Полноэкзомное секвенирование при детском ожирении

Количество предметов для зачисления:

Поскольку наше исследование направлено на выявление восприимчивых генетических вариантов, связанных с ранним началом ожирения, мы будем набирать 400 детей с ожирением для участия в этом генетическом исследовании в дополнение к существующим образцам ДНК, которые мы собрали в предыдущем исследовании (DSRB Ref C/00/501). ). Эти 400 детей с ожирением будут набраны через педиатрическую клинику NUH и школьную поликлинику при Совете по укреплению здоровья. Мы также будем набирать членов семей детей с ожирением, которые заинтересованы в участии в исследовании. Мы будем использовать образцы ДНК и информацию о 250 детях с ожирением, ранее включенных в генетическое исследование ожирения с января 2000 г. по декабрь 2004 г. (DSRB Ref C/00/501). Мы также будем проводить WES на 500 худощавых взрослых (в качестве контроля), набранных для продолжающегося исследования под названием «Полное секвенирование экзома для выявления генов крайней миопии в азиатских популяциях» (код ссылки NUS-IRB: 12-466).

Общее количество новых детей с ожирением, которые будут набраны: 400. Общее количество членов семьи (родители, братья и сестры): 500.

Критерии приема на работу:

Врач задаст несколько простых вопросов о возрасте и истории болезни субъектов.

Для лиц с ожирением: избыточный вес в возрасте до 10 лет и масса тела на 40% выше идеальной массы тела для роста или ИМТ для возраста выше 97-го процентиля без каких-либо серьезных заболеваний.

Для членов семьи: родители или прямые братья и сестры детей, страдающих ожирением (без критериев отбора). Для контрольной группы: худощавые взрослые, участвующие в продолжающемся исследовании (ссылочный код NUS-IRB: 12-466) с ИМТ от 18,5 кг/м2 до 23 кг/м2.

Критерии включения:

Для участия в этом исследовании субъект с ожирением должен соответствовать всем следующим критериям включения:

1. Идеальная масса тела для роста (WFH) не менее 140% или ИМТ для возраста выше 97-го процентиля
2. Избыточный вес до 10 лет
3. Информированное согласие как субъекта, страдающего ожирением, так и законного представителя, например. родители

Член семьи должен соответствовать всем следующим критериям включения для участия в этом исследовании:

1. Должен быть родителем или прямым братом субъекта, страдающего ожирением
2. Информированное согласие как субъекта, так и родителя, если субъект моложе 21 года.

Критерий исключения:

Все субъекты, отвечающие любому из критериев исключения на исходном уровне, будут исключены из участия:

1. Непригоден для анализа крови и тестирования OGTT
2. Нет информированного согласия

Критерии вывода:

Исследование может быть прекращено, если:

• Нет одобрения OSHE
• Нет одобрения DSRB
• Жалобы на любые ненадлежащие процедуры, выполненные над субъектами
• Лабораторная токсичность

Учебные визиты и процедуры:

1. Посещения и процедуры скрининга Субъект будет проходить скрининг в школьной поликлинике в педиатрической клинике HPB или NUH. Возраст, вес и рост субъекта будут приняты. Для исследования будут приглашены только те, у кого врач определил идеальную массу тела для роста более 140% или ИМТ для возраста более 97-го процентиля местного детского населения. Субъекту будет разрешено вернуться домой с формой согласия и ответить в течение 3 месяцев до вербовки.

2. Учебные визиты и процедуры Учебный визит 1: Обученный врач проведет собеседование относительно истории болезни, если субъект и провел медицинский осмотр. У субъекта будет взято 15 мл крови (после ночного голодания) для тестирования панели печени, панели липидов, уровня инсулина натощак, уровня С-пептида натощак. Субъект также пройдет пероральный тест на толерантность к глюкозе (ОГТТ), при котором 2 мл крови будет взято как через 0-минутный, так и через 120-минутный временной интервал во время ОГТТ. В течение 2 часов OGTT испытуемые должны будут заполнить 3 набора анкет, касающихся уровня мотивации, социально-экономического статуса, физической активности и диеты.

   Член семьи субъекта с ожирением должен пройти все тесты, как описано выше для субъекта, за исключением того, что ему не нужно проходить ПГТТ.

3. Заключительный учебный визит:

   Заключительный учебный визит будет запланирован через 2-3 недели после первого визита. Отчет о скрининге субъекта будет рассмотрен и оценен лечащим врачом субъекта.

4. Последующее наблюдение и процедуры после исследования Субъект сможет сохранить копию своих отчетов о проверках здоровья. Субъекты, страдающие от таких заболеваний, как дислипидемия, высокое кровяное давление, высокий процент жира в организме, нарушение функции печени или непереносимость глюкозы, будут направлены в другие отделения для дальнейшего тестирования и медицинского обслуживания для подтверждения результатов. Субъекты, у которых в результате генетического тестирования будет обнаружен редкий генетический вариант, также будут отозваны для дальнейшего и повторного клинического обследования и тестирования.
5. Визит и процедуры прекращения Субъекты могут добровольно отказаться от участия в исследовании в любое время. Биологические образцы субъекта будут утилизированы по запросу субъекта. Однако, если во время скрининга здоровья в рамках исследования у пациента будут обнаружены какие-либо другие осложнения, он будет проинформирован и направлен в другие отделения для лечения.

Обеспечение качества данных:

Электронным вводом данных пациентов в систему будут заниматься 2 координатора исследования, которые будут осуществлять ввод данных самостоятельно. Таким образом, данные каждого субъекта будут дважды внесены в систему двумя независимыми координаторами исследования. Мы проведем системное сравнение между двумя записями по каждой теме, чтобы убедиться, что вся информация по теме была введена правильно и точно. Главный исследователь также будет случайным образом проверять систему каждый месяц для обеспечения качества данных.

Ввод и хранение данных:

Данные клинических испытаний и вопросник будут введены субъектами на бумаге. Бумажные документы будут переданы или доставлены обратно в офис PI, и данные каждого субъекта будут введены в электронном виде двумя независимыми координаторами исследований для обеспечения качества данных. Весь электронный ввод документации может быть выполнен только в офисе с использованием офисного компьютера, а все бумажные документы должны быть возвращены на хранение в конце рабочего дня. Электронная документация будет защищена паролем, а печатная копия бумажной документации будет храниться в шкафу с замками и ключами в офисе PI. Кратко обсудите, где будут вводиться данные (т. е. будут ли эти записи на бумаге или в электронном виде), храниться и обрабатываться.

Определение размера выборки:

Расчеты мощности проводились с помощью Quanto (версия 1.2.4). Для обнаружения вариантов со степенью нечетности 2,0-5,0 на стадии обнаружения при различных MAF (α = 0,01) размер выборки из 400 детей с ожирением составляет примерно от 51% до 98% мощности для обнаружения вариантов с большими эффектами (OR = 0,01). 3.5) на этапе нашего открытия при MAF от 0,5% до 3,0% соответственно (α=0,01).

Статистические и аналитические планы:

Все несинонимичные варианты с приоритетом повреждения будут проверены на статистическую связь в дизайне случай-контроль с использованием SPSS. Двухсторонний точный критерий Фишера будет использоваться для вариантов с MAF < 3%, а логистическая регрессия с поправкой на пол будет выполняться для вариантов с MAF ≥ 3%. Это будет сделано с помощью PLINK. Мы также проведем тесты нагрузки на уровне генов с использованием программного обеспечения Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Все результаты на уровне одного варианта и на уровне генов будут скорректированы для нескольких тестов с использованием поправки Бонферонни. Любые варианты, идентифицированные инструментом прогнозирования (Polyphen2) как сильно разрушительные (определяемые как бессмыслица, изменения сайта сплайсинга и сдвига рамки считывания, которые серьезно нарушают структуру белка), будут иметь приоритет для проверки.

Статистический анализ данных генотипирования de novo будет аналогичен анализу в основной цели 1. Впоследствии мы проведем метаанализ данных на этапах открытия и проверки, используя метод обратной взвешенной дисперсии, предполагая модель с фиксированным эффектом, для получения общих объединенных данных. оценки и двусторонние p-значения. Будут проводиться проверки гетерогенности (кокрановские индексы Q и I2), а в вариантах, где выявляется значимая (Q p-значение <0,05 и/или индекс I2 >40%) неоднородность, метаанализ будет проводиться в режиме случайных эффектов также.

СОХРАНЕНИЕ СУДЕБНЫХ ДОКУМЕНТОВ:

Записи для всех участников, которые включают историю болезни, клинический отчет, результаты анализа крови, анкету, документацию по охране труда, документацию IRB и документацию DSRB, будут храниться главным исследователем в запирающемся шкафу в его офисе доступа к картам. Только главный исследователь будет иметь ключ и прямой доступ к запираемому шкафу. Эти документы будут храниться в течение 6 лет после окончания исследования.

Для испытаний, инициированных главным исследователем:

Обо всех неожиданных серьезных нежелательных явлениях (СНЯ), связанных с исследуемым препаратом, необходимо сообщать в HSA.

«Серьезным побочным эффектом или серьезной побочной реакцией на лекарство является любое неблагоприятное медицинское явление при любой дозе, которая:

• Приводит к смерти.
• Является опасным для жизни (непосредственный риск смерти).
• Требуется стационарная госпитализация или продление имеющейся госпитализации.
• Приводит к стойкой или значительной инвалидности/нетрудоспособности.
• Приводит к врожденной аномалии/врожденному дефекту.
• Является важным с медицинской точки зрения событием.

При определении того, является ли событие важным медицинским событием, следует руководствоваться медицинскими и научными соображениями. Важное медицинское событие может не представлять непосредственной угрозы для жизни и/или не привести к смерти или госпитализации. Однако, если установлено, что событие может подвергнуть опасности субъекта и/или может потребовать вмешательства для предотвращения одного из других неблагоприятных последствий, важное медицинское событие должно быть сообщено как серьезное».

Сообщается обо всех неожиданных СНЯ, связанных с исследуемым препаратом. Следователь обязан проинформировать HSA не позднее, чем через 15 календарных дней после получения информации о том, что дело подлежит ускоренному рассмотрению. Последующая информация будет активно запрашиваться и предоставляться по мере ее появления. О смертельных или угрожающих жизни случаях HSA будет уведомлено как можно скорее, но не позднее, чем через 7 календарных дней после того, как впервые стало известно, что случай соответствует критериям, после чего в течение 8 дополнительных календарных дней будет представлен полный отчет.