Sekvenování celého exomu u dětské obezity

Počet zapsaných předmětů:

Vzhledem k tomu, že cílem naší studie je identifikovat náchylné genetické varianty spojené s časným nástupem obezity, přijmeme 400 obézních dětí k účasti na této genetické studii, navíc ke stávajícím vzorkům DNA, které jsme shromáždili v předchozí studii (DSRB Ref C/00/501 ). Těchto 400 obézních dětí bude přijato prostřednictvím pediatrické kliniky NUH a školní zdravotní kliniky při Health Promotion Board. Zajistíme také nábor rodinných příslušníků obézních dětí, kteří mají zájem o zapojení do výzkumné studie. Budeme používat vzorky DNA a informace od 250 obézních dětí, které byly dříve zařazeny do genetické studie obezity od ledna 2000 do prosince 2004 (DSRB č. C/00/501). Budeme také provádět WES na 500 štíhlých dospělých (jako kontroly) přijatých do probíhající studie nazvané „Sekvenování celého exomu k identifikaci genů pro extrémní krátkozrakost u asijských populací“ (referenční kód NUS-IRB: 12-466).

Celkový počet nových obézních dětských subjektů, které mají být přijaty: 400 Celkový počet rodinných příslušníků (rodičů a sourozenců): 500 Celkový počet stávajících obézních dětských subjektů, které mají být použity: 250 Celkový počet stávajících štíhlých dospělých kontrol, které mají být použity: 500

Kritéria pro nábor:

Lékař položí několik jednoduchých otázek týkajících se věku a anamnézy subjektů.

Pro obézní subjekty: Nadváha před dosažením 10 let a tělesná hmotnost je o 40 % vyšší než ideální tělesná hmotnost pro výšku nebo BMI pro věk nad 97. percentil bez jakéhokoli závažného zdravotního onemocnění.

Pro členy rodiny: Rodiče nebo přímí sourozenci obézních dětí (bez výběrových kritérií) Pro kontroly: Štíhlí dospělí z probíhající studie (referenční kód NUS-IRB: 12-466) s BMI mezi 18,5 kg/m2 a 23 kg/m2

Kritéria pro zařazení:

Aby se obézní subjekt mohl zúčastnit této studie, musí splňovat všechna následující kritéria pro zařazení:

1. Ideální tělesná hmotnost pro výšku (WFH) alespoň 140 % nebo BMI pro věk nad 97. percentil
2. Nadváha do 10 let věku
3. Informovaný souhlas jak obézního dětského subjektu, tak zákonného zástupce např. rodiče

Člen rodiny musí splňovat všechna následující kritéria pro zařazení do této studie:

1. Musí být rodičem nebo přímým sourozencem obézního subjektu
2. Informovaný souhlas subjektu i rodiče je mladší 21 let

Kritéria vyloučení:

Z účasti budou vyloučeni všichni jedinci splňující některá z vylučovacích kritérií na začátku:

1. Nevhodné pro krevní testy a OGTT testy
2. Žádný informovaný souhlas

Výběrová kritéria:

Studie může být přerušena, pokud:

• Bez schválení OSHE
• Bez schválení DSRB
• Stížnosti na jakékoli nevhodné postupy prováděné u subjektů
• Laboratorní toxicita

Studijní návštěvy a postupy:

1. Screeningové návštěvy a postupy Subjekt bude vyšetřen na školní zdravotní klinice na dětské klinice HPB nebo NUH. Zaznamená se věk, váha a výška subjektu. Do studie budou pozváni pouze ti, u kterých lékař určil ideální tělesnou hmotnost pro výšku vyšší než 140 % nebo BMI pro věk vyšší než 97. percentil místní dětské populace. Subjekt bude moci jít domů s formulářem souhlasu a odpovědět do 3 měsíců před náborem.

2. Studijní návštěvy a postupy Studijní návštěva 1: Vyškolený lékař provede pohovor ohledně anamnézy, pokud subjekt a provedl fyzikální vyšetření. Subjektu bude odebráno 15 ml krve (po nočním hladovění) pro testování jaterního panelu, lipidového panelu, hladiny inzulínu nalačno, hladiny C-peptidu nalačno. Subjekt také projde orálním glukózovým tolerančním testem (OGTT), kdy mu budou odebrány 2 ml krve v časovém intervalu 0 minut a 120 minut během OGTT. Během 2 hodin OGTT budou subjekty muset vyplnit 3 sady dotazníků týkající se motivační úrovně, socioekonomického postavení a fyzické aktivity a stravy.

   Člen rodiny obézního subjektu musí projít všemi testy, jak je popsáno výše pro subjekt, kromě toho, že nemusí podstoupit OGTT.

3. Závěrečná studijní návštěva:

   Závěrečná studijní návštěva bude naplánována 2-3 týdny po první návštěvě. Screeningovou zprávu subjektu přezkoumá a vyhodnotí ošetřující lékař subjektu.

4. Sledování a postupy po studii Subjekt si bude moci ponechat kopii zpráv o svých zdravotních screeningových testech. U subjektů, u kterých bylo zjištěno, že trpí zdravotními stavy, jako je dyslipidémie, vysoký krevní tlak, vysoké procento tělesného tuku, porucha funkce jater nebo intolerance glukózy, budou odesláni na jiná oddělení k dalšímu testování a lékařské péči, aby se potvrdila výsledná opatření. Subjekty, u kterých se genetickým testováním zjistí vzácná genetická varianta, budou také povoláni k dalšímu a opakovanému klinickému vyšetření a testování.
5. Přerušovací návštěva a postupy Subjekty mohou kdykoli dobrovolně odstoupit od účasti ve studii. Biologické vzorky subjektu budou na žádost subjektu zlikvidovány. Pokud však bylo zjištěno, že pacient trpí jinými komplikacemi během zdravotního screeningu studie, bude informován a odeslán na jiná oddělení k lékařskému ošetření.

Zajištění kvality dat:

Elektronické zadávání dat pacientů do systému budou zajišťovat 2 výzkumní koordinátoři, kteří budou zadávání dat provádět samostatně. Data každého subjektu tedy budou do systému vkládat dva nezávislí koordinátoři výzkumu dvakrát. Provedeme systémové srovnání mezi 2 záznamy pro každý předmět, abychom zajistili, že všechny informace o předmětu byly zadány správně a přesně. Hlavní řešitel bude také každý měsíc náhodně kontrolovat systém, aby byla zajištěna kvalita dat.

Zadávání a ukládání dat:

Údaje z klinického testování a dotazník zadají subjekty na papíře. Papírová dokumentace bude přenesena nebo dopravena zpět do kanceláře PI a data každého subjektu budou elektronicky vložena 2 nezávislými koordinátory výzkumu, aby byla zajištěna kvalita dat. Veškeré elektronické zadávání dokumentů lze provádět pouze v kanceláři pomocí kancelářského počítače a všechny papírové dokumenty je nutné na konci dne vrátit k uzamčení. Elektronická dokumentace bude chráněna heslem a tištěná kopie papírové dokumentace bude uložena ve skříni se zámkem a klíčem v kanceláři PI. Stručně prodiskutujte, kde budou údaje zadávány (tj. zda budou tyto záznamy na papíře nebo elektronicky), kde budou ukládány a kde s nimi bude nakládáno.

Určení velikosti vzorku:

Výpočty výkonu byly provedeny pomocí Quanto (ver 1.2.4). Aby bylo možné detekovat varianty s mocninou lichých poměrů 2,0–5,0 ve fázi objevu při různém MAF (α=0,01), má velikost vzorku 400 obézních dětí přibližně 51% až 98% sílu pro detekci variant s velkými účinky (OR = 3,5) ve fázi našeho objevu, při MAF mezi 0,5 % a 3,0 %, v daném pořadí (α=0,01).

Statistické a analytické plány:

Všechny upřednostňované škodlivé nesynonymní varianty budou testovány na statistickou asociaci v návrhu případové kontroly pomocí SPSS. Dvoustranný Fisherův exaktní test bude použit pro varianty s MAF < 3 % a logistickou regresí, u variant s MAF ≥ 3 % se provede úprava podle pohlaví. Ty budou provedeny pomocí PLINK. Provedeme také zátěžové testy na úrovni genů pomocí softwaru Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Všechny výsledky jedné varianty a genové úrovně budou korigovány pro více testů pomocí Bonferonniho korekce. Jakékoli varianty identifikované nástrojem predikce (Polyphen2) jako vysoce rušivé (definované jako nesmyslné změny, změny místa sestřihu a posunu rámce, které vážně narušují strukturu proteinu) budou upřednostněny pro validaci.

Statistické analýzy de novo genotypizačních dat budou podobné jako v primárním cíli 1. Následně budeme metaanalyzovat data z fází objevování a validace pomocí inverzní metody vážené rozptylem, za předpokladu modelu s fixním efektem, abychom odvodili celkový sdružený odhady a oboustranné p-hodnoty. Budou provedeny kontroly heterogenity (Cochranovy indexy Q a I2) a u variant, kde je zjištěna významná (hodnota Q p <0,05 a/nebo index I2 >40 %) heterogenita, bude provedena metaanalýza v režimu náhodných efektů. také.

UCHOVÁVÁNÍ ZKUŠEBNÍCH DOKUMENTŮ:

Záznamy pro všechny účastníky, které zahrnují anamnézu, klinickou zprávu, výsledky krevních testů, dotazník, dokumentaci OSHE, dokumentaci IRB a dokumentaci DSRB, bude hlavní zkoušející uchovávat v uzamykatelné skříni ve své kanceláři pro přístup ke kartě. Pouze hlavní vyšetřovatel bude držet klíč a mít přímý přístup do uzamykací skříně. Tyto dokumenty budou uchovávány po dobu 6 let po ukončení výzkumné studie.

U zkoušek zahájených hlavním zkoušejícím:

Všechny závažné nežádoucí příhody (SAE), které jsou neočekávané a související se studovaným lékem, musí být hlášeny HSA.

„Závažná nežádoucí příhoda nebo závažná nežádoucí reakce na lék je jakákoliv nežádoucí lékařská událost při jakékoli dávce, která:

• Výsledkem je smrt.
• Je život ohrožující (bezprostřední riziko smrti).
• Vyžaduje hospitalizaci na lůžku nebo prodloužení stávající hospitalizace.
• Výsledkem je přetrvávající nebo významná invalidita/neschopnost.
• Výsledkem je vrozená anomálie/vrozená vada.
• Je to lékařsky důležitá událost.

Při určování, zda je událost důležitou lékařskou událostí, by měl být použit lékařský a vědecký úsudek. Důležitá lékařská událost nemusí bezprostředně ohrožovat život a/nebo mít za následek smrt nebo hospitalizaci. Pokud se však zjistí, že událost může ohrozit subjekt a/nebo může vyžadovat zásah, aby se předešlo jednomu z dalších nežádoucích účinků, měla by být důležitá zdravotní událost nahlášena jako závažná."

Všechny SAE, které jsou neočekávané a související se studovaným lékem, budou hlášeny. Vyšetřovatel je odpovědný za informování HSA nejpozději do 15 kalendářních dnů od prvního zjištění, že případ splňuje podmínky pro urychlené hlášení. Následné informace budou aktivně vyhledávány a předkládány, jakmile budou dostupné. V případě smrtelných nebo život ohrožujících případů bude HSA informována co nejdříve, ale nejpozději do 7 kalendářních dnů od prvního zjištění, že případ splňuje podmínky, a poté bude do 8 dalších kalendářních dnů následovat úplná zpráva.