Sequenciamento completo do exoma na obesidade infantil

Número de disciplinas a serem inscritas:

Como nosso estudo visa identificar variantes genéticas suscetíveis associadas à obesidade de início precoce, recrutaremos 400 crianças obesas para participar deste estudo genético, além das amostras de DNA existentes que coletamos em um estudo anterior (DSRB Ref C/00/501 ). Essas 400 crianças obesas serão recrutadas por meio da clínica pediátrica do NUH e da Clínica de Saúde Escolar do Conselho de Promoção da Saúde. Também recrutaremos familiares das crianças obesas que estiverem interessados ​​em participar do estudo de pesquisa. Estaremos usando as amostras de DNA e informações de 250 crianças obesas previamente recrutadas para o Obesity Genetic Study de janeiro de 2000 a dezembro de 2004 (DSRB Ref C/00/501). Também realizaremos WES em 500 adultos magros (como controles) recrutados para um estudo em andamento intitulado "Sequenciamento completo do exoma para identificar genes para miopia extrema em populações asiáticas" (código de referência NUS-IRB: 12-466).

Número total de novas crianças obesas a serem recrutadas: 400 Número total de membros da família (Pais e irmãos): 500 Número total de crianças obesas existentes a serem usadas: 250 Número total de adultos magros controles a serem usados: 500

Critérios de Recrutamento:

O médico fará algumas perguntas simples sobre a idade e o histórico médico dos pacientes.

Para indivíduos obesos: Excesso de peso antes dos 10 anos de idade e peso corporal 40% acima do peso corporal ideal para altura ou IMC para idade acima do percentil 97 sem nenhuma doença médica grave.

Para familiares: Pais ou irmãos diretos de crianças obesas (sem critérios de seleção) Para controles: Adultos magros do estudo em andamento (código de referência NUS-IRB: 12-466) com IMC entre 18,5 kg/m2 e 23 kg/m2

Critério de inclusão:

O indivíduo obeso deve atender a todos os seguintes critérios de inclusão para participar deste estudo:

1. Peso corporal ideal para altura (WFH) de pelo menos 140% ou IMC para idade acima do percentil 97
2. Excesso de peso antes dos 10 anos
3. Consentimento informado do sujeito da criança obesa e do representante legal, por exemplo pais

O membro da família deve atender a todos os seguintes critérios de inclusão para participar deste estudo:

1. Deve ser pai ou irmão direto de sujeito obeso
2. Consentimento informado do sujeito e dos pais é menor de 21 anos

Critério de exclusão:

Todos os indivíduos que atenderem a qualquer um dos critérios de exclusão na linha de base serão excluídos da participação:

1. Inadequado para exames de sangue e testes OGTT
2. Sem consentimento informado

Critérios de Retirada:

O estudo pode ser interrompido se:

• Sem aprovação OSHE
• Sem aprovação do DSRB
• Reclamações de quaisquer procedimentos inadequados realizados em sujeitos
• Toxicidade laboratorial

Visitas de Estudo e Procedimentos:

1. Visitas de triagem e procedimentos O sujeito será triado na clínica de saúde escolar em HPB ou na clínica pediátrica do NUH. A idade, o peso e a altura do sujeito serão medidos. Somente aqueles que o médico determinou ter um peso corporal ideal para altura superior a 140% ou IMC para idade superior ao percentil 97 da população infantil local serão convidados para o estudo. O sujeito poderá ir para casa com o formulário de consentimento e responder dentro de 3 meses antes do recrutamento.

2. Visitas e procedimentos do estudo Visita do estudo 1: O médico treinado realizará uma entrevista sobre o histórico médico do sujeito e realizará o exame físico. Serão colhidos 15ml de sangue do indivíduo (após jejum noturno) para teste de painel hepático, painel lipídico, nível de insulina em jejum, nível de peptídeo C em jejum. O sujeito também passará por um teste oral de tolerância à glicose (OGTT), onde 2ml de sangue serão coletados em intervalos de tempo de 0 min e 120min durante o OGTT. Durante o OGTT de 2 horas, os participantes deverão preencher 3 conjuntos de questionários sobre nível motivacional, status socioeconômico, atividade física e dieta.

   O membro da família do indivíduo obeso deve passar por todos os testes descritos acima para o indivíduo, exceto que eles não precisam se submeter ao OGTT.

3. Visita de estudo final:

   A visita final do estudo será agendada 2-3 semanas após a primeira visita. O relatório de triagem do sujeito será revisado e avaliado pelo médico assistente do sujeito.

4. Acompanhamento e procedimentos pós-estudo O sujeito poderá manter uma cópia de seus relatórios de teste de triagem de saúde. Para indivíduos que sofrem de condições médicas, como dislipidemia, pressão alta, alto percentual de gordura corporal, mau funcionamento do fígado ou intolerância à glicose, eles serão encaminhados a outros departamentos para testes adicionais e atenção médica para confirmar as medidas de resultado. Os indivíduos que tiverem uma variante genética rara por meio de testes genéticos também serão chamados de volta para exames e testes clínicos repetidos.
5. Visita de Interrupção e Procedimentos Os participantes podem desistir voluntariamente da participação no estudo a qualquer momento. As amostras biológicas do sujeito serão descartadas mediante solicitação do sujeito. No entanto, se o paciente sofrer de qualquer outra complicação durante a triagem de saúde do estudo, ele será avisado e encaminhado a outros departamentos para tratamento médico.

Garantia de qualidade de dados:

A entrada eletrônica dos dados dos pacientes no sistema será realizada por 2 coordenadores de pesquisa que farão a entrada de dados de forma independente. Assim, os dados de cada sujeito serão inseridos duas vezes no sistema pelos 2 coordenadores de pesquisa independentes. Faremos uma comparação do sistema entre as 2 entradas por assunto para garantir que todas as informações do assunto foram inseridas corretamente e com precisão. O investigador principal também verificará aleatoriamente o sistema todos os meses para garantir a qualidade dos dados.

Entrada e armazenamento de dados:

Os dados do teste clínico e o questionário serão inseridos pelos sujeitos em papel. A documentação em papel será transferida ou transportada de volta para o escritório do PI e os dados de cada sujeito serão inseridos eletronicamente por 2 coordenadores de pesquisa independentes para garantir a garantia da qualidade dos dados. Toda entrada eletrônica de documentações só pode ser realizada dentro do escritório usando o computador do escritório e todas as documentações em papel devem ser devolvidas para bloqueio no final do dia. As documentações eletrônicas serão protegidas por senha e a cópia impressa das documentações em papel será armazenada em um armário de acesso com fechadura e chave no escritório da PI. Discuta brevemente onde os dados serão inseridos (ou seja, essas entradas serão em papel ou eletronicamente), armazenados e manuseados.

Determinação do Tamanho da Amostra:

Os cálculos de potência foram realizados usando Quanto (ver 1.2.4). Para detectar variantes em um poder de proporções ímpares de 2,0-5,0 no estágio de descoberta em MAF variável (α = 0,01), o tamanho da amostra de 400 crianças obesas é de aproximadamente 51% a 98% de poder para detectar variantes com grandes efeitos (OR = 3.5) em nosso estágio de descoberta, em MAF entre 0,5% e 3,0%, respectivamente (α=0,01).

Planos Estatísticos e Analíticos:

Todas as variantes não sinônimas prejudiciais priorizadas serão testadas para associação estatística em um projeto de controle de caso usando SPSS. Será utilizado o teste exato de Fisher bicaudal para variantes com MAF < 3% e regressão logística, com ajuste por sexo para variantes com MAF ≥ 3%. Isso será feito usando PLINK. Também realizaremos testes de carga em nível de gene usando o software Sequencing Kernel Association Test (SKAT). Todos os resultados de variante única e de nível de gene serão corrigidos para testes múltiplos usando uma correção de Bonferonni. Quaisquer variantes identificadas pela ferramenta de previsão (Polyphen2) como sendo altamente disruptivas (definidas como mudanças sem sentido, local de emenda e mudança de quadro, que perturbam gravemente a estrutura da proteína) serão priorizadas para validações.

As análises estatísticas dos dados de genotipagem de novo serão semelhantes às do objetivo primário 1. Posteriormente, iremos meta-analisar os dados das etapas de descoberta e validação usando um método de ponderação de variância inversa, assumindo um modelo de efeito fixo, para derivar estimativas e valores-p bilaterais. Serão realizadas verificações de heterogeneidade (índices Q e I2 de Cochran) e, nas variantes em que for detectada heterogeneidade significativa (valor Q p <0,05 e/ou índice I2 >40%), a meta-análise será realizada no modo de efeitos aleatórios também.

RETENÇÃO DE DOCUMENTOS DE JULGAMENTO:

Os registros de todos os participantes, incluindo histórico médico, relatório clínico, resultados de exames de sangue, questionário, documentação OSHE, documentação IRB e documentação DSRB, serão mantidos pelo investigador principal em um armário fechado em seu escritório de acesso ao cartão. Somente o investigador principal possuirá a chave e terá acesso direto ao armário fechado. Esses documentos serão retidos por um período de 6 anos após o término do estudo de pesquisa.

Para ensaios iniciados pelo investigador principal:

Todos os eventos adversos graves (SAEs) inesperados e relacionados ao medicamento do estudo devem ser relatados ao HSA.

"Um evento adverso grave ou reação adversa grave a um medicamento é qualquer ocorrência médica desfavorável em qualquer dose que:

• Resulta em morte.
• Apresenta risco de vida (risco imediato de morte).
• Requer internação hospitalar ou prolongamento da internação existente.
• Resulta em deficiência/incapacidade persistente ou significativa.
• Resulta em anomalia congênita/defeito congênito.
• É um evento clinicamente importante.

O julgamento médico e científico deve ser exercido para determinar se um evento é um evento médico importante. Um evento médico importante pode não representar risco de vida imediato e/ou resultar em morte ou hospitalização. No entanto, se for determinado que o evento pode prejudicar o sujeito e/ou pode exigir intervenção para prevenir um dos outros eventos adversos, o evento médico importante deve ser relatado como grave."

Todos os SAEs inesperados e relacionados ao medicamento do estudo serão relatados. O investigador é responsável por informar a HSA em até 15 dias corridos após o primeiro conhecimento de que o caso se qualifica para notificação acelerada. As informações de acompanhamento serão ativamente procuradas e enviadas assim que estiverem disponíveis. Para casos fatais ou com risco de vida, o HSA será notificado o mais rápido possível, mas no máximo 7 dias corridos após o primeiro conhecimento de que um caso se qualifica, seguido de um relatório completo em 8 dias corridos adicionais.