Koko eksomin sekvensointi lasten liikalihavuudessa

Ilmoittautuvien aiheiden määrä:

Koska tutkimuksemme tavoitteena on tunnistaa herkkiä geneettisiä muunnelmia, jotka liittyvät varhaiseen liikalihavuuteen, rekrytoimme 400 lihavaa lasta osallistumaan tähän geneettiseen tutkimukseen aiemmassa tutkimuksessa keräämiemme DNA-näytteiden lisäksi (DSRB Ref C/00/501). ). Nämä 400 lihavaa lasta rekrytoidaan NUH:n lastenklinikan ja Health Promotion Boardin kouluterveysklinikan kautta. Rekrytoimme myös liikalihavien lasten perheenjäseniä, jotka ovat kiinnostuneita tutkimukseen. Käytämme 250 lihavan lapsen DNA-näytteitä ja tietoja, jotka on värvätty liikalihavuuden geneettiseen tutkimukseen tammikuusta 2000 joulukuuhun 2004 (DSRB Ref C/00/501). Suoritamme myös WES:n 500 laihalle aikuiselle (kontrollina), jotka on värvätty meneillään olevaan tutkimukseen, jonka otsikko on "Koko eksomin sekvensointi äärimmäisen likinäköisyyden geenien tunnistamiseksi Aasian populaatioissa" (NUS-IRB-viitekoodi: 12-466).

Uusien rekrytoitavien liikalihavien lasten koehenkilöiden kokonaismäärä: 400 Perheenjäsenten kokonaismäärä (vanhemmat ja sisarukset): 500 Käytettävien nykyisten lihavien lasten koehenkilöiden kokonaismäärä: 250 Käytettävien nykyisten laihojen aikuisten kontrollien kokonaismäärä: 500

Rekrytointikriteerit:

Lääkäri kysyy muutaman yksinkertaisen kysymyksen koskien koehenkilöiden ikää ja sairaushistoriaa.

Liikalihavat henkilöt: Ylipainoinen ennen 10 vuoden ikää ja ruumiinpaino on 40 % korkeampi kuin ihanteellinen ruumiinpaino pituuteen nähden tai BMI yli 97. prosenttipisteen iässä ilman vakavaa lääketieteellistä sairautta.

Perheenjäsenille: Lihavien lasten vanhemmat tai suorat sisarukset (ei valintaperusteita) Kontrollit: Laihat aikuiset meneillään olevassa tutkimuksessa (NUS-IRB-viitekoodi: 12-466), joiden BMI on 18,5 kg/m2 - 23 kg/m2

Sisällyttämiskriteerit:

Lihavan henkilön on täytettävä kaikki seuraavat osallistumiskriteerit voidakseen osallistua tähän tutkimukseen:

1. Ihanteellinen paino vähintään 140 %:n pituudelle (WFH) tai BMI:lle yli 97. prosenttipisteen iässä
2. Ylipainoinen ennen 10 vuoden ikää
3. Tietoinen suostumus sekä liikalihavien lasten subjektilta että lailliselta edustajalta, esim. vanhemmat

Perheenjäsenen on täytettävä kaikki seuraavat osallistumiskriteerit voidakseen osallistua tähän tutkimukseen:

1. Täytyy olla lihavan henkilön vanhempi tai suora sisarus
2. Sekä tutkittavan että vanhemman tietoinen suostumus on alle 21-vuotias

Poissulkemiskriteerit:

Kaikki tutkittavat, jotka täyttävät lähtötilanteessa jonkin poissulkemiskriteerin, suljetaan pois osallistumisesta:

1. Ei sovellu verikokeisiin ja OGTT-testeihin
2. Ei tietoista suostumusta

Peruuttamiskriteerit:

Tutkimus voidaan keskeyttää, jos:

• Ei OSHE:n hyväksyntää
• Ei DSRB-hyväksyntää
• Valitukset kaikista aiheille tehdyistä sopimattomista toimenpiteistä
• Laboratorio toksisuus

Opintokäynnit ja menettelyt:

1. Seulontakäynnit ja -menettelyt Kohde seulotaan HPB:n tai NUH:n lastenklinikan koulun terveysasemalla. Tutkittavan ikä, paino ja pituus otetaan huomioon. Tutkimukseen kutsutaan vain ne, joiden ihanteellinen ruumiinpaino on lääkärin mukaan yli 140 % pituudesta tai BMI:n iästä yli 97. persentiili paikallisesta lapsiväestöstä. Koehenkilö pääsee kotiin suostumuslomakkeella ja vastaa 3 kuukauden kuluessa ennen rekrytointia.

2. Opintokäynnit ja menettelyt Opintokäynti 1: Koulutettu lääkäri tekee haastattelun sairaushistoriasta, jos kohde ja suoritti fyysisen tutkimuksen. Potilaalta otetaan 15 ml verta (yön paaston jälkeen) maksapaneelin, lipidipaneelin, paastoinsuliinitason ja paasto-C-peptiditason testausta varten. Koehenkilölle tehdään myös oraalinen glukoositoleranssitesti (OGTT), jossa OGTT:n aikana otetaan 2 ml verta sekä 0 minuutin että 120 minuutin välein. Kahden tunnin OGTT:n aikana koehenkilöiden tulee täyttää kolme kyselylomaketta, jotka koskevat motivaatiotasoa, sosioekonomista asemaa sekä fyysistä aktiivisuutta ja ruokavaliota.

   Lihavan henkilön perheenjäsenen on läpäistävä kaikki yllä kuvatut kokeet, paitsi että hänen ei tarvitse käydä läpi OGTT:tä.

3. Viimeinen opintokäynti:

   Viimeinen opintokäynti ajoitetaan 2-3 viikon kuluttua ensimmäisestä vierailusta. Tutkittavan seulontaraportin tarkastaa ja arvioi koehenkilöä hoitava lääkäri.

4. Tutkimuksen jälkeinen seuranta ja menettelyt Tutkittava voi säilyttää kopion terveystarkastusraporteistaan. Koehenkilöt, joiden todetaan kärsivän sairauksista, kuten dyslipidemiasta, korkeasta verenpaineesta, korkeasta kehon rasvaprosentista, maksan toimintahäiriöstä tai glukoosi-intoleranssista, ohjataan muille osastoille lisätutkimuksia ja lääketieteellistä apua varten tulosmittausten vahvistamiseksi. Koehenkilöt, joilla on harvinainen geneettinen variantti geneettisen testauksen avulla, kutsutaan myös takaisin lisätutkimuksiin ja uusiin kliinisiin tutkimuksiin ja testauksiin.
5. Keskeytyskäynti ja menettelyt Koehenkilöt voivat peruuttaa tutkimukseen osallistumisen vapaaehtoisesti milloin tahansa. Kohteen biologiset näytteet hylätään tutkittavan pyynnöstä. Jos potilaalla kuitenkin todetaan tutkimusterveystarkastuksen aikana muita komplikaatioita, hänet neuvotaan ja ohjataan muille osastoille hoitoa varten.

Tietojen laadunvarmistus:

Potilaiden tietojen sähköisen syöttämisen järjestelmään hoitaa 2 tutkimuskoordinaattoria, jotka suorittavat tiedon syöttämisen itsenäisesti. Siten 2 riippumatonta tutkimuskoordinaattoria syöttävät kunkin aiheen tiedot järjestelmään kahdesti. Teemme järjestelmävertailun kahden merkinnän välillä aihekohtaisesti varmistaaksemme, että kaikki aiheen tiedot on syötetty oikein ja tarkasti. Päätutkija tarkistaa myös satunnaisesti järjestelmän läpi kuukausittain tietojen laadunvarmistuksen varmistamiseksi.

Tietojen syöttö ja tallennus:

Tutkittavat syöttävät kliinisen testauksen tiedot ja kyselylomakkeen paperille. Paperiset dokumentaatiot siirretään tai kuljetetaan takaisin PI:n toimistoon ja jokaisen koehenkilön tiedot syötetään sähköisesti 2 riippumattoman tutkimuskoordinaattorin toimesta tietojen laadunvarmistuksen varmistamiseksi. Kaikki asiakirjojen sähköinen syöttö voidaan suorittaa vain toimiston sisällä toimiston tietokoneella ja kaikki paperiasiakirjat tulee palauttaa suljettavaksi päivän päätteeksi. Sähköiset dokumentaatiot suojataan salasanalla ja paperidokumentaatiot säilytetään PI:n toimiston lukko-avainkaapissa. Keskustele lyhyesti, mihin tiedot syötetään (eli ovatko nämä merkinnät paperilla vai sähköisesti), säilytetään ja käsitellään.

Näytteen koon määrittäminen:

Teholaskelmat suoritettiin käyttämällä Quantoa (versio 1.2.4). Varianttien havaitsemiseksi parittomien suhteiden teholla 2,0–5,0 löytövaiheessa vaihtelevalla MAF:lla (α = 0,01), 400 lihavan lapsen otoskoko on noin 51–98 % voimakkaiden varianttien havaitsemiseksi (TAI = 3.5) löytövaiheessamme MAF:lla 0,5 % ja 3,0 % välillä (α = 0,01).

Tilastolliset ja analyyttiset suunnitelmat:

Kaikkien priorisoitujen vahingoittavien ei-synonyymien varianttien tilastollinen yhteys testataan tapauskontrollisuunnittelussa SPSS:n avulla. Kaksisuuntaista Fisherin tarkkaa testiä käytetään muunnelmille, joiden MAF on < 3 %, ja logistista regressiota, sukupuolen mukauttaminen suoritetaan muunnelmille, joiden MAF on ≥ 3 %. Nämä tehdään käyttämällä PLINK-toimintoa. Teemme myös geenitason kuormitustestejä Sequencing Kernel Association Test (SKAT) -ohjelmistolla. Kaikki yhden muunnelman ja geenitason tulokset korjataan useiden testien osalta käyttämällä Bonferonni-korjausta. Kaikki ennustustyökalun (Polyphen2) havaitsemat variantit ovat erittäin häiritseviä (määritelty järjettömiksi, silmukointikohdan ja kehyssiirtymän muutoksiksi, jotka häiritsevät vakavasti proteiinin rakennetta) priorisoidaan validoinneissa.

De novo -genotyypitystietojen tilastolliset analyysit ovat samankaltaisia ​​kuin ensisijaisessa tavoitteessa 1. Tämän jälkeen meta-analysoimme löytö- ja validointivaiheen tiedot käyttämällä käänteisvarianssipainotettua menetelmää, olettaen kiinteävaikutteisen mallin, jotta saadaan kokonaispooli. estimaatit ja kaksipuoliset p-arvot. Heterogeenisuustarkistukset suoritetaan (Cochranin Q- ja I2-indeksit), ja muunnelmissa, joissa havaitaan merkittävää (Q p-arvo <0,05 ja/tai I2-indeksi >40 %) heterogeenisyyttä, meta-analyysi suoritetaan satunnaisvaikutusten tilassa. yhtä hyvin.

KOKEUSASIAKIRJOJEN SÄILYTTÄMINEN:

Päätutkija säilyttää kaikkien osallistujien muistiinpanot, jotka sisältävät sairaushistorian, kliinisen raportin, verikoetulokset, kyselylomakkeen, OSHE-asiakirjat, IRB-asiakirjat ja DSRB-asiakirjat. Vain päätutkijalla on avain hallussaan ja hänellä on suora pääsy sulkukaappiin. Näitä asiakirjoja säilytetään 6 vuotta tutkimuksen päättymisen jälkeen.

Päätutkijan aloittamat kokeet:

Kaikki vakavat haittatapahtumat (SAE), jotka ovat odottamattomia ja liittyvät tutkimuslääkkeeseen, on ilmoitettava HSA:lle.

"Vakava haittatapahtuma tai vakava haittavaikutus on mikä tahansa ei-toivottu lääketieteellinen tapahtuma millä tahansa annoksella, joka:

• Seuraukset kuolemaan.
• On hengenvaarallinen (välitön kuolemanvaara).
• Vaatii sairaalahoitoa tai olemassa olevan sairaalahoidon jatkamista.
• Seurauksena jatkuva tai merkittävä vamma/työkyvyttömyys.
• Seurauksena synnynnäinen poikkeavuus/sikiövaurio.
• Se on lääketieteellisesti tärkeä tapahtuma.

Lääketieteellistä ja tieteellistä harkintaa tulee käyttää määritettäessä, onko tapahtuma tärkeä lääketieteellinen tapahtuma. Tärkeä lääketieteellinen tapahtuma ei välttämättä ole välittömästi hengenvaarallinen ja/tai johtaa kuolemaan tai sairaalahoitoon. Jos kuitenkin todetaan, että tapahtuma voi vaarantaa kohteen ja/tai saattaa vaatia toimenpiteitä jonkin muun haittatapahtuman estämiseksi, tärkeä lääketieteellinen tapahtuma on raportoitava vakavaksi."

Kaikki odottamattomat ja tutkimuslääkkeeseen liittyvät SAE-tapahtumat raportoidaan. Tutkija on velvollinen ilmoittamaan HSA:lle viimeistään 15 kalenteripäivän kuluttua siitä, kun hän on saanut ensimmäisen tiedon siitä, että tapaus on oikeutettu nopeutettuun raportointiin. Seurantatietoja etsitään aktiivisesti ja toimitetaan sitä mukaa, kun niitä tulee saataville. Kuolemaan johtaneista tai hengenvaarallisista tapauksista HSA:lle ilmoitetaan mahdollisimman pian, mutta viimeistään 7 kalenteripäivän kuluttua siitä, kun ensimmäinen tieto siitä, että tapaus on hyväksytty, ja sen jälkeen täydellinen raportti 8 kalenteripäivän kuluessa.