Secuenciación del exoma completo en la obesidad infantil

Número de asignaturas a matricular:

Dado que nuestro estudio tiene como objetivo identificar variantes genéticas susceptibles asociadas con la obesidad de inicio temprano, reclutaremos a 400 niños obesos para que participen en este estudio genético, además de las muestras de ADN existentes que recolectamos en un estudio anterior (DSRB Ref C/00/501 ). Estos 400 niños obesos serán reclutados a través de la clínica pediátrica NUH y la Clínica de Salud Escolar en la Junta de Promoción de la Salud. También reclutaremos a miembros de la familia de los niños obesos que estén interesados ​​en unirse al estudio de investigación. Usaremos las muestras de ADN y la información de 250 niños obesos reclutados previamente para el Estudio genético de la obesidad desde enero de 2000 hasta diciembre de 2004 (DSRB Ref C/00/501). También realizaremos WES en 500 adultos delgados (como controles) reclutados para un estudio en curso titulado "Secuenciación del exoma completo para identificar genes para la miopía extrema en poblaciones asiáticas" (código de referencia NUS-IRB: 12-466).

Número total de nuevos sujetos de niños obesos que se reclutarán: 400 Número total de miembros de la familia (padres y hermanos): 500 Número total de sujetos de niños obesos existentes que se usarán: 250 Número total de controles de adultos delgados existentes que se usarán: 500

Criterios de contratación:

El médico le hará algunas preguntas sencillas sobre la edad y el historial médico de los sujetos.

Para sujetos obesos: Sobrepeso antes de los 10 años de edad, y el peso corporal está 40% por encima del peso corporal ideal para la altura, o IMC para la edad por encima del percentil 97 sin ninguna enfermedad médica importante.

Para familiares: padres o hermanos directos de niños obesos (sin criterios de selección) Para controles: adultos delgados de estudio en curso (código de referencia NUS-IRB: 12-466) con IMC entre 18,5 kg/m2 y 23 kg/m2

Criterios de inclusión:

El sujeto obeso debe cumplir con todos los siguientes criterios de inclusión para participar en este estudio:

1. Peso corporal ideal para la altura (WFH) de al menos 140% o IMC para una edad superior al percentil 97
2. Sobrepeso antes de los 10 años
3. Consentimiento informado tanto del sujeto de niños obesos como del representante legal, p. padres

El miembro de la familia debe cumplir con todos los siguientes criterios de inclusión para participar en este estudio:

1. Debe ser padre o hermano directo del sujeto obeso
2. Consentimiento informado tanto del sujeto como del padre si el sujeto es menor de 21 años

Criterio de exclusión:

Todos los sujetos que cumplan cualquiera de los criterios de exclusión al inicio del estudio serán excluidos de la participación:

1. No apto para análisis de sangre y pruebas OGTT
2. Sin consentimiento informado

Criterios de retiro:

El estudio puede interrumpirse si:

• Sin aprobación OSHE
• Sin aprobación de DSRB
• Quejas de cualquier procedimiento inapropiado realizado en sujetos
• Toxicidad de laboratorio

Visitas de estudio y procedimientos:

1. Visitas de detección y procedimientos El sujeto será evaluado en la clínica de salud escolar en HPB o en la clínica pediátrica de NUH. Se tomará la edad, el peso y la altura del sujeto. Solo aquellos que el médico determinó que tienen un peso corporal ideal para una altura superior al 140 % o un IMC para una edad superior al percentil 97 de la población infantil local serán invitados al estudio. El sujeto podrá irse a casa con el formulario de consentimiento y responder dentro de los 3 meses antes del reclutamiento.

2. Visitas de estudio y procedimientos Visita de estudio 1: un médico capacitado llevará a cabo una entrevista sobre el historial médico si el sujeto y realizó un examen físico. Se extraerán 15 ml de sangre del sujeto (después de ayunar durante la noche) para realizar pruebas de panel hepático, panel de lípidos, nivel de insulina en ayunas, nivel de péptido C en ayunas. El sujeto también se someterá a una prueba de tolerancia a la glucosa oral (OGTT) en la que se extraerán 2 ml de sangre en intervalos de tiempo de 0 min y 120 min durante la OGTT. Durante las 2 h OGTT, los sujetos deberán completar 3 conjuntos de cuestionarios sobre el nivel de motivación, el estado socioeconómico y la actividad física y la dieta.

   El miembro de la familia del sujeto obeso debe pasar por todas las pruebas descritas anteriormente para el sujeto, excepto que no necesita someterse a OGTT.

3. Visita de estudio final:

   La visita final del estudio se programará de 2 a 3 semanas después de la primera visita. El informe de cribado del sujeto será revisado y evaluado por el médico tratante del sujeto.

4. Seguimiento y procedimientos posteriores al estudio El sujeto podrá conservar una copia de sus informes de pruebas de detección de salud. Para los sujetos que sufren de condiciones médicas tales como dislipidemia, presión arterial alta, alto porcentaje de grasa corporal, mal funcionamiento del hígado o intolerancia a la glucosa, serán referidos a otros departamentos para más pruebas y atención médica para confirmar las medidas de resultado. Los sujetos que se descubra que tienen una variante genética rara a través de pruebas genéticas también serán llamados para exámenes y pruebas clínicas adicionales y repetidas.
5. Interrupción de visitas y procedimientos Los sujetos pueden retirarse voluntariamente de la participación en el estudio en cualquier momento. Las muestras biológicas del sujeto serán descartadas a solicitud del sujeto. Sin embargo, si se descubrió que el paciente sufría alguna otra complicación durante el examen de salud del estudio, se le informará y remitirá a otros departamentos para recibir tratamiento médico.

Aseguramiento de la calidad de los datos:

El ingreso electrónico de los datos de los pacientes al sistema estará a cargo de 2 coordinadores de investigación que realizarán el ingreso de datos de manera independiente. Así, los datos de cada sujeto serán ingresados ​​dos veces en el sistema por los 2 coordinadores de investigación independientes. Haremos una comparación del sistema entre las 2 entradas por sujeto para garantizar que toda la información del sujeto se ingresó de manera correcta y precisa. El investigador principal también verificará aleatoriamente el sistema todos los meses para garantizar la calidad de los datos.

Entrada y almacenamiento de datos:

Los datos de las pruebas clínicas y el cuestionario serán ingresados ​​por los sujetos en papel. La documentación en papel será transferida o transportada de regreso a la oficina del PI y los datos de cada sujeto serán ingresados ​​electrónicamente por 2 coordinadores de investigación independientes para garantizar la garantía de calidad de los datos. Toda la entrada electrónica de la documentación solo se puede realizar dentro de la oficina utilizando la computadora de la oficina y toda la documentación en papel debe devolverse para guardarla bajo llave al final del día. La documentación electrónica estará protegida con contraseña y la copia impresa de la documentación en papel se almacenará en un gabinete de acceso con cerradura y llave en la oficina de PI. Analice brevemente dónde se ingresarán los datos (es decir, si estas entradas se realizarán en papel o electrónicamente), se almacenarán y manejarán.

Determinación del tamaño de la muestra:

Los cálculos de potencia se realizaron utilizando Quanto (ver 1.2.4). Para detectar variantes con una potencia de razones impares de 2,0-5,0 en la etapa de descubrimiento con MAF variable (α=0,01), el tamaño de la muestra de 400 niños obesos tiene una potencia de aproximadamente 51 % a 98 % para detectar variantes con grandes efectos (OR = 3.5) en nuestra etapa de descubrimiento, a MAF entre 0.5% y 3.0%, respectivamente (α=0.01).

Planes Estadísticos y Analíticos:

Todas las variantes no sinónimas dañinas priorizadas se probarán para determinar su asociación estadística en un diseño de casos y controles utilizando SPSS. Se utilizará la prueba exacta de Fisher de 2 colas para variantes con MAF < 3% y regresión logística, se realizará el ajuste por sexo para variantes con MAF ≥ 3%. Estos se realizarán mediante PLINK. También llevaremos a cabo pruebas de carga a nivel de genes utilizando el software Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Todos los resultados de una sola variante ya nivel de genes se corregirán para múltiples pruebas mediante una corrección de Bonferonni. Cualquier variante identificada por la herramienta de predicción (Polyphen2) como altamente disruptiva (definida como sin sentido, cambios en el sitio de empalme y cambio de marco, que alteran gravemente la estructura de la proteína) se priorizará para las validaciones.

Los análisis estadísticos de los datos de genotipificación de novo serán similares a los del objetivo principal 1. Posteriormente, realizaremos un metanálisis de los datos de las etapas de descubrimiento y validación utilizando un método ponderado de varianza inversa, suponiendo un modelo de efectos fijos, para derivar datos agrupados generales. estimaciones y valores de p bilaterales. Se realizarán comprobaciones de heterogeneidad (índices Q e I2 de Cochran), y en las variantes en las que se detecte una heterogeneidad significativa (valor Q p <0,05 y/o índice I2 >40 %), el metanálisis se llevará a cabo en el modo de efectos aleatorios. también.

RETENCIÓN DE DOCUMENTOS DE JUICIO:

Los registros de todos los participantes que incluyen el historial médico, el informe clínico, los resultados de los análisis de sangre, el cuestionario, la documentación de la OSHE, la documentación del IRB y la documentación de la DSRB serán guardados por el investigador principal en un gabinete bajo llave en su oficina de acceso a la tarjeta. Solo el investigador principal tendrá la llave y tendrá acceso directo al gabinete de seguridad. Estos documentos se conservarán durante un período de 6 años después de la finalización del estudio de investigación.

Para ensayos iniciados por el investigador principal:

Todos los eventos adversos graves (SAE) inesperados y relacionados con el fármaco del estudio deben informarse a la HSA.

"Un evento adverso grave o una reacción adversa grave a un medicamento es cualquier evento médico adverso a cualquier dosis que:

• Resultados en la muerte.
• Pone en peligro la vida (riesgo inmediato de muerte).
• Requiere hospitalización o prolongación de la hospitalización existente.
• Da como resultado una discapacidad/incapacidad persistente o significativa.
• Resulta en anomalía congénita/defecto de nacimiento.
• Es un evento médicamente importante.

Se debe ejercer el juicio médico y científico para determinar si un evento es un evento médico importante. Un evento médico importante puede no ser una amenaza inmediata para la vida y/o resultar en la muerte o la hospitalización. Sin embargo, si se determina que el evento puede poner en peligro al sujeto y/o puede requerir una intervención para prevenir uno de los otros resultados del evento adverso, el evento médico importante debe informarse como grave".

Se informarán todos los SAE inesperados y relacionados con el fármaco del estudio. El investigador es responsable de informar a HSA a más tardar 15 días calendario después del primer conocimiento de que el caso califica para un informe acelerado. La información de seguimiento se buscará activamente y se enviará a medida que esté disponible. Para los casos mortales o que amenazan la vida, se notificará a la HSA lo antes posible, pero a más tardar 7 días calendario después del primer conocimiento de que un caso califica, seguido de un informe completo dentro de los 8 días calendario adicionales.