Teljes exome szekvenálás a gyermekkori elhízásban

A beíratandó tantárgyak száma:

Mivel vizsgálatunk célja a korai elhízással összefüggő fogékony genetikai variánsok azonosítása, 400 elhízott gyermeket veszünk fel, hogy vegyenek részt ebben a genetikai vizsgálatban, a meglévő DNS-mintákon felül, amelyeket egy korábbi vizsgálat során gyűjtöttünk (DSRB Ref C/00/501). ). Ezt a 400 elhízott gyermeket a NUH gyermekgyógyászati ​​klinikáján és az Egészségfejlesztési Tanács Iskolai Egészségügyi Klinikáján keresztül veszik fel. Az elhízott gyerekek családtagjait is toborozzuk, hogy csatlakozzanak a kutatáshoz. 250 elhízott gyermek DNS-mintáját és információit fogjuk felhasználni, akiket korábban az Obesity Genetic Study-ba vettek fel 2000 januárja és 2004 decembere között (DSRB Ref C/00/501). A WES-t 500 sovány felnőtten is végezzük (kontrollként), akiket egy folyamatban lévő, „Teljes exome szekvenálás a szélsőséges rövidlátás génjeinek azonosítására ázsiai populációkban” (NUS-IRB hivatkozási kód: 12-466) című, folyamatban lévő tanulmányhoz toboroztak.

A toborozandó új elhízott gyermek alanyok teljes száma: 400 Családtagok teljes száma (szülők és testvérek): 500 A felhasználandó meglévő elhízott gyermek alanyok teljes száma: 250 A meglévő sovány felnőtt kontrollok teljes száma: 500

Toborzási kritériumok:

Az orvos feltesz néhány egyszerű kérdést az alanyok életkorára és kórtörténetére vonatkozóan.

Elhízott alanyok esetén: 10 éves kor előtt túlsúlyos, és a testtömeg 40%-kal meghaladja a magassághoz képest ideális testsúlyt, vagy a BMI 97. percentilis feletti életkor esetén, súlyos egészségügyi betegség nélkül.

Családtagoknak: Elhízott gyermekek szülei vagy közvetlen testvérei (kiválasztási kritériumok nélkül) Kontrolloknak: Sovány felnőttek folyamatban lévő vizsgálatban (NUS-IRB referenciakód: 12-466), akiknek BMI-értéke 18,5 kg/m2 és 23 kg/m2 között van.

Bevételi kritériumok:

Az elhízott alanynak meg kell felelnie az összes alábbi felvételi kritériumnak, hogy részt vegyen ebben a vizsgálatban:

1. Ideális testsúly legalább 140%-os magassághoz (WFH) vagy 97. percentilis feletti BMI-hez
2. Túlsúly 10 éves kor előtt
3. Tájékozott beleegyezés mind elhízott gyermek alanyától, mind törvényes képviselőjétől, pl. szülők

A családtagnak meg kell felelnie az alábbi felvételi feltételek mindegyikének, hogy részt vegyen ebben a vizsgálatban:

1. Elhízott alany szülőjének vagy közvetlen testvérének kell lennie
2. Az alany és a szülő tájékozott beleegyezése 21 évesnél fiatalabb

Kizárási kritériumok:

Minden olyan alany, amely az alaphelyzetben megfelel a kizárási feltételek bármelyikének, kizárásra kerül a részvételből:

1. Vérvizsgálatra és OGTT vizsgálatra alkalmatlan
2. Nincs tájékozott beleegyezés

Elállási feltételek:

A vizsgálatot meg lehet szakítani, ha:

• Nincs OSHE jóváhagyás
• Nincs DSRB jóváhagyás
• Panaszok az alanyokon végzett nem megfelelő eljárások miatt
• Laboratóriumi toxicitás

Tanulmányi látogatások és eljárások:

1. Szűrési látogatások és eljárások A vizsgálati alany a HPB vagy az NUH gyermekklinikájának iskola-egészségügyi szakrendelőjében történik. Az alany életkorát, súlyát és magasságát veszik figyelembe. A vizsgálatba csak azokat hívják meg, akiknek az orvos megállapította, hogy ideális testsúlyuk 140%-nál magasabb, vagy BMI-értékük meghaladja a 97. percentilisnél a helyi gyermekpopulációt. Az alany a beleegyező űrlappal hazamehet, és a felvételt megelőző 3 hónapon belül válaszolhat.

2. Tanulmányi látogatások és eljárások 1. tanulmányi látogatás: A képzett orvos interjút készít a kórelőzményről, ha az alany és fizikális vizsgálatot végzett. 15 ml vért vesznek az alanytól (éjszakai éheztetés után) a májpanel, a lipidpanel, az éhgyomri inzulinszint és az éhgyomri C-peptid szint vizsgálatához. Az alany egy orális glükóz tolerancia teszten (OGTT) is átesik, ahol 2 ml vért vesznek 0 és 120 perces időközönként az OGTT alatt. A 2 órás OGTT során az alanyoknak 3 kérdőívet kell kitölteniük a motivációs szintre, a társadalmi-gazdasági állapotra, valamint a fizikai aktivitásra és az étrendre vonatkozóan.

   Az elhízott alany családtagjának át kell esnie az alanyra vonatkozóan fent leírt összes vizsgálaton, kivéve azt, hogy nem kell alávetni az OGTT-t.

3. Utolsó tanulmányi látogatás:

   Az utolsó tanulmányi látogatásra az első látogatás után 2-3 héttel kerül sor. Az alany szűrési jelentését az alany kezelőorvosa tekinti át és értékeli.

4. A vizsgálat utáni nyomon követés és eljárások Az alany megőrizheti egészségügyi szűrővizsgálati jelentéseinek másolatát. Azokat az alanyokat, akikről kiderült, hogy olyan betegségekben szenvednek, mint például diszlipidémia, magas vérnyomás, magas testzsírszázalék, májműködési zavar vagy glükóz intolerancia, más osztályokra utalják további vizsgálatokra és orvosi ellátásra, hogy megerősítsék az eredményeket. A genetikai vizsgálatok során ritka genetikai variánssal rendelkező alanyokat szintén visszahívják további és ismételt klinikai vizsgálatra és tesztelésre.
5. Megszakítási látogatás és eljárások Az alanyok bármikor önként visszaléphetnek a vizsgálatban való részvételtől. Az alany biológiai mintáit az alany kérésére selejtezzük. Ha azonban a vizsgálati egészségügyi szűrés során kiderül, hogy a beteg egyéb szövődményben szenved, akkor tanácsot kap, és más osztályokra utalja orvosi kezelésre.

Adatminőség-biztosítás:

A betegek adatainak rendszerbe történő elektronikus bevitelét 2 kutatási koordinátor végzi, akik önállóan végzik az adatbevitelt. Így minden tantárgy adatait kétszer viszi be a rendszerbe a 2 független kutatási koordinátor. Rendszer-összehasonlítást végzünk a tárgyonkénti 2 bejegyzés között, hogy megbizonyosodjunk arról, hogy az alany minden információja helyesen és pontosan került megadásra. A vezető kutató havonta véletlenszerűen is ellenőrzi a rendszeren keresztül az adatok minőségének biztosítását.

Adatbevitel és tárolás:

A klinikai vizsgálati adatokat és a kérdőívet az alanyok papíron írják be. A papíralapú dokumentumokat 2 független kutatáskoordinátor továbbítja vagy visszaszállítja a PI irodájába, és az egyes alanyok adatait elektronikusan rögzíti az adatminőség biztosítása érdekében. A dokumentumok elektronikus bevitele kizárólag az irodán belül, az irodai számítógép segítségével történhet, a papír alapú dokumentumokat pedig a nap végén zárolás céljából vissza kell küldeni. Az elektronikus dokumentumokat jelszóval védjük, a papíralapú dokumentumokat pedig a PI irodájában található zárható kulcsos szekrényben tároljuk. Röviden beszélje meg, hogy az adatokat hol kell bevinni (azaz papíron vagy elektronikusan lesznek), tárolni és kezelni.

A minta méretének meghatározása:

A teljesítmény számításokat a Quanto (ver 1.2.4) segítségével végeztük. A 2,0-5,0 páratlan arányú variánsok kimutatásához a felfedezési szakaszban változó MAF mellett (α=0,01), a 400 elhízott gyermekből álló minta körülbelül 51-98%-os képességgel rendelkezik a nagy hatású változatok kimutatására (VAGY = 3,5) a mi felfedezési szakaszunkban, MAF-nál 0,5% és 3,0% között (α=0,01).

Statisztikai és elemzési tervek:

Minden előnyben részesített káros, nem szinonim változatot tesztelünk statisztikai asszociáció szempontjából egy eset-ellenőrzési tervben, SPSS használatával. A 2-farkú Fisher-féle egzakt tesztet a MAF < 3% és logisztikus regresszió esetén alkalmazzák, a nemhez való igazítást pedig a 3% feletti MAF-értékkel rendelkező változatok esetében. Ezek a PLINK segítségével történnek. Génszintű terhelési teszteket is végzünk a Sequencing Kernel Association Test (SKAT) szoftverrel. Minden egyváltozatos és génszintű eredményt több tesztre korrigálni kell Bonferonni-korrekcióval. A predikciós eszköz (Polyphen2) által erősen bomlasztónak azonosított változatok (amelyek értelmetlen, splice site és frameshift változások, amelyek súlyosan megzavarják a fehérje szerkezetét) prioritást élveznek az érvényesítés során.

A de novo genotipizálási adatok statisztikai elemzése hasonló lesz az 1. elsődleges célhoz. Ezt követően metaanalízist végzünk a felfedezési és validálási szakaszból származó adatokkal inverz varianciasúlyozású módszerrel, rögzített hatású modellt feltételezve, hogy megkapjuk az összesített összevont adatokat. becslések és kétoldalú p-értékek. Heterogenitás-ellenőrzéseket végeznek (Cochran Q és I2 indexei), és azoknál a változatoknál, ahol szignifikáns (Q p-érték <0,05 és/vagy I2 index >40%) heterogenitást észlelnek, a metaanalízist véletlenszerű effektusok módban végzik el. is.

A PRÓBAIRATOK MEGŐRZÉSE:

Az összes résztvevő nyilvántartását, amely magában foglalja a kórelőzményt, a klinikai jelentést, a vérvizsgálati eredményeket, a kérdőívet, az OSHE dokumentációt, az IRB-dokumentációt és a DSRB-dokumentációt, a vizsgálatvezető egy zárt szekrényben őrzi kártyaelérési irodájában. Csak a vezető nyomozó tartja kezében a kulcsot, és közvetlenül hozzáférhet a zárható szekrényhez. Ezeket a dokumentumokat a kutatás befejezését követő 6 évig megőrzik.

A főnyomozó által kezdeményezett vizsgálatok esetében:

Minden váratlan és a vizsgált gyógyszerrel kapcsolatos súlyos mellékhatást (SAE) jelenteni kell a HSA-nak.

"Súlyos nemkívánatos esemény vagy súlyos gyógyszermellékhatás minden olyan nemkívánatos orvosi esemény, amely bármely dózis esetén:

• Halálos következményekkel jár.
• Életveszélyes (azonnali halálveszély).
• Fekvőbeteg-kórházi kezelést vagy a meglévő kórházi kezelés meghosszabbítását igényli.
• Tartós vagy jelentős rokkantságot/képtelenséget eredményez.
• Veleszületett rendellenességet/születési rendellenességet eredményez.
• Orvosi szempontból fontos esemény.

Orvosi és tudományos mérlegelést kell végezni annak meghatározásakor, hogy egy esemény fontos egészségügyi esemény-e. Előfordulhat, hogy egy fontos egészségügyi esemény nem azonnali életveszélyt és/vagy halált vagy kórházi kezelést eredményezhet. Ha azonban megállapítást nyer, hogy az esemény veszélyeztetheti az alanyt, és/vagy beavatkozást igényelhet a nemkívánatos események valamelyikének megelőzésére, a fontos egészségügyi eseményt súlyosként kell jelenteni."

Minden váratlan és a vizsgált gyógyszerrel kapcsolatos SAE jelentésre kerül. A vizsgáló köteles tájékoztatni a HSA-t legkésőbb 15 naptári napon belül azt követően, hogy az ügy első ízben tudomást szerez arról, hogy az eset alkalmas a gyorsított bejelentésre. A nyomon követési információkat aktívan keresik és benyújtják, amint elérhetővé válnak. Halálos vagy életveszélyes esetek esetén a HSA-t a lehető leghamarabb, de legkésőbb 7 naptári napon belül értesítik az eset minősítéséről, amelyet további 8 naptári napon belül egy teljes jelentés követ.