: Pathway Genomics
Pathway Genomics Corporation (Pathway Genomics), San Diegossa Kaliforniassa sijaitseva yritys, on mukana kehittämässä ja validoimassa uusia molekyylidiagnostiikkaanalyysejä plasmaperäisestä DNA:sta (solusta) löytyvän kiertävän kasvaimen deoksiribonukleiinihapon (DNA) (ctDNA) analysoimiseksi. -vapaa DNA tai cfDNA) spesifisten varianttien (mutaatioiden) tunnistamiseksi syöpää aiheuttavista geeneistä.
ctDNA:n mutaatioiden testauksen tarkoituksena on havaita ja seurata syöpää.
Kaikki solut levittävät DNA:ta verenkiertoon.
Syöpään liittyvien mutaatioiden löytäminen cfDNA:sta voi johtaa syövän varhaiseen havaitsemiseen muuten näennäisesti terveellä (esim.
oireeton) yksilö tai voi antaa terveydenhuollon tarjoajan seurata ja hoitaa tunnettua syöpäpotilasta tehokkaammin.
Analyysi suoritetaan käyttämällä polymeraasiketjureaktioon (PCR) perustuvaa metodologiaa, jossa oligonukleotidit suunnitellaan kohdentamaan spesifisiä mutaatioita nimetyissä kiinnostavissa geeneissä, mitä seuraa seuraavan sukupolven monistettujen kohteiden syväsekvensointi.
Näiden määritysten suorituskyvyn arviointi syövän seulomiseksi oireettomilla koehenkilöillä on olennaista näiden määritysten käytön kliinisen validoinnin kannalta.
Tämän protokollan erityinen tavoite on saada asiaankuuluvia ihmisverinäytteitä yksittäisistä koehenkilöistä, joilla on keskimääräistä suurempi riski saada syöpä iän, perinnöllisyyden tai ympäristön tai myrkyllisyyden vuoksi käytettäväksi tämän menetelmän tilastollisessa analyysissä lisäseulonnana. testi syövän mahdollisen esiintymisen varalta.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Ehdot
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämän tutkimuksen tavoitteena on saada ihmisverinäytteitä oireettomilta koehenkilöiltä, joilla ei ole koskaan diagnosoitu syöpään, mutta joilla saattaa olla lisääntynyt riski sairastua syöpään perinnöllisyyden, altistumisen, iän tai sukuhistorian vuoksi, jotta voidaan arvioida seulonnan validiteetti terveenä, mutta syöpäriskipotilailla ctDNA-analyysin avulla.
Verinäytteet otetaan erityisesti henkilöiltä, jotka ovat vastanneet itsetehtävään terveyskyselyyn, joka seuloi korkeamman riskin sairastua syöpään. Jokaista osallistujaa pyydetään toimittamaan 30 ml:n verinäyte perusterveydenhuollon tarjoajan (PCP) tai laillistetun flebotomistin ottamista varten. Tutkimuksen aikana kerättyjä näytteitä voidaan käyttää myös uusien tai muunnettujen molekyyligenetiikan määritysten tutkimuksessa ja kehittämisessä. Näiden tutkimusten tuloksia käytetään edistämään ymmärrystä ctDNA:n käytöstä ihmisten syövän havaitsemiseen ja seurantaan.
Verinäytteet kerätään Streckin valmistamiin Cell-Free DNA BCT® -niisiin verenkeräysputkiin (BCT), jotka on tarkoitettu soluttoman plasma-DNA:n keräämiseen, stabilointiin ja kuljettamiseen. Tämä laite myös stabiloi ja säilyttää solujen genomisen DNA:n, joka on läsnä tumallisissa verisoluissa ja kiertävissä epiteelisoluissa (kasvainsoluissa), joita löytyy kokoverestä. Yhdysvaltain elintarvike- ja lääkevirasto ei ole hyväksynyt tätä tuotetta in vitro -diagnostiikkaan, ja Streck on merkinnyt sen vain tutkimuskäyttöön. Clinical Laboratory Improvement Changes (CLIA) -määräysten mukaan laboratorioilla on lupa validoida ja käyttää osana laboratoriokehitettyä testiä (LDT) laitteita, joita FDA ei ole hyväksynyt tai hyväksynyt. Pathway Genomics validoi CancerInterceptTM Detect -molekyylianalyysijärjestelmän Streck-putkilla CLIA:n mukaisesti.
Kun näytteet keräävä lääkäri tai flebotomisti on kerännyt ja lähettänyt näytteen Pathwaylle, Pathwayn laboratorion henkilökunta suorittaa kaiken muun käsittelyn ja testauksen. Analyysi alkaa plasman erottamisella muusta verinäytteestä. cfDNA eristetään sitten jokaisesta näytteestä. cfDNA:n määrä mitataan ja sitten näyte monistetaan PCR:llä seuraavan sukupolven sekvensointia varten. Sekvensoinnin tulokset analysoidaan sitten yhden tai useamman tässä määrityksessä analysoidusta 96 mutaatiosta. Sen jälkeen tiedot tarkistetaan ja niistä laaditaan raportti.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Todellinen)
1106
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
California
-
San Diego, California, Yhdysvallat, 92121
- Pathway Genomics
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
18 vuotta ja vanhemmat (AIKUINEN, OLDER_ADULT)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Joo
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Henkilöt, joilla on lisääntynyt riski sairastua syöpään johtuen yli 50-vuotiaista iästä, vahvasta suvussa syöpäsairaudesta, tunnetusti patogeenisen muunnelman kantaja geenissä, joka viittaa lisääntyneeseen syöpäriskiin, esimerkiksi perinnöllinen syöpäoireyhtymä tai altistuminen ympäristömyrkkyille, karsinogeeneille tai mutageeneille, mukaan lukien tupakka.
Henkilöillä on oltava lailliset valtuudet antaa suostumus, ja siksi he ovat vähintään 18-vuotiaita.
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- vahva suvussa esiintynyt syöpää
- patogeenisen variantin tunnettu kantaja geenissä, joka osoittaa lisääntynyttä syöpäriskiä, esimerkiksi BRCA1- tai TP53-geeneissä.
- altistuminen ympäristömyrkkyille, syöpää aiheuttaville aineille tai mutageeneille, mukaan lukien mutta ei rajoittuen tupakka, säteily, asbesti, pitkäaikainen teollisuuskemiallinen altistuminen
- 50 vuotta tai yli
Poissulkemiskriteerit:
- aiemmin diagnosoitu syöpä paitsi tyvisolusyöpä
- ei riskitekijöitä, jotka asettavat henkilön suuren riskin
- ikä alle 18 vuotta
- henkilöt, jotka eivät halua allekirjoittaa IRB:n hyväksymää suostumuslomaketta
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Lisääntynyt syöpäriski
Ryhmään tulee kuulua vähintään 1000 henkilöä, joilla on suuri riski sairastua syöpään.
Riski arvioidaan täyttämällä kliinisen historian kyselylomake.
Esimerkkejä tällaisista kohteista ovat ne, joilla on tunnettuja perinnöllisen syövän oireyhtymän patogeenisiä muunnelmia ilman syöpädiagnoosia, joilla on merkittävä suvussa rinta-, munasarja-, paksusuolen- tai keuhkosyöpää tai melanoomaa tai jokin muu voimakas syöpähistoria, mutta ei aikaisempaa molekyylidiagnoosia, raskaat tupakoitsijat tai jotka ovat alttiina syöpää aiheuttaville aineille ja mutageeneille.
Yksilöt, jotka täyttävät sisällyttämiskriteerit, läpikäyvät soluttoman DNA-eristyksen ja kiertävän kasvaimen DNA:n (ctDNA) -analyysin mahdolliseen pahanlaatuiseen kasvaimen kehittymiseen liittyvien geneettisten mutaatioiden havaitsemiseksi.
|
Soluton DNA (cfDNA) eristetään veriplasmanäytteestä ja testataan 96 spesifisen hyvin kuvatun mutaation esiintymisen suhteen 9 syöpää aiheuttavassa geenissä.
Jos mutaatiosta on enemmän kuin 2 kopiota, se voi viitata pahanlaatuisen kasvaimen esiintymiseen.
Seuranta koehenkilön lääkärin kanssa olisi tarpeen tutkimusta ja mahdollisia lisätutkimuksia varten, jotka lääkäri haluaa tehdä arvioidakseen edelleen syövän kehittymistä.
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kohteiden lukumäärä, joilla on yksi tai useampi 96 ctDNA-mutaatiosta
Aikaikkuna: 1 vuosi
|
Vähintään 1000 henkilön kohortti, jolla on suuri riski sairastua syöpään, testataan ctDNA-analyysin avulla 96 hyvin kuvatun mutaation esiintymisen varalta 9 syöpää aiheuttavassa geenissä.
Sellaisten yksilöiden lukumäärä, joilla on yksi tai useampi 96 tutkitusta mutaatiosta, arvioidaan.
|
1 vuosi
|
|
Positiivisista koehenkilöistä löydettyjen mutanttialleelien kopioiden lukumäärä
Aikaikkuna: 1 vuosi
|
Tutkimukseen otetun kohortin joukosta, joissa yksi tai useampi 96 ctDNA-mutaatiosta havaitaan, lasketaan kopioiden lukumäärä analysoitua plasmanäytettä kohti.
|
1 vuosi
|
|
CtDNA:n prosenttiosuus kiertävän vapaan DNA:n (cfDNA) kokonaismäärästä
Aikaikkuna: 1 vuosi
|
Näytteissä, joiden havaitaan sisältävän yhden tai useamman ctDNA-mutaation, ctDNA:n prosenttiosuus cfDNA:n kokonaismäärästä lasketaan.
|
1 vuosi
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Niiden koehenkilöiden lukumäärä, joilla on yksi tai useampi 96 ctDNA-mutaatiosta ja jotka kehittävät syöpää
Aikaikkuna: 1-5 vuotta
|
Tutkimukseen osallistuneita 1000 henkilöä seurataan 1–5 vuoden ajan pahanlaatuisen kasvaimen kehittymisen arvioimiseksi.
Erityistä huomiota kiinnitetään kohorttiin, jolla on ensimmäiset määritykset, jotka osoittavat ctDNA:n läsnäolon.
Koehenkilöt voidaan testata uudelleen ajan myötä muuttuvien ctDNA-tasojen osoittamiseksi.
Heidän omat lääkärinsä ohjaavat kaikkia seurantatutkimuksia, kuten kuvantamista tai muita laboratoriotutkimuksia.
Testi on suunniteltu tapa löytää syöpä henkilöillä, joilla on korkea riski sairastua syöpään.
|
1-5 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Tutkijat
- Päätutkija: Glenn Braunstein, MD, Pathway Genomics
- Opintojohtaja: Anja Kammesheidt, PhD, Pathway Genomics
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Bettegowda C, Sausen M, Leary RJ, Kinde I, Wang Y, Agrawal N, Bartlett BR, Wang H, Luber B, Alani RM, Antonarakis ES, Azad NS, Bardelli A, Brem H, Cameron JL, Lee CC, Fecher LA, Gallia GL, Gibbs P, Le D, Giuntoli RL, Goggins M, Hogarty MD, Holdhoff M, Hong SM, Jiao Y, Juhl HH, Kim JJ, Siravegna G, Laheru DA, Lauricella C, Lim M, Lipson EJ, Marie SK, Netto GJ, Oliner KS, Olivi A, Olsson L, Riggins GJ, Sartore-Bianchi A, Schmidt K, Shih lM, Oba-Shinjo SM, Siena S, Theodorescu D, Tie J, Harkins TT, Veronese S, Wang TL, Weingart JD, Wolfgang CL, Wood LD, Xing D, Hruban RH, Wu J, Allen PJ, Schmidt CM, Choti MA, Velculescu VE, Kinzler KW, Vogelstein B, Papadopoulos N, Diaz LA Jr. Detection of circulating tumor DNA in early- and late-stage human malignancies. Sci Transl Med. 2014 Feb 19;6(224):224ra24. doi: 10.1126/scitranslmed.3007094.
- Freidin MB, Freydina DV, Leung M, Montero Fernandez A, Nicholson AG, Lim E. Circulating tumor DNA outperforms circulating tumor cells for KRAS mutation detection in thoracic malignancies. Clin Chem. 2015 Oct;61(10):1299-304. doi: 10.1373/clinchem.2015.242453. Epub 2015 Aug 13.
- Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW Jr, Alizadeh AA, Diehn M. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage. Nat Med. 2014 May;20(5):548-54. doi: 10.1038/nm.3519. Epub 2014 Apr 6.
- Kidess E, Heirich K, Wiggin M, Vysotskaia V, Visser BC, Marziali A, Wiedenmann B, Norton JA, Lee M, Jeffrey SS, Poultsides GA. Mutation profiling of tumor DNA from plasma and tumor tissue of colorectal cancer patients with a novel, high-sensitivity multiplexed mutation detection platform. Oncotarget. 2015 Feb 10;6(4):2549-61. doi: 10.18632/oncotarget.3041.
- Perrone F, Lampis A, Bertan C, Verderio P, Ciniselli CM, Pizzamiglio S, Frattini M, Nucifora M, Molinari F, Gallino G, Gariboldi M, Meroni E, Leo E, Pierotti MA, Pilotti S. Circulating free DNA in a screening program for early colorectal cancer detection. Tumori. 2014 Mar-Apr;100(2):115-21. doi: 10.1177/030089161410000201.
- Lin PC, Lin JK, Lin CH, Lin HH, Yang SH, Jiang JK, Chen WS, Chou CC, Tsai SF, Chang SC. Clinical Relevance of Plasma DNA Methylation in Colorectal Cancer Patients Identified by Using a Genome-Wide High-Resolution Array. Ann Surg Oncol. 2015 Dec;22 Suppl 3:S1419-27. doi: 10.1245/s10434-014-4277-2. Epub 2014 Dec 4.
- Spindler KL, Appelt AL, Pallisgaard N, Andersen RF, Brandslund I, Jakobsen A. Cell-free DNA in healthy individuals, noncancerous disease and strong prognostic value in colorectal cancer. Int J Cancer. 2014 Dec 15;135(12):2984-91. doi: 10.1002/ijc.28946. Epub 2014 Jun 17.
- Beaver JA, Jelovac D, Balukrishna S, Cochran R, Croessmann S, Zabransky DJ, Wong HY, Toro PV, Cidado J, Blair BG, Chu D, Burns T, Higgins MJ, Stearns V, Jacobs L, Habibi M, Lange J, Hurley PJ, Lauring J, VanDenBerg D, Kessler J, Jeter S, Samuels ML, Maar D, Cope L, Cimino-Mathews A, Argani P, Wolff AC, Park BH. Detection of cancer DNA in plasma of patients with early-stage breast cancer. Clin Cancer Res. 2014 May 15;20(10):2643-2650. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-13-2933. Epub 2014 Feb 6.
- Oshiro C, Kagara N, Naoi Y, Shimoda M, Shimomura A, Maruyama N, Shimazu K, Kim SJ, Noguchi S. PIK3CA mutations in serum DNA are predictive of recurrence in primary breast cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2015 Apr;150(2):299-307. doi: 10.1007/s10549-015-3322-6. Epub 2015 Mar 4.
- Bianchi DW, Chudova D, Sehnert AJ, Bhatt S, Murray K, Prosen TL, Garber JE, Wilkins-Haug L, Vora NL, Warsof S, Goldberg J, Ziainia T, Halks-Miller M. Noninvasive Prenatal Testing and Incidental Detection of Occult Maternal Malignancies. JAMA. 2015 Jul 14;314(2):162-9. doi: 10.1001/jama.2015.7120.
- Kinugasa H, Nouso K, Miyahara K, Morimoto Y, Dohi C, Tsutsumi K, Kato H, Matsubara T, Okada H, Yamamoto K. Detection of K-ras gene mutation by liquid biopsy in patients with pancreatic cancer. Cancer. 2015 Jul 1;121(13):2271-80. doi: 10.1002/cncr.29364. Epub 2015 Mar 30.
- Sanmamed MF, Fernandez-Landazuri S, Rodriguez C, Zarate R, Lozano MD, Zubiri L, Perez-Gracia JL, Martin-Algarra S, Gonzalez A. Quantitative cell-free circulating BRAFV600E mutation analysis by use of droplet digital PCR in the follow-up of patients with melanoma being treated with BRAF inhibitors. Clin Chem. 2015 Jan;61(1):297-304. doi: 10.1373/clinchem.2014.230235. Epub 2014 Nov 19.
- Hosny G, Farahat N, Tayel H, Hainaut P. Ser-249 TP53 and CTNNB1 mutations in circulating free DNA of Egyptian patients with hepatocellular carcinoma versus chronic liver diseases. Cancer Lett. 2008 Jun 18;264(2):201-8. doi: 10.1016/j.canlet.2008.01.031. Epub 2008 Mar 3.
- Izumchenko E, Chang X, Brait M, Fertig E, Kagohara LT, Bedi A, Marchionni L, Agrawal N, Ravi R, Jones S, Hoque MO, Westra WH, Sidransky D. Targeted sequencing reveals clonal genetic changes in the progression of early lung neoplasms and paired circulating DNA. Nat Commun. 2015 Sep 16;6:8258. doi: 10.1038/ncomms9258.
- Hamakawa T, Kukita Y, Kurokawa Y, Miyazaki Y, Takahashi T, Yamasaki M, Miyata H, Nakajima K, Taniguchi K, Takiguchi S, Mori M, Doki Y, Kato K. Monitoring gastric cancer progression with circulating tumour DNA. Br J Cancer. 2015 Jan 20;112(2):352-6. doi: 10.1038/bjc.2014.609. Epub 2014 Dec 9.
- Wang Y, Springer S, Mulvey CL, Silliman N, Schaefer J, Sausen M, James N, Rettig EM, Guo T, Pickering CR, Bishop JA, Chung CH, Califano JA, Eisele DW, Fakhry C, Gourin CG, Ha PK, Kang H, Kiess A, Koch WM, Myers JN, Quon H, Richmon JD, Sidransky D, Tufano RP, Westra WH, Bettegowda C, Diaz LA Jr, Papadopoulos N, Kinzler KW, Vogelstein B, Agrawal N. Detection of somatic mutations and HPV in the saliva and plasma of patients with head and neck squamous cell carcinomas. Sci Transl Med. 2015 Jun 24;7(293):293ra104. doi: 10.1126/scitranslmed.aaa8507.
- Reinert T, Scholer LV, Thomsen R, Tobiasen H, Vang S, Nordentoft I, Lamy P, Kannerup AS, Mortensen FV, Stribolt K, Hamilton-Dutoit S, Nielsen HJ, Laurberg S, Pallisgaard N, Pedersen JS, Orntoft TF, Andersen CL. Analysis of circulating tumour DNA to monitor disease burden following colorectal cancer surgery. Gut. 2016 Apr;65(4):625-34. doi: 10.1136/gutjnl-2014-308859. Epub 2015 Feb 4.
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus
Sunnuntai 1. marraskuuta 2015
Ensisijainen valmistuminen (TODELLINEN)
Tiistai 1. elokuuta 2017
Opintojen valmistuminen (TODELLINEN)
Tiistai 1. elokuuta 2017
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Perjantai 13. marraskuuta 2015
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Torstai 19. marraskuuta 2015
Ensimmäinen Lähetetty (ARVIO)
Maanantai 23. marraskuuta 2015
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (TODELLINEN)
Perjantai 6. huhtikuuta 2018
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Keskiviikko 4. huhtikuuta 2018
Viimeksi vahvistettu
Sunnuntai 1. huhtikuuta 2018
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- Pathway Gennomics 004
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .