Sekwencjonowanie całego egzomu w otyłości dziecięcej

Liczba przedmiotów do zapisania:

Ponieważ nasze badanie ma na celu identyfikację podatnych wariantów genetycznych związanych z otyłością o wczesnym początku, będziemy rekrutować 400 otyłych dzieci do udziału w tym badaniu genetycznym, oprócz istniejących próbek DNA, które zebraliśmy w poprzednim badaniu (DSRB Ref C / 00/501 ). Te 400 otyłych dzieci zostanie zrekrutowanych przez klinikę pediatryczną NUH i szkolną poradnię zdrowia przy Radzie Promocji Zdrowia. Będziemy również rekrutować członków rodzin otyłych dzieci, którzy są zainteresowani udziałem w badaniu. Będziemy wykorzystywać próbki DNA i informacje 250 otyłych dzieci, które zostały wcześniej zrekrutowane do Obesity Genetic Study od stycznia 2000 do grudnia 2004 (DSRB Ref. C/00/501). Będziemy również przeprowadzać WES na 500 szczupłych dorosłych (jako kontrolach) rekrutowanych do trwającego badania zatytułowanego „Sekwencjonowanie całego egzomu w celu identyfikacji genów dla skrajnej krótkowzroczności w populacjach azjatyckich” (kod referencyjny NUS-IRB: 12-466).

Całkowita liczba nowych otyłych dzieci, które mają zostać zrekrutowane: 400 Całkowita liczba członków rodziny (rodzice i rodzeństwo): 500 Całkowita liczba istniejących dzieci otyłych, które mają zostać wykorzystane: 250 Całkowita liczba istniejących szczupłych osób dorosłych do wykorzystania: 500

Kryteria rekrutacji:

Lekarz zada kilka prostych pytań dotyczących wieku i historii medycznej badanych.

Dla osób otyłych: Nadwaga przed ukończeniem 10 roku życia i masa ciała o 40% wyższa od idealnej masy ciała dla wzrostu lub BMI dla wieku powyżej 97 percentyla bez jakiejkolwiek poważnej choroby.

Dla członków rodziny: Rodzice lub bezpośrednie rodzeństwo otyłych dzieci (brak kryteriów selekcji) Dla grupy kontrolnej: Szczupłe osoby dorosłe w trakcie badania (kod referencyjny NUS-IRB: 12-466) z BMI między 18,5 kg/m2 a 23 kg/m2

Kryteria przyjęcia:

Aby wziąć udział w tym badaniu, osoba otyła musi spełniać wszystkie poniższe kryteria włączenia:

1. Idealna masa ciała dla wzrostu (WFH) co najmniej 140% lub BMI dla wieku powyżej 97 centyla
2. Nadwaga przed 10 rokiem życia
3. Świadoma zgoda zarówno osoby otyłej, jak i przedstawiciela prawnego, np. rodzice

Członek rodziny musi spełniać wszystkie poniższe kryteria włączenia, aby wziąć udział w tym badaniu:

1. Musi być rodzicem lub bezpośrednim rodzeństwem osoby otyłej
2. Świadoma zgoda zarówno podmiotu, jak i rodzica podmiotu ma mniej niż 21 lat

Kryteria wyłączenia:

Wszyscy uczestnicy spełniający którekolwiek z kryteriów wykluczenia na początku badania zostaną wykluczeni z udziału:

1. Niezdolny do badań krwi i testów OGTT
2. Brak świadomej zgody

Kryteria wypłaty:

Badanie można przerwać, jeśli:

• Brak aprobaty BHP
• Brak homologacji DSRB
• Skargi dotyczące wszelkich niewłaściwych procedur wykonywanych na obiektach
• Toksyczność laboratoryjna

Wizyty studyjne i procedury:

1. Wizyty i procedury przesiewowe Pacjent zostanie poddany badaniu przesiewowemu w szkolnej przychodni zdrowia w przychodni pediatrycznej HPB lub NUH. Wiek, waga i wzrost osoby będą brane pod uwagę. Do badania zostaną zaproszone tylko te osoby, u których lekarz ustalił idealną masę ciała dla wzrostu powyżej 140% lub BMI dla wieku powyżej 97 percentyla lokalnej populacji dzieci. Podmiot będzie mógł wrócić do domu z formularzem zgody i odpowiedzią w ciągu 3 miesięcy przed rekrutacją.

2. Wizyty studyjne i procedury Wizyta studyjna 1: Przeszkolony lekarz przeprowadzi wywiad dotyczący historii choroby badanego oraz wykonanego badania przedmiotowego. Od pacjenta zostanie pobrane 15 ml krwi (po całonocnym poście) do badania panelu wątrobowego, panelu lipidowego, poziomu insuliny na czczo, poziomu peptydu C na czczo. Pacjent przejdzie również doustny test obciążenia glukozą (OGTT), podczas którego pobrane zostaną 2 ml krwi w odstępach czasowych 0 min i 120 min podczas OGTT. Podczas 2-godzinnego OGTT badani będą musieli wypełnić 3 zestawy kwestionariuszy dotyczących poziomu motywacji, statusu społeczno-ekonomicznego oraz aktywności fizycznej i diety.

   Członek rodziny osoby otyłej musi przejść wszystkie testy opisane powyżej dla tej osoby, z wyjątkiem tego, że nie musi przechodzić OGTT.

3. Końcowa wizyta studyjna:

   Ostatnia wizyta studyjna zostanie zaplanowana 2-3 tygodnie po pierwszej wizycie. Raport z badania przesiewowego pacjenta zostanie przejrzany i oceniony przez lekarza prowadzącego pacjenta.

4. Działania kontrolne i procedury po badaniu Uczestnik będzie mógł zachować kopię raportów z badań przesiewowych stanu zdrowia. Pacjenci, u których wykryto schorzenia takie jak dyslipidemia, wysokie ciśnienie krwi, wysoki procent tkanki tłuszczowej, niewydolność wątroby lub nietolerancja glukozy, zostaną skierowani do innych oddziałów w celu przeprowadzenia dalszych badań i pomocy medycznej w celu potwierdzenia wyników. Osoby, u których w badaniach genetycznych wykryto rzadki wariant genetyczny, zostaną również wezwane z powrotem na dalsze i powtórzone badania kliniczne i testy.
5. Wizyta przerywająca i procedury Pacjenci mogą w każdej chwili dobrowolnie zrezygnować z udziału w badaniu. Próbki biologiczne podmiotu zostaną odrzucone na żądanie podmiotu. Jeśli jednak podczas badania przesiewowego stanu zdrowia pacjenta wykryto jakiekolwiek inne komplikacje, zostanie on poinformowany i skierowany na inne oddziały w celu leczenia.

Zapewnienie jakości danych:

Elektroniczne wprowadzanie danych pacjentów do systemu będzie obsługiwane przez 2 koordynatorów badań, którzy będą samodzielnie wprowadzać dane. Tym samym dane każdego podmiotu będą dwukrotnie wprowadzane do systemu przez 2 niezależnych koordynatorów badań. Dokonamy porównania systemowego między 2 wpisami dla każdego tematu, aby upewnić się, że wszystkie informacje dotyczące tematu zostały wprowadzone poprawnie i dokładnie. Główny badacz będzie również co miesiąc losowo sprawdzać system w celu zapewnienia jakości danych.

Wprowadzanie i przechowywanie danych:

Dane z badań klinicznych i kwestionariusz będą wprowadzane przez badanych na papierze. Dokumentacja papierowa zostanie przekazana lub przetransportowana z powrotem do biura IP, a dane każdego uczestnika zostaną wprowadzone elektronicznie przez 2 niezależnych koordynatorów badań w celu zapewnienia jakości danych. Całe elektroniczne wprowadzanie dokumentacji może być wykonywane wyłącznie w biurze przy użyciu komputera biurowego, a wszystkie dokumenty papierowe muszą zostać zwrócone do zamknięcia na koniec dnia. Dokumentacja elektroniczna będzie chroniona hasłem, a wersja papierowa dokumentacji papierowej będzie przechowywana w szafce z zamkiem i kluczem w biurze PI. Krótko omów, gdzie dane będą wprowadzane (tj. czy będą to wpisy w formie papierowej czy elektronicznej), przechowywane i przetwarzane.

Określenie wielkości próbki:

Obliczenia mocy przeprowadzono za pomocą Quanto (wer. 1.2.4). Aby wykryć warianty przy mocy nieparzystych stosunków 2,0-5,0 na etapie odkrywania przy różnym MAF (α = 0,01), wielkość próby 400 otyłych dzieci wynosi około 51% do 98% mocy do wykrycia wariantów z dużymi efektami (OR = 3,5) na naszym etapie odkrywania, przy MAF odpowiednio między 0,5% a 3,0% (α = 0,01).

Plany statystyczne i analityczne:

Wszystkie niesynonimiczne warianty szkodliwe o priorytecie zostaną przetestowane pod kątem związku statystycznego w projekcie kliniczno-kontrolnym przy użyciu SPSS. Dwustronny dokładny test Fishera zostanie wykorzystany dla wariantów z MAF < 3% i regresji logistycznej, dostosowanie do płci zostanie przeprowadzone dla wariantów z MAF ≥ 3%. Zostaną one wykonane za pomocą PLINK. Przeprowadzimy również testy obciążenia na poziomie genów przy użyciu oprogramowania Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Wszystkie wyniki na poziomie pojedynczego wariantu i genu zostaną skorygowane dla wielu testów przy użyciu poprawki Bonferonniego. Wszelkie warianty zidentyfikowane przez narzędzie predykcyjne (Polyphen2) jako wysoce destrukcyjne (zdefiniowane jako zmiany nonsensowne, zmiany miejsca splicingu i przesunięcia ramki odczytu, które poważnie zakłócają strukturę białka) zostaną potraktowane priorytetowo do walidacji.

Analizy statystyczne danych genotypowania de novo będą podobne do tych w głównym celu 1. Następnie przeprowadzimy metaanalizę danych z etapów odkrywania i walidacji przy użyciu metody ważonej odwrotną wariancją, zakładając model z efektem stałym, aby uzyskać ogólną pulę szacunki i dwustronne wartości p. Przeprowadzona zostanie kontrola heterogeniczności (wskaźniki Q i I2 Cochrana), a w przypadku wariantów, w których wykryta zostanie istotna heterogeniczność (wartość Q p <0,05 i/lub wskaźnik I2 >40%), metaanaliza zostanie przeprowadzona w trybie efektów losowych także.

PRZECHOWYWANIE DOKUMENTÓW PRÓBNYCH:

Dokumentacja wszystkich uczestników, obejmująca historię choroby, raport kliniczny, wyniki badań krwi, kwestionariusz, dokumentację BHP, dokumentację IRB i dokumentację DSRB, będzie przechowywana przez głównego badacza w zamykanej szafce w jego biurze dostępu do kart. Tylko główny badacz będzie posiadał klucz i miał bezpośredni dostęp do szafki zamykanej. Dokumenty te będą przechowywane przez okres 6 lat od zakończenia badania naukowego.

W przypadku badań inicjowanych przez głównego badacza:

Wszystkie poważne zdarzenia niepożądane (SAE), które są nieoczekiwane i związane z badanym lekiem, należy zgłaszać do HSA.

„Poważnym zdarzeniem niepożądanym lub poważną niepożądaną reakcją na lek jest każde niepożądane zdarzenie medyczne w dowolnej dawce, które:

• Powoduje śmierć.
• Zagraża życiu (bezpośrednie ryzyko śmierci).
• Wymaga hospitalizacji w szpitalu lub przedłużenia istniejącej hospitalizacji.
• Powoduje trwałą lub znaczną niepełnosprawność/niezdolność.
• Powoduje wrodzoną anomalię / wadę wrodzoną.
• Jest wydarzeniem ważnym z medycznego punktu widzenia.

Przy określaniu, czy dane zdarzenie jest ważnym zdarzeniem medycznym, należy kierować się oceną medyczną i naukową. Ważne zdarzenie medyczne nie może bezpośrednio zagrażać życiu i/lub skutkować śmiercią lub hospitalizacją. Jeśli jednak zostanie ustalone, że zdarzenie może stanowić zagrożenie dla pacjenta i/lub może wymagać interwencji w celu zapobieżenia jednemu z pozostałych skutków zdarzenia niepożądanego, ważne zdarzenie medyczne należy zgłosić jako poważne”.

Zgłoszone zostaną wszystkie SAE, które są nieoczekiwane i związane z badanym lekiem. Badacz jest odpowiedzialny za poinformowanie HSA nie później niż 15 dni kalendarzowych po uzyskaniu pierwszej informacji, że sprawa kwalifikuje się do zgłoszenia w trybie przyspieszonym. Dalsze informacje będą aktywnie poszukiwane i przesyłane, gdy tylko staną się dostępne. W przypadku przypadków śmiertelnych lub zagrażających życiu HSA zostanie powiadomiona tak szybko, jak to możliwe, ale nie później niż 7 dni kalendarzowych po pierwszym stwierdzeniu, że przypadek kwalifikuje się, a następnie pełny raport zostanie przesłany w ciągu 8 dodatkowych dni kalendarzowych.