Whole-exome sequencing bij obesitas bij kinderen

Aantal in te schrijven vakken:

Aangezien onze studie tot doel heeft gevoelige genetische varianten te identificeren die verband houden met obesitas op jonge leeftijd, zullen we 400 zwaarlijvige kinderen rekruteren om deel te nemen aan deze genetische studie, naast de bestaande DNA-monsters die we in een eerdere studie hebben verzameld (DSRB Ref C/00/501 ). Deze 400 zwaarlijvige kinderen zullen worden gerekruteerd via de NUH-kinderkliniek en de School Health Clinic van de Health Promotion Board. We zullen ook familieleden van de zwaarlijvige kinderen rekruteren die geïnteresseerd zijn om deel te nemen aan het onderzoek. We zullen de DNA-monsters en informatie gebruiken van 250 kinderen met obesitas die eerder zijn gerekruteerd voor de Obesity Genetic Study van januari 2000 tot december 2004 (DSRB Ref C/00/501). We zullen ook WES uitvoeren op 500 magere volwassenen (als controles) die zijn aangeworven voor een lopend onderzoek met de titel "Whole exome sequencing om genen voor extreme myopie in Aziatische populaties te identificeren" (NUS-IRB-referentiecode: 12-466).

Totaal aantal nieuw te rekruteren obese kinderen: 400 Totaal aantal gezinsleden (ouders en broers en zussen): 500 Totaal aantal te gebruiken bestaande obese kinderen: 250 Totaal aantal te gebruiken bestaande lean adult controles: 500

Criteria voor werving:

De arts zal een paar eenvoudige vragen stellen over de leeftijd en medische geschiedenis van proefpersonen.

Voor personen met obesitas: overgewicht vóór de leeftijd van 10 jaar, en het lichaamsgewicht is 40% boven het ideale lichaamsgewicht voor lengte, of BMI voor leeftijd boven 97e percentiel zonder enige ernstige medische aandoening.

Voor familieleden: Ouders of directe broers en zussen van zwaarlijvige kinderen (geen selectiecriteria) Voor controles: Magere volwassenen van lopende studie (NUS-IRB-referentiecode: 12-466) met een BMI tussen 18,5 kg/m2 en 23 kg/m2

Inclusiecriteria:

De persoon met obesitas moet aan alle volgende inclusiecriteria voldoen om aan dit onderzoek deel te nemen:

1. Ideaal lichaamsgewicht voor lengte (WFH) van ten minste 140% of BMI voor leeftijd boven 97e percentiel
2. Overgewicht vóór 10 jaar
3. Geïnformeerde toestemming van zowel zwaarlijvige kinderen als wettelijke vertegenwoordiger, b.v. ouders

Familielid moet aan alle volgende inclusiecriteria voldoen om aan dit onderzoek deel te nemen:

1. Moet ouder of directe broer of zus zijn van zwaarlijvige persoon
2. Geïnformeerde toestemming van zowel de proefpersoon als de ouder is dat de proefpersoon jonger is dan 21 jaar

Uitsluitingscriteria:

Alle proefpersonen die bij aanvang aan een van de uitsluitingscriteria voldoen, worden uitgesloten van deelname:

1. Niet geschikt voor bloedonderzoek en OGTT-onderzoek
2. Geen geïnformeerde toestemming

Intrekkingscriteria:

Het onderzoek kan worden stopgezet als:

• Geen OSHE-goedkeuring
• Geen DSRB-goedkeuring
• Klachten over ongepaste procedures die bij proefpersonen zijn uitgevoerd
• Laboratoriumtoxiciteit

Studiebezoeken en procedures:

1. Screeningsbezoeken en -procedures Het onderwerp wordt gescreend in de gezondheidskliniek van de school in de kinderkliniek van HPB of NUH. De leeftijd, het gewicht en de lengte van de proefpersoon worden gemeten. Alleen degenen van wie de arts heeft vastgesteld dat ze een ideaal lichaamsgewicht hebben voor een lengte van meer dan 140% of een BMI voor een leeftijd van meer dan 97 procent van de lokale kinderpopulatie, worden uitgenodigd voor het onderzoek. De proefpersoon mag naar huis gaan met het toestemmingsformulier en binnen 3 maanden voor werving antwoorden.

2. Studiebezoeken en procedures Studiebezoek 1: Getrainde arts zal een interview afnemen over de medische geschiedenis van de proefpersoon en een lichamelijk onderzoek uitvoeren. Er zal 15 ml bloed van de proefpersoon worden afgenomen (na een nacht vasten) voor het testen van het leverpanel, het lipidenpanel, het nuchtere insulinegehalte, het nuchtere C-peptidegehalte. De proefpersoon ondergaat ook een orale glucosetolerantietest (OGTT), waarbij tijdens de OGTT 2 ml bloed wordt afgenomen met een tijdsinterval van zowel 0 minuten als 120 minuten. Tijdens de OGTT van 2 uur moeten de proefpersonen 3 sets vragenlijsten invullen met betrekking tot motivatieniveau, sociaaleconomische status en fysieke activiteit en dieet.

   Het familielid van de zwaarlijvige proefpersoon moet alle tests ondergaan zoals hierboven beschreven voor de proefpersoon, behalve dat ze geen OGTT hoeven te ondergaan.

3. Laatste studiebezoek:

   Het laatste studiebezoek wordt 2-3 weken na het eerste bezoek gepland. Het screeningsrapport van de proefpersoon wordt beoordeeld en beoordeeld door de behandelend arts van de proefpersoon.

4. Follow-up en procedures na het onderzoek De proefpersoon kan een kopie van zijn gezondheidsscreeningstestrapporten bewaren. Voor proefpersonen die lijden aan medische aandoeningen zoals dyslipidemie, hoge bloeddruk, hoog lichaamsvetpercentage, leverfunctiestoornis of glucose-intolerantie, zullen ze worden doorverwezen naar andere afdelingen voor verder onderzoek en medische zorg om de uitkomstmaten te bevestigen. Proefpersonen die door genetische tests een zeldzame genetische variant blijken te hebben, zullen ook worden teruggebeld voor verder en herhaald klinisch onderzoek en testen.
5. Beëindigingsbezoek en procedures Proefpersonen kunnen zich op elk moment vrijwillig terugtrekken uit deelname aan het onderzoek. De biologische monsters van de proefpersoon zullen op verzoek van de proefpersoon worden weggegooid. Als de patiënt echter tijdens de gezondheidsscreening van het onderzoek aan andere complicaties blijkt te lijden, wordt hij of zij geïnformeerd en doorverwezen naar andere afdelingen voor medische behandeling.

Gegevenskwaliteitsborging:

De elektronische invoer van patiëntgegevens in het systeem wordt verzorgd door 2 onderzoekscoördinatoren die de gegevensinvoer zelfstandig uitvoeren. Zo worden de gegevens van elk onderwerp dubbel ingevoerd in het systeem door de 2 onafhankelijke onderzoekscoördinatoren. We zullen een systeemvergelijking maken tussen de 2 inzendingen per onderwerp om er zeker van te zijn dat alle informatie van het onderwerp correct en nauwkeurig is ingevoerd. De hoofdonderzoeker zal ook maandelijks willekeurig het systeem doorzoeken op de borging van de gegevenskwaliteit.

Gegevensinvoer en -opslag:

De klinische testgegevens en vragenlijst worden door de proefpersonen op papier ingevoerd. De papieren documentatie wordt overgedragen of teruggebracht naar het kantoor van de PI en de gegevens van elke proefpersoon worden elektronisch ingevoerd door 2 onafhankelijke onderzoekscoördinatoren om de gegevenskwaliteit te waarborgen. Alle elektronische invoer van de documentatie kan alleen binnen het kantoor worden uitgevoerd met behulp van de kantoorcomputer en alle papieren documentatie moet aan het eind van de dag worden ingeleverd om te worden opgeborgen. De elektronische documentatie wordt beveiligd met een wachtwoord en de papieren versie van de documentatie wordt opgeslagen in een kast met slot en sleutel in het kantoor van PI. Bespreek kort waar gegevens zullen worden ingevoerd (d.w.z. zullen deze invoer op papier of elektronisch zijn), opgeslagen en verwerkt.

Bepaling van de steekproefomvang:

Vermogensberekeningen werden uitgevoerd met behulp van Quanto (versie 1.2.4). Om varianten te detecteren met een vermogen van oneven verhoudingen van 2,0-5,0 in de ontdekkingsfase bij variërende MAF (α=0,01), is de steekproefomvang van 400 zwaarlijvige kinderen ongeveer 51% tot 98% vermogen om varianten met grote effecten te detecteren (OR = 3.5) in onze ontdekkingsfase, bij MAF tussen respectievelijk 0,5% en 3,0% (α=0,01).

Statistische en analytische plannen:

Alle geprioriteerde schadelijke niet-synonieme varianten zullen worden getest op statistische associatie in een case-control design met behulp van SPSS. De 2-tailed Fisher's exact test zal worden gebruikt voor varianten met MAF < 3% en logistische regressie, correctie voor geslacht zal worden uitgevoerd voor varianten met MAF ≥ 3%. Deze zullen worden gedaan met behulp van PLINK. We zullen ook een belastingstest op genniveau uitvoeren met behulp van de Sequencing Kernel Association Test (SKAT) -software. Alle resultaten op één variant en op genniveau worden gecorrigeerd voor meerdere tests met behulp van een Bonferonni-correctie. Alle varianten die door de voorspellingstool (Polyphen2) worden geïdentificeerd als zeer verstorend (gedefinieerd als onzin, veranderingen in de splitsingsplaats en frameshift, die de eiwitstructuur ernstig verstoren), zullen voor validatie worden geprioriteerd.

Statistische analyses van de novo genotyperingsgegevens zullen vergelijkbaar zijn met die in primair doel 1. Vervolgens zullen we gegevens uit de ontdekkings- en validatiefasen meta-analyseren met behulp van een inverse variantie-gewogen methode, uitgaande van een model met een vast effect, om algemene gepoolde gegevens af te leiden schattingen en tweezijdige p-waarden. Heterogeniteitscontroles zullen worden uitgevoerd (Cochran's Q- en I2-indices), en bij varianten waar significante (Q p-waarde <0,05 en/of I2-index >40%) heterogeniteit wordt gedetecteerd, zal de meta-analyse worden uitgevoerd in de random effects-modus ook.

BEWAREN VAN PROEFDOCUMENTEN:

De gegevens van alle deelnemers, waaronder de medische geschiedenis, het klinische rapport, de resultaten van bloedtesten, de vragenlijst, de OSHE-documentatie, de IRB-documentatie en de DSRB-documentatie, worden door de hoofdonderzoeker bewaard in een afgesloten kast in zijn kaarttoegangskantoor. Alleen de hoofdonderzoeker heeft de sleutel en heeft directe toegang tot de afgesloten kast. Deze documenten worden bewaard gedurende een periode van 6 jaar na het einde van het onderzoek.

Voor door de hoofdonderzoeker geïnitieerde onderzoeken:

Alle ernstige ongewenste voorvallen (SAE's) die onverwacht zijn en verband houden met het onderzoeksgeneesmiddel, moeten aan HSA worden gemeld.

"Een ernstige bijwerking of ernstige bijwerking is elke ongewenste medische gebeurtenis bij elke dosis die:

• Resulteert in de dood.
• Is levensbedreigend (onmiddellijke kans op overlijden).
• Vereist intramurale ziekenhuisopname of verlenging van bestaande ziekenhuisopname.
• Resulteert in aanhoudende of significante invaliditeit/onbekwaamheid.
• Resulteert in aangeboren afwijking/geboorteafwijking.
• Is een medisch belangrijke gebeurtenis.

Om te bepalen of een gebeurtenis een belangrijke medische gebeurtenis is, moet medisch en wetenschappelijk oordeel worden uitgeoefend. Een belangrijke medische gebeurtenis is mogelijk niet direct levensbedreigend en/of leidt tot overlijden of ziekenhuisopname. Als echter wordt vastgesteld dat de gebeurtenis de proefpersoon in gevaar kan brengen en/of interventie nodig kan zijn om een ​​van de andere bijwerkingen te voorkomen, moet de belangrijke medische gebeurtenis als ernstig worden gemeld."

Alle SAE's die onverwacht zijn en verband houden met het onderzoeksgeneesmiddel zullen worden gerapporteerd. Het is de verantwoordelijkheid van de onderzoeker om HSA uiterlijk 15 kalenderdagen na de eerste kennisname te informeren dat de zaak in aanmerking komt voor versnelde melding. Vervolginformatie zal actief worden gezocht en ingediend zodra deze beschikbaar komt. Voor dodelijke of levensbedreigende gevallen wordt HSA zo snel mogelijk op de hoogte gebracht, maar niet later dan 7 kalenderdagen na de eerste kennis dat een geval in aanmerking komt, gevolgd door een volledig rapport binnen 8 extra kalenderdagen.