Séquençage de l'exome entier dans l'obésité infantile

Nombre de matières à inscrire :

Comme notre étude vise à identifier les variantes génétiques sensibles associées à l'obésité précoce, nous allons recruter 400 enfants obèses pour participer à cette étude génétique, en plus des échantillons d'ADN existants que nous avons collectés dans une étude précédente (DSRB Ref C/00/501 ). Ces 400 enfants obèses seront recrutés par la clinique pédiatrique NUH et la clinique de santé scolaire du Health Promotion Board. Nous recruterons également des membres de la famille des enfants obèses qui sont intéressés à se joindre à l'étude de recherche. Nous utiliserons les échantillons d'ADN et les informations de 250 enfants obèses précédemment recrutés pour l'étude génétique sur l'obésité de janvier 2000 à décembre 2004 (DSRB Ref C/00/501). Nous effectuerons également un WES sur 500 adultes maigres (comme témoins) recrutés pour une étude en cours intitulée "Séquençage de l'exome entier pour identifier les gènes de la myopie extrême dans les populations asiatiques" (code de référence NUS-IRB : 12-466).

Nombre total de nouveaux sujets enfants obèses à recruter : 400 Nombre total de membres de la famille (parents et frères et sœurs) : 500 Nombre total d'enfants sujets obèses existants à utiliser : 250 Nombre total d'adultes maigres témoins existants à utiliser : 500

Critères de recrutement :

Le médecin posera quelques questions simples concernant l'âge et les antécédents médicaux des sujets.

Pour les sujets obèses : Surpoids avant l'âge de 10 ans et poids corporel supérieur de 40 % au poids corporel idéal pour la taille, ou IMC pour un âge supérieur au 97e centile sans aucune maladie médicale majeure.

Pour les membres de la famille : Parents ou frères et sœurs directs d'enfants obèses (aucun critère de sélection) Pour les témoins : Adultes maigres de l'étude en cours (code de référence NUS-IRB : 12-466) avec un IMC compris entre 18,5 kg/m2 et 23 kg/m2

Critère d'intégration:

Le sujet obèse doit répondre à tous les critères d'inclusion suivants pour participer à cette étude :

1. Poids corporel idéal pour la taille (WFH) d'au moins 140 % ou IMC pour un âge supérieur au 97e centile
2. Surpoids avant 10 ans
3. Consentement éclairé du sujet et du représentant légal des enfants obèses, par ex. Parents

Le membre de la famille doit répondre à tous les critères d'inclusion suivants pour participer à cette étude :

1. Doit être parent ou frère direct du sujet obèse
2. Le consentement éclairé du sujet et du parent est âgé de moins de 21 ans

Critère d'exclusion:

Tous les sujets répondant à l'un des critères d'exclusion au départ seront exclus de la participation :

1. Inapte aux tests sanguins et aux tests OGTT
2. Pas de consentement éclairé

Critères de retrait :

L'étude peut être interrompue si :

• Pas d'approbation OSHE
• Pas d'approbation DSRB
• Plaintes de toute procédure inappropriée effectuée sur des sujets
• Toxicité en laboratoire

Visites d'étude et procédures :

1. Visites et procédures de dépistage Le sujet sera examiné à la clinique de santé scolaire de la clinique pédiatrique HPB ou NUH. L'âge, le poids et la taille du sujet seront pris en compte. Seuls ceux dont le médecin a déterminé qu'ils avaient un poids corporel idéal pour la taille supérieur à 140 % ou un IMC pour l'âge supérieur au 97e centile de la population locale d'enfants seront invités à participer à l'étude. Le sujet sera autorisé à rentrer chez lui avec le formulaire de consentement et à répondre dans les 3 mois précédant le recrutement.

2. Visites d'étude et procédures Visite d'étude 1 : Un médecin formé effectuera un entretien concernant les antécédents médicaux du sujet et procédera à un examen physique. 15 ml de sang seront prélevés sur le sujet (après une nuit de jeûne) pour tester le panel hépatique, le panel lipidique, le niveau d'insuline à jeun, le niveau de peptide C à jeun. Le sujet passera également un test de tolérance au glucose oral (OGTT) où 2 ml de sang seront prélevés à la fois à 0 min et à 120 min d'intervalle pendant l'OGTT. Au cours de l'OGTT de 2 heures, les sujets devront remplir 3 séries de questionnaires concernant le niveau de motivation, le statut socio-économique et l'activité physique et l'alimentation.

   Le membre de la famille du sujet obèse est tenu de passer par tous les tests comme décrit ci-dessus pour le sujet, sauf qu'il n'a pas besoin de subir l'OGTT.

3. Visite d'étude finale :

   La visite d'étude finale aura lieu 2 à 3 semaines après la première visite. Le rapport de dépistage du sujet sera examiné et évalué par le médecin traitant du sujet.

4. Suivi et procédures après l'étude Le sujet pourra conserver une copie de ses rapports de test de dépistage de santé. Pour les sujets qui souffrent de troubles médicaux tels que la dyslipidémie, l'hypertension artérielle, un pourcentage élevé de graisse corporelle, un dysfonctionnement du foie ou une intolérance au glucose, ils seront référés à d'autres services pour des tests supplémentaires et des soins médicaux afin de confirmer les mesures des résultats. Les sujets dont on a découvert qu'ils avaient une variante génétique rare grâce à des tests génétiques seront également rappelés pour des examens et des tests cliniques supplémentaires et répétés.
5. Visite d'arrêt et procédures Les sujets peuvent se retirer volontairement de la participation à l'étude à tout moment. Les échantillons biologiques du sujet seront jetés à la demande du sujet. Cependant, s'il s'avérait que le patient souffrait d'autres complications lors du dépistage médical de l'étude, il en sera informé et référé à d'autres services pour un traitement médical.

Assurance qualité des données :

La saisie électronique des données des patients dans le système sera assurée par 2 coordonnateurs de recherche qui effectueront la saisie des données de manière indépendante. Ainsi, les données de chaque sujet seront saisies deux fois dans le système par les 2 coordinateurs de recherche indépendants. Nous ferons une comparaison du système entre les 2 entrées pour chaque sujet afin de nous assurer que toutes les informations du sujet ont été saisies correctement et avec précision. Le chercheur principal vérifiera également au hasard le système chaque mois pour l'assurance de la qualité des données.

Saisie et stockage des données :

Les données des tests cliniques et le questionnaire seront saisis par les sujets sur papier. Les documents papier seront transférés ou ramenés au bureau du PI et les données de chaque sujet seront saisies électroniquement par 2 coordonnateurs de recherche indépendants pour assurer l'assurance de la qualité des données. Toute saisie électronique des documents ne peut être effectuée qu'au sein du bureau à l'aide de l'ordinateur du bureau et tous les documents papier doivent être remis sous clé à la fin de la journée. Les documentations électroniques seront protégées par un mot de passe et la copie papier des documentations papier sera stockée dans une armoire à serrure et à clé dans le bureau de PI. Discutez brièvement de l'endroit où les données seront saisies (c.-à-d. ces saisies seront-elles sur papier ou électroniquement), stockées et traitées.

Détermination de la taille de l'échantillon :

Les calculs de puissance ont été effectués à l'aide de Quanto (ver 1.2.4). Pour détecter des variants à une puissance de rapports impairs de 2,0 à 5,0 au stade de la découverte à MAF variable (α = 0,01), la taille de l'échantillon de 400 enfants obèses est d'environ 51 % à 98 % de puissance pour détecter des variants avec des effets importants (OR = 3.5) dans notre phase de découverte, à MAF entre 0,5 % et 3,0 %, respectivement (α = 0,01).

Plans statistiques et analytiques :

Toutes les variantes non synonymes préjudiciables classées par ordre de priorité seront testées pour l'association statistique dans une conception cas-témoins à l'aide de SPSS. Le test exact de Fisher bilatéral sera utilisé pour les variantes avec MAF < 3 % et la régression logistique, l'ajustement pour le sexe sera effectué pour les variantes avec MAF ≥ 3 %. Celles-ci seront effectuées à l'aide de PLINK. Nous effectuerons également des tests de charge au niveau des gènes à l'aide du logiciel Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Tous les résultats à une seule variante et au niveau du gène seront corrigés pour plusieurs tests à l'aide d'une correction de Bonferonni. Toute variante identifiée par l'outil de prédiction (Polyphen2) comme étant hautement perturbatrice (définie comme un non-sens, un site d'épissage et des changements de décalage de cadre, qui perturbent gravement la structure de la protéine) sera priorisée pour les validations.

Les analyses statistiques des données de génotypage de novo seront similaires à celles de l'objectif principal 1. Par la suite, nous effectuerons une méta-analyse des données des étapes de découverte et de validation à l'aide d'une méthode pondérée par la variance inverse, en supposant un modèle à effets fixes, pour dériver l'ensemble estimations et valeurs p bilatérales. Des contrôles d'hétérogénéité seront effectués (indices Q et I2 de Cochran), et aux variantes où une hétérogénéité significative (Q p-value <0,05 et/ou I2 index >40%) est détectée, la méta-analyse sera effectuée en mode effets aléatoires aussi.

CONSERVATION DES DOCUMENTS D'ESSAI :

Les dossiers de tous les participants, qui comprennent les antécédents médicaux, le rapport clinique, les résultats des tests sanguins, le questionnaire, la documentation OSHE, la documentation IRB et la documentation DSRB, seront conservés par l'investigateur principal dans une armoire fermée à clé dans son bureau d'accès aux cartes. Seul l'enquêteur principal détiendra la clé et aura un accès direct à l'armoire fermée. Ces documents seront conservés pendant une période de 6 ans après la fin de l'étude de recherche.

Pour les essais initiés par le chercheur principal :

Tous les événements indésirables graves (EIG) inattendus et liés au médicament à l'étude doivent être signalés à la HSA.

"Un événement indésirable grave ou une réaction indésirable grave à un médicament est tout événement médical indésirable à n'importe quelle dose qui :

• Résultats dans la mort.
• Met la vie en danger (risque immédiat de décès).
• Nécessite une hospitalisation ou la prolongation d'une hospitalisation existante.
• Entraîne une invalidité/incapacité persistante ou importante.
• Entraîne une anomalie congénitale/malformation congénitale.
• Est un événement médicalement important.

Un jugement médical et scientifique doit être exercé pour déterminer si un événement est un événement médical important. Un événement médical important peut ne pas mettre immédiatement la vie en danger et/ou entraîner la mort ou une hospitalisation. Cependant, s'il est déterminé que l'événement peut mettre en danger le sujet et/ou peut nécessiter une intervention pour prévenir l'un des autres résultats de l'événement indésirable, l'événement médical important doit être signalé comme grave."

Tous les EIG inattendus et liés au médicament à l'étude seront signalés. L'investigateur est responsable d'informer HSA au plus tard 15 jours calendaires après avoir pris connaissance pour la première fois que le cas est éligible pour une notification accélérée. Les informations de suivi seront activement recherchées et soumises dès qu'elles seront disponibles. Pour les cas mortels ou mettant la vie en danger, HSA sera informé dès que possible mais au plus tard 7 jours calendaires après la première connaissance qu'un cas est admissible, suivi d'un rapport complet dans les 8 jours calendaires supplémentaires.