Sequenziamento dell'intero esoma nell'obesità infantile

Numero di soggetti da arruolare:

Poiché il nostro studio mira a identificare le varianti genetiche suscettibili associate all'obesità ad esordio precoce, recluteremo 400 bambini obesi per partecipare a questo studio genetico, oltre ai campioni di DNA esistenti che abbiamo raccolto in uno studio precedente (DSRB Ref C/00/501 ). Questi 400 bambini obesi saranno reclutati attraverso la clinica pediatrica NUH e la School Health Clinic presso il Health Promotion Board. Recluteremo anche membri della famiglia dei bambini obesi interessati a partecipare allo studio di ricerca. Utilizzeremo i campioni di DNA e le informazioni di 250 bambini obesi precedentemente arruolati nell'Obesity Genetic Study da gennaio 2000 a dicembre 2004 (DSRB Ref C/00/501). Eseguiremo anche WES su 500 adulti magri (come controlli) reclutati per uno studio in corso intitolato "Sequenziamento dell'intero esoma per identificare i geni per la miopia estrema nelle popolazioni asiatiche" (codice di riferimento NUS-IRB: 12-466).

Numero totale di nuovi soggetti bambini obesi da reclutare: 400 Numero totale di membri della famiglia (genitori e fratelli): 500 Numero totale di soggetti bambini obesi esistenti da utilizzare: 250 Numero totale di controlli adulti magri esistenti da utilizzare: 500

Criteri per il reclutamento:

Il medico porrà alcune semplici domande riguardanti l'età e la storia medica dei soggetti.

Per i soggetti obesi: sovrappeso prima dei 10 anni e peso corporeo superiore del 40% al peso corporeo ideale per l'altezza o indice di massa corporea per età superiore al 97° percentile senza alcuna malattia medica importante.

Per i membri della famiglia: genitori o fratelli diretti di bambini obesi (nessun criterio di selezione) Per i controlli: adulti magri oggetto di studio in corso (codice di riferimento NUS-IRB: 12-466) con BMI compreso tra 18,5 kg/m2 e 23 kg/m2

Criterio di inclusione:

Il soggetto obeso deve soddisfare tutti i seguenti criteri di inclusione per partecipare a questo studio:

1. Peso corporeo ideale per altezza (WFH) di almeno il 140% o BMI per età superiore al 97° percentile
2. Sovrappeso prima dei 10 anni
3. Consenso informato da entrambi i bambini obesi soggetto e rappresentante legale ad es. genitori

Il familiare deve soddisfare tutti i seguenti criteri di inclusione per partecipare a questo studio:

1. Deve essere genitore o fratello diretto di soggetto obeso
2. Il consenso informato sia del soggetto che del genitore è soggetto al di sotto dei 21 anni di età

Criteri di esclusione:

Tutti i soggetti che soddisfano uno qualsiasi dei criteri di esclusione al basale saranno esclusi dalla partecipazione:

1. Non idoneo per analisi del sangue e test OGTT
2. Nessun consenso informato

Criteri di recesso:

Lo studio può essere interrotto se:

• Nessuna approvazione OSHE
• Nessuna approvazione DSRB
• Reclami di eventuali procedure inappropriate eseguite sui soggetti
• Tossicità di laboratorio

Visite di studio e procedure:

1. Visite e procedure di screening Il soggetto sarà sottoposto a screening presso la clinica sanitaria della scuola presso la clinica pediatrica HPB o NUH. Verranno rilevati l'età, il peso e l'altezza del soggetto. Saranno invitati allo studio solo coloro che il medico ha stabilito di avere un peso corporeo ideale per altezza superiore al 140% o BMI per età superiore al 97° percentile della popolazione infantile locale. Il soggetto potrà tornare a casa con il modulo di consenso e rispondere entro 3 mesi prima dell'assunzione.

2. Visite di studio e procedure Visita di studio 1: il medico qualificato effettuerà un colloquio riguardante la storia medica se il soggetto e ha eseguito l'esame fisico. Verranno prelevati 15 ml di sangue dal soggetto (dopo il digiuno notturno) per il test del pannello epatico, pannello lipidico, livello di insulina a digiuno, livello di peptide C a digiuno. Il soggetto verrà inoltre sottoposto a un test di tolleranza al glucosio orale (OGTT) in cui verranno prelevati 2 ml di sangue a intervalli di tempo sia di 0 minuti che di 120 minuti durante l'OGTT. Durante l'OGTT di 2 ore, ai soggetti sarà richiesto di compilare 3 serie di questionari riguardanti il ​​livello motivazionale, lo stato socio-economico e l'attività fisica e l'alimentazione.

   Il familiare del soggetto obeso è tenuto a sottoporsi a tutti i test come sopra descritto per il soggetto, tranne per il fatto che non è necessario sottoporsi all'OGTT.

3. Visita di studio finale:

   La visita di studio finale sarà programmata 2-3 settimane dopo la prima visita. Il rapporto di screening del soggetto sarà rivisto e valutato dal medico curante del soggetto.

4. Follow-up e procedure post studio Il soggetto sarà in grado di conservare una copia dei rapporti sui test di screening sanitario. Per i soggetti che risultano affetti da condizioni mediche come dislipidemia, ipertensione, alta percentuale di grasso corporeo, malfunzionamento del fegato o intolleranza al glucosio, verranno indirizzati ad altri reparti per ulteriori test e cure mediche per confermare le misure di esito. I soggetti trovati ad avere una rara variante genetica attraverso test genetici saranno anche richiamati per ulteriori e ripetuti esami e test clinici.
5. Interruzione visita e procedure I soggetti possono ritirarsi volontariamente dalla partecipazione allo studio in qualsiasi momento. I campioni biologici del soggetto saranno scartati su richiesta del soggetto. Tuttavia, se il paziente risultasse affetto da altre complicazioni durante lo screening sanitario dello studio, verrà avvisato e indirizzato ad altri reparti per cure mediche.

Garanzia della qualità dei dati:

L'inserimento elettronico dei dati dei pazienti nel sistema sarà gestito da 2 coordinatori della ricerca che eseguiranno l'inserimento dei dati in autonomia. Pertanto, i dati di ciascun soggetto verranno inseriti due volte nel sistema dai 2 coordinatori di ricerca indipendenti. Faremo un confronto di sistema tra le 2 voci per soggetto per garantire che tutte le informazioni del soggetto siano state inserite correttamente e accuratamente. Il ricercatore principale controllerà inoltre in modo casuale il sistema ogni mese per garantire la qualità dei dati.

Inserimento e archiviazione dei dati:

I dati dei test clinici e il questionario saranno inseriti dai soggetti su carta. Le documentazioni cartacee saranno trasferite o riconsegnate all'ufficio del PI ei dati di ciascun soggetto saranno inseriti elettronicamente da 2 coordinatori di ricerca indipendenti per garantire la garanzia della qualità dei dati. Tutta la registrazione elettronica delle documentazioni può essere effettuata solo all'interno dell'ufficio utilizzando il computer dell'ufficio e tutta la documentazione cartacea deve essere restituita per il blocco a fine giornata. Le documentazioni elettroniche saranno protette da password e la copia cartacea delle documentazioni cartacee sarà conservata in un armadietto con serratura e chiave nell'ufficio di PI. Discutere brevemente dove verranno inseriti i dati (ovvero se questi inserimenti saranno cartacei o elettronici), archiviati e gestiti.

Determinazione della dimensione del campione:

I calcoli di potenza sono stati eseguiti utilizzando Quanto (ver 1.2.4). Per rilevare le varianti con una potenza di rapporti dispari di 2,0-5,0 nella fase di scoperta al variare della MAF (α=0,01), la dimensione del campione di 400 bambini obesi è compresa tra il 51% e il 98% circa della capacità di rilevare le varianti con grandi effetti (OR = 3.5) nella nostra fase di scoperta, rispettivamente a MAF tra 0,5% e 3,0% (α=0,01).

Piani statistici e analitici:

Tutte le varianti dannose non sinonime prioritarie saranno testate per l'associazione statistica in un disegno caso-controllo utilizzando SPSS. Il test esatto di Fisher a 2 code verrà utilizzato per le varianti con MAF < 3% e la regressione logistica, l'aggiustamento per il sesso verrà eseguito per le varianti con MAF ≥ 3%. Questi saranno fatti usando PLINK. Effettueremo anche test di carico a livello genico utilizzando il software Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Tutti i risultati a singola variante ea livello di gene verranno corretti per più test utilizzando una correzione di Bonferonni. Eventuali varianti identificate dallo strumento di previsione (Polyphen2) come altamente dirompenti (definite come sciocchezze, sito di giunzione e cambiamenti di frameshift, che interrompono gravemente la struttura proteica) avranno la priorità per le convalide.

Le analisi statistiche dei dati di genotipizzazione de novo saranno simili a quelle dell'obiettivo primario 1. Successivamente, meta-analizzeremo i dati dalle fasi di scoperta e validazione utilizzando un metodo ponderato per la varianza inversa, assumendo un modello a effetti fissi, per ricavare dati complessivi raggruppati stime e p-value bilaterali. Saranno condotti controlli di eterogeneità (indici Q e I2 di Cochran) e alle varianti in cui viene rilevata un'eterogeneità significativa (Q p-value <0,05 e/o indice I2 > 40%) la meta-analisi sarà effettuata nella modalità degli effetti casuali anche.

CONSERVAZIONE DEGLI ATTI DI PROCESSO:

I record per tutti i partecipanti che includono la storia medica, il rapporto clinico, i risultati degli esami del sangue, il questionario, la documentazione OSHE, la documentazione IRB e la documentazione DSRB saranno conservati dal ricercatore principale in un armadietto chiuso a chiave nel suo ufficio di accesso alle carte. Solo l'investigatore principale terrà la chiave e avrà accesso diretto all'armadietto chiuso a chiave. Questi documenti saranno conservati per un periodo di 6 anni dopo la fine dello studio di ricerca.

Per le prove avviate dal ricercatore principale:

Tutti gli eventi avversi gravi (SAE) inattesi e correlati al farmaco in studio devono essere segnalati all'HSA.

"Un evento avverso grave o una reazione avversa grave al farmaco è qualsiasi evento medico sfavorevole a qualsiasi dose che:

• Risultati nella morte.
• È in pericolo di vita (rischio immediato di morte).
• Richiede il ricovero ospedaliero o il prolungamento del ricovero esistente.
• Provoca invalidità/incapacità persistente o significativa.
• Risulta in un'anomalia congenita/difetto alla nascita.
• È un evento importante dal punto di vista medico.

Il giudizio medico e scientifico dovrebbe essere esercitato per determinare se un evento è un evento medico importante. Un evento medico importante potrebbe non essere immediatamente pericoloso per la vita e/o provocare la morte o il ricovero in ospedale. Tuttavia, se si determina che l'evento può mettere a repentaglio il soggetto e/o può richiedere un intervento per prevenire uno degli altri esiti dell'evento avverso, l'evento medico importante deve essere segnalato come grave."

Verranno segnalati tutti gli eventi avversi imprevisti e correlati al farmaco in studio. L'investigatore è responsabile di informare l'HSA entro e non oltre 15 giorni di calendario dopo la prima conoscenza che il caso si qualifica per la segnalazione accelerata. Le informazioni successive saranno attivamente ricercate e inviate non appena saranno disponibili. Per i casi mortali o che mettono in pericolo la vita, l'HSA riceverà una notifica il prima possibile, ma non oltre 7 giorni di calendario dalla prima conoscenza che un caso si qualifica, seguita da un rapporto completo entro 8 giorni di calendario aggiuntivi.