Heleksom-sekvensering ved fedme hos barn

Antall fag som skal meldes på:

Ettersom studien vår tar sikte på å identifisere følsomme genetiske varianter assosiert med tidlig oppstått fedme, vil vi rekruttere 400 overvektige barn til å delta i denne genetiske studien, i tillegg til de eksisterende DNA-prøvene vi samlet inn i en tidligere studie (DSRB Ref C/00/501 ). Disse 400 overvektige barna vil bli rekruttert gjennom NUH barneklinikk og skolehelseklinikk ved Health Promotion Board. Vi vil også rekruttere familiemedlemmer til de overvektige barna som er interessert til å bli med i forskningsstudien. Vi vil bruke DNA-prøver og informasjon fra 250 overvektige barn som tidligere ble rekruttert til Obesity Genetic Study fra januar 2000 til desember 2004 (DSRB Ref C/00/501). Vi vil også utføre WES på 500 magre voksne (som kontroller) rekruttert til en pågående studie med tittelen "Hele exome-sekvensering for å identifisere gener for ekstrem nærsynthet i asiatiske populasjoner" (NUS-IRB referansekode: 12-466).

Totalt antall nye overvektige barn som skal rekrutteres: 400 Totalt antall familiemedlemmer (foreldre og søsken): 500 Totalt antall eksisterende overvektige barn som skal brukes: 250 Totalt antall eksisterende magre voksenkontroller som skal brukes: 500

Kriterier for rekruttering:

Legen vil stille noen enkle spørsmål angående alderen og sykehistorien til forsøkspersonene.

For overvektige personer: Overvektig før 10 års alder, og kroppsvekten er 40 % over den ideelle kroppsvekten for høyde, eller BMI for alder over 97. persentil uten noen større medisinsk sykdom.

For familiemedlemmer: Foreldre eller direkte søsken til overvektige barn (ingen utvalgskriterier) For kontroller: Magre voksne fra pågående studie (NUS-IRB referansekode: 12-466) med BMI mellom 18,5 kg/m2 og 23 kg/m2

Inklusjonskriterier:

Den overvektige personen må oppfylle alle følgende inklusjonskriterier for å delta i denne studien:

1. Ideell kroppsvekt for høyde (WFH) på minst 140 % eller BMI for alder over 97. persentil
2. Overvektig før 10 års alder
3. Informert samtykke fra både overvektige barn subjekt og juridisk representant f.eks. foreldre

Familiemedlem må oppfylle alle følgende inklusjonskriterier for å delta i denne studien:

1. Må være forelder eller direkte søsken til overvektige
2. Informert samtykke fra både forsøksperson og foresatte er under 21 år

Ekskluderingskriterier:

Alle forsøkspersoner som oppfyller noen av eksklusjonskriteriene ved baseline vil bli ekskludert fra deltakelse:

1. Uegnet for blodprøver og OGTT-testing
2. Ingen informert samtykke

Uttakskriterier:

Studien kan avbrytes hvis:

• Ingen OSHE-godkjenning
• Ingen DSRB-godkjenning
• Klager på eventuelle upassende prosedyrer utført på emner
• Laboratorietoksisitet

Studiebesøk og prosedyrer:

1. Screeningbesøk og prosedyrer Faget vil bli screenet ved skolehelseklinikken ved HPB eller NUH barneklinikk. Emnets alder, vekt og høyde vil bli tatt. Bare de som legen bestemte å ha en ideell kroppsvekt for høyde over 140 % eller BMI for alder på over 97. persentil av den lokale barnepopulasjonen vil bli invitert til studien. Observanden vil få reise hjem med samtykkeskjemaet og svare innen 3 måneder før rekruttering.

2. Studiebesøk og prosedyrer Studiebesøk 1: Opplært lege vil gjennomføre et intervju angående sykehistorien dersom emnet og utførte fysisk undersøkelse. 15 ml blod vil bli tappet fra forsøkspersonen (etter faste over natten) for testing av leverpanel, lipidpanel, fastende insulinnivå, fastende C-peptidnivå. Personen vil også gå gjennom en oral glukosetoleransetest (OGTT) hvor 2 ml blod vil bli tappet med både 0 min og 120 min tidsintervall under OGTT. I løpet av 2 timers OGTT vil forsøkspersonene bli pålagt å fylle ut 3 sett med spørreskjema angående motivasjonsnivå, sosioøkonomisk status og fysisk aktivitet og kosthold.

   Familiemedlemmet til den overvektige personen er pålagt å gå gjennom alle tester som beskrevet ovenfor for forsøkspersonen, bortsett fra at de ikke trenger å gjennomgå OGTT.

3. Avsluttende studiebesøk:

   Det endelige studiebesøket vil bli berammet 2-3 uker etter første besøk. Screeningsrapporten til forsøkspersonen vil bli gjennomgått og evaluert av behandlende lege til forsøkspersonen.

4. Oppfølging og prosedyrer etter studiet Forsøkspersonen vil kunne beholde en kopi av testrapportene for helsescreening. For forsøkspersoner som lider av medisinske tilstander som dyslipidemi, høyt blodtrykk, høy kroppsfettprosent, leversvikt eller glukoseintoleranse, vil de bli henvist til andre avdelinger for videre testing og medisinsk behandling for å bekrefte utfallsmål. Personer som er funnet å ha en sjelden genetisk variant gjennom genetisk testing vil også bli kalt tilbake for videre og gjentatt klinisk undersøkelse og testing.
5. Seponeringsbesøk og prosedyrer Forsøkspersonene kan når som helst trekke seg frivillig fra deltakelsen i studien. De biologiske prøvene av forsøkspersonen vil bli kastet på forespørsel fra forsøkspersonen. Men hvis pasienten ble funnet å lide av andre komplikasjoner under studiens helsescreening, vil de bli informert og henvist til andre avdelinger for medisinsk behandling.

Kvalitetssikring av data:

Den elektroniske inntastingen av pasientdata i systemet vil bli håndtert av 2 forskningskoordinatorer som vil utføre datainnføringen uavhengig. Dermed vil data for hvert emne legges inn to ganger i systemet av de 2 uavhengige forskningskoordinatorene. Vi vil gjøre en systemsammenligning mellom de 2 oppføringene for per emne for å sikre at all informasjon om emnet ble lagt inn riktig og nøyaktig. Hovedetterforskeren vil også tilfeldig sjekke gjennom systemet hver måned for kvalitetssikring av data.

Dataregistrering og lagring:

De kliniske testdataene og spørreskjemaet vil bli lagt inn av forsøkspersonene på papir. Papirdokumentasjonen vil bli overført eller transportert tilbake til PIs kontor, og hver fags data vil bli lagt inn elektronisk av 2 uavhengige forskningskoordinatorer for å sikre datakvalitetssikring. All elektronisk inntasting av dokumentasjonen kan kun utføres innen kontoret ved bruk av kontordatamaskinen og all papirdokumentasjon skal returneres for låsing ved dagens slutt. Den elektroniske dokumentasjonen vil være passordbeskyttet og papirdokumentasjonen oppbevares i et lås- og nøkkelskap på PIs kontor. Diskuter kort hvor data vil bli lagt inn (dvs. vil disse oppføringene være på papir eller elektronisk), lagret og håndtert.

Bestemmelse av prøvestørrelse:

Effektberegninger ble utført ved bruk av Quanto (ver 1.2.4). For å oppdage varianter med en styrke på oddetall på 2,0-5,0 i oppdagelsesstadiet ved varierende MAF (α=0,01), er prøvestørrelsen på 400 overvektige barn omtrent 51 % til 98 % kraft for å oppdage varianter med store effekter (OR = 3,5) i vårt funnstadium, ved MAF mellom henholdsvis 0,5 % og 3,0 % (α=0,01).

Statistiske og analytiske planer:

Alle prioriterte skadelige ikke-synonyme varianter vil bli testet for statistisk assosiasjon i et case-control design ved bruk av SPSS. 2-tailed Fishers eksakte test vil bli brukt for varianter med MAF < 3 % og logistisk regresjon, justering for kjønn vil bli utført for varianter med MAF ≥ 3 %. Disse vil bli gjort ved hjelp av PLINK. Vi vil også gjennomføre belastningstester på gennivå ved å bruke programvaren Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Alle enkeltvariant- og gennivåresultater vil bli korrigert for flere tester ved hjelp av en Bonferonni-korreksjon. Eventuelle varianter identifisert av prediksjonsverktøyet (Polyphen2) for å være svært forstyrrende (definert som tull, spleisested og rammeskifteendringer, som alvorlig forstyrrer proteinstrukturen) vil bli prioritert for valideringer.

Statistiske analyser av de novo genotypingsdata vil være lik den i primærmål 1. Deretter vil vi meta-analysere data fra oppdagelses- og valideringsstadiene ved å bruke en invers variansvektet metode, forutsatt en fast-effekt modell, for å utlede samlet pool estimater og tosidige p-verdier. Heterogenitetskontroller vil bli utført (Cochrans Q- og I2-indekser), og ved varianter hvor signifikant (Q p-verdi <0,05 og/eller I2-indeks >40%) heterogenitet påvises, vil metaanalysen bli utført i tilfeldig effektmodus også.

OPPBEVARING AV PRØVEDOKUMENT:

Journalene for alle deltakere, som inkluderer sykehistorie, klinisk rapport, blodprøveresultater, spørreskjema, OSHE-dokumentasjon, IRB-dokumentasjon og DSRB-dokumentasjon vil bli oppbevart av hovedetterforskeren i et låst skap på hans korttilgangskontor. Bare hovedetterforskeren vil holde nøkkelen og ha direkte tilgang til låseskapet. Disse dokumentene vil bli oppbevart i en periode på 6 år etter avsluttet forskningsstudie.

For hovedetterforsker initierte forsøk:

Alle alvorlige bivirkninger (SAE) som er uventede og relatert til studiemedikamentet må rapporteres til HSA.

"En alvorlig bivirkning eller alvorlig bivirkning er enhver uheldig medisinsk hendelse ved enhver dose som:

• Resulterer i død.
• Er livstruende (umiddelbar risiko for død).
• Krever innleggelse på sykehus eller forlengelse av eksisterende sykehusinnleggelse.
• Resulterer i vedvarende eller betydelig funksjonshemming/inhabilitet.
• Resulterer i medfødt anomali/fødselsdefekt.
• Er en medisinsk viktig hendelse.

Medisinsk og vitenskapelig skjønn bør utøves for å avgjøre om en hendelse er en viktig medisinsk hendelse. En viktig medisinsk hendelse kan ikke umiddelbart være livstruende og/eller resultere i død eller sykehusinnleggelse. Imidlertid, hvis det fastslås at hendelsen kan sette pasienten i fare og/eller kan kreve intervensjon for å forhindre en av de andre bivirkningsutfallene, bør den viktige medisinske hendelsen rapporteres som alvorlig."

Alle SAE som er uventede og relatert til studiemedikamentet vil bli rapportert. Etterforsker har ansvar for å informere HSA senest 15 kalenderdager etter første gangs kunnskap om at saken kvalifiserer for rask rapportering. Oppfølgingsinformasjon vil aktivt søkes og sendes inn etter hvert som den blir tilgjengelig. For dødelige eller livstruende tilfeller vil HSA bli varslet så snart som mulig, men senest 7 kalenderdager etter første kjennskap til at en sak kvalifiserer, etterfulgt av en fullstendig rapport innen 8 ekstra kalenderdager.