Helexomsekvensering i barndomsfetma

Antal ämnen som ska anmälas:

Eftersom vår studie syftar till att identifiera känsliga genetiska varianter associerade med tidig fetma, kommer vi att rekrytera 400 överviktiga barn för att delta i denna genetiska studie, utöver de befintliga DNA-prover som vi samlat in i en tidigare studie (DSRB Ref C/00/501 ). Dessa 400 överviktiga barn kommer att rekryteras genom NUH-pediatriska kliniken och skolhälsokliniken vid Health Promotion Board. Vi kommer också att rekrytera familjemedlemmar till de överviktiga barnen som är intresserade att gå med i forskningsstudien. Vi kommer att använda DNA-prover och information från 250 överviktiga barn som tidigare rekryterats till Obesity Genetic Study från januari 2000 till december 2004 (DSRB Ref C/00/501). Vi kommer också att utföra WES på 500 magra vuxna (som kontroller) rekryterade för en pågående studie med titeln "Hel exome-sekvensering för att identifiera gener för extrem närsynthet i asiatiska populationer" (NUS-IRB referenskod: 12-466).

Totalt antal nya patienter med fetma barn som ska rekryteras: 400 Totalt antal familjemedlemmar (föräldrar och syskon): 500 Totalt antal befintliga patienter med fetma barn som ska användas: 250 Totalt antal befintliga magra vuxenkontroller som ska användas: 500

Kriterier för rekrytering:

Läkaren kommer att ställa några enkla frågor angående ålder och sjukdomshistoria för försökspersoner.

För överviktiga personer: Överviktiga före 10 års ålder och kroppsvikten är 40 % över den ideala kroppsvikten för längd, eller BMI för ålder över 97:e percentilen utan någon större medicinsk sjukdom.

För familjemedlemmar: Föräldrar eller direkta syskon till överviktiga barn (inga urvalskriterier) För kontroller: Magra vuxna från pågående studie (NUS-IRB referenskod: 12-466) med BMI mellan 18,5 kg/m2 och 23 kg/m2

Inklusionskriterier:

Den överviktiga personen måste uppfylla alla följande inklusionskriterier för att delta i denna studie:

1. Idealisk kroppsvikt för längd (WFH) på minst 140 % eller BMI för ålder över 97:e percentilen
2. Övervikt före 10 års ålder
3. Informerat samtycke från både överviktiga barnsubjekt och juridiskt ombud t.ex. föräldrar

Familjemedlem måste uppfylla alla följande inklusionskriterier för att delta i denna studie:

1. Måste vara förälder eller direkt syskon till en person med fetma
2. Informerat samtycke från både försöksperson och förälder är under 21 år

Exklusions kriterier:

Alla försökspersoner som uppfyller något av uteslutningskriterierna vid baslinjen kommer att uteslutas från deltagande:

1. Olämplig för blodprovning och OGTT-testning
2. Inget informerat samtycke

Uttagskriterier:

Studien kan avbrytas om:

• Inget OSHE-godkännande
• Inget DSRB-godkännande
• Klagomål om olämpliga förfaranden som utförts på ämnen
• Laboratorietoxicitet

Studiebesök och rutiner:

1. Screeningbesök och procedurer Ämnet kommer att screenas på skolhälsomottagningen vid HPB eller NUH barnklinik. Ämnets ålder, vikt och längd kommer att tas. Endast de som läkaren fastställt att de har en ideal kroppsvikt för längd över 140 % eller BMI för ålder över 97:e percentilen av den lokala barnpopulationen kommer att bjudas in till studien. Försökspersonen kommer att få gå hem med samtyckesformuläret och svara inom 3 månader före rekrytering.

2. Studiebesök och rutiner Studiebesök 1: Utbildad läkare kommer att genomföra en intervju angående sjukdomshistoria om ämnet och utfört fysisk undersökning. 15 ml blod kommer att tas från patienten (efter fasta över natten) för testning av leverpanel, lipidpanel, fasteinsulinnivå, fastande C-peptidnivå. Försökspersonen kommer också att gå igenom ett oralt glukostoleranstest (OGTT) där 2 ml blod kommer att tas med både 0 min och 120 min tidsintervall under OGTT. Under 2 timmars OGTT kommer försökspersonerna att behöva fylla i 3 uppsättningar frågeformulär angående motivationsnivå, socioekonomisk status och fysisk aktivitet och kost.

   Familjemedlemmen till den överviktiga patienten måste gå igenom alla tester som beskrivs ovan för försökspersonen förutom att de inte behöver genomgå OGTT.

3. Slutstudiebesök:

   Det sista studiebesöket kommer att schemaläggas 2-3 veckor efter första besöket. Screeningsrapporten för försökspersonen kommer att granskas och utvärderas av den behandlande läkaren till försökspersonen.

4. Uppföljning och procedurer efter studien Försökspersonen kommer att kunna behålla en kopia av sina testrapporter för hälsoscreening. För försökspersoner som befinns lida av medicinska tillstånd som dyslipidemi, högt blodtryck, hög kroppsfettprocent, leverfel eller glukosintolerans, kommer de att hänvisas till andra avdelningar för ytterligare testning och läkarvård för att bekräfta resultatmått. Försökspersoner som befunnits ha en sällsynt genetisk variant genom genetisk testning kommer också att kallas tillbaka för ytterligare och upprepa klinisk undersökning och testning.
5. Avbrytande besök och förfaranden Försökspersoner kan när som helst avbryta sitt deltagande i studien frivilligt. De biologiska proverna av försökspersonen kommer att kasseras på begäran av försökspersonen. Men om patienten visar sig lida av andra komplikationer under studiens hälsoscreening kommer de att informeras och remitteras till andra avdelningar för medicinsk behandling.

Kvalitetssäkring av data:

Den elektroniska inmatningen av patientdata i systemet kommer att hanteras av 2 forskningskoordinatorer som kommer att utföra datainmatningen oberoende. Således kommer data för varje ämne att matas in två gånger i systemet av de två oberoende forskningssamordnarna. Vi kommer att göra en systemjämförelse mellan de 2 posterna för per ämne för att säkerställa att all information om ämnet angavs korrekt och korrekt. Huvudutredaren kommer också att slumpvis kontrollera systemet varje månad för kvalitetssäkring av data.

Datainmatning och lagring:

De kliniska testdata och frågeformuläret kommer att skrivas in av försökspersonerna på papper. Pappersdokumentationen kommer att överföras eller transporteras tillbaka till PI:s kontor och varje ämnes data kommer att matas in elektroniskt av 2 oberoende forskningssamordnare för att säkerställa kvalitetssäkring av data. All elektronisk inmatning av dokumentationen kan endast utföras inom kontoret med hjälp av kontorsdatorn och all pappersdokumentation ska återlämnas för inlåsning i slutet av dagen. Den elektroniska dokumentationen kommer att vara lösenordsskyddad och papperskopian av pappersdokumentationen kommer att förvaras i ett lås- och nyckelskåp på PI:s kontor. Diskutera kort var data kommer att läggas in (dvs. kommer dessa att vara på papper eller elektroniskt), lagras och hanteras.

Bestämning av provstorlek:

Effektberäkningar utfördes med Quanto (ver 1.2.4). För att upptäcka varianter med en styrka av udda förhållanden på 2,0-5,0 i upptäcktsstadiet vid varierande MAF (α=0,01), är urvalsstorleken på 400 överviktiga barn cirka 51 % till 98 % kraft för att upptäcka varianter med stora effekter (ELLER = 3,5) i vårt upptäcktsstadium, vid MAF mellan 0,5 % respektive 3,0 % (α=0,01).

Statistiska och analytiska planer:

Alla prioriterade skadliga icke-synonyma varianter kommer att testas för statistisk association i en fallkontrolldesign med SPSS. Det exakta 2-tailed Fisher-testet kommer att användas för varianter med MAF < 3 % och logistisk regression, justering för kön kommer att utföras för varianter med MAF ≥ 3 %. Dessa kommer att göras med PLINK. Vi kommer också att utföra belastningstester på gennivå med programvaran Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Alla resultat på singelvarianter och på gennivå kommer att korrigeras för flera tester med hjälp av en Bonferonni-korrigering. Eventuella varianter som identifieras av prediktionsverktyget (Polyphen2) för att vara mycket störande (definierade som nonsens, splitsningsplats- och ramförskjutning, som allvarligt stör proteinstrukturen) kommer att prioriteras för validering.

Statistiska analyser av de novo genotypningsdata kommer att likna den i primärt mål 1. Därefter kommer vi att metaanalysera data från upptäckts- och valideringsstadierna med hjälp av en inversvariansvägd metod, med antagande av en modell med fast effekt, för att härleda övergripande poolade uppskattningar och tvåsidiga p-värden. Heterogenitetskontroller kommer att utföras (Cochrans Q- och I2-index), och vid varianter där signifikant (Q p-värde <0,05 och/eller I2-index >40 %) heterogenitet detekteras kommer metaanalysen att utföras i läget för slumpmässiga effekter också.

LAGRING AV PROVDOKUMENT:

Dokumentationen för alla deltagare som inkluderar medicinsk historia, klinisk rapport, blodprovsresultat, frågeformulär, OSHE-dokumentation, IRB-dokumentation och DSRB-dokumentation kommer att förvaras av huvudutredaren i ett låst skåp på hans kortkontor. Endast huvudutredaren kommer att hålla nyckeln och ha direkt tillgång till låsskåpet. Dessa dokument kommer att bevaras under en period av 6 år efter avslutad forskningsstudie.

För huvudutredare initierade försök:

Alla allvarliga biverkningar (SAE) som är oväntade och relaterade till studieläkemedlet måste rapporteras till HSA.

"En allvarlig biverkning eller allvarlig biverkning av läkemedel är varje ogynnsam medicinsk händelse vid vilken dos som helst som:

• Resultat i döden.
• Är livshotande (omedelbar risk för dödsfall).
• Kräver slutenvård eller förlängning av befintlig sjukhusvistelse.
• Resulterar i bestående eller betydande funktionsnedsättning/oförmåga.
• Resulterar i medfödd anomali/födelsedefekt.
• Är en medicinskt viktig händelse.

Medicinsk och vetenskaplig bedömning bör utövas för att avgöra om en händelse är en viktig medicinsk händelse. En viktig medicinsk händelse får inte vara omedelbart livshotande och/eller leda till dödsfall eller sjukhusvistelse. Men om det fastställs att händelsen kan äventyra försökspersonen och/eller kan kräva ingripande för att förhindra en av de andra biverkningsutfallen, ska den viktiga medicinska händelsen rapporteras som allvarlig."

Alla SAE som är oväntade och relaterade till studieläkemedlet kommer att rapporteras. Utredaren ansvarar för att meddela HSA senast 15 kalenderdagar efter första kännedom om att ärendet kvalificerar för skyndsam rapportering. Uppföljningsinformation kommer aktivt att sökas och skickas när den blir tillgänglig. För dödliga eller livshotande fall kommer HSA att meddelas så snart som möjligt men senast 7 kalenderdagar efter första kännedom om att ett fall kvalificerar sig, följt av en fullständig rapport inom 8 ytterligare kalenderdagar.