HCV Virions bundna proteiner

Uppkomsten av hepatocellulärt karcinom (HCC) har föranlett ett sökande efter en grundlig förståelse av biologin hos ett av dess viktigaste orsaksämnen, hepatit C-viruset (HCV). HCV-partiklar förvärvar cellulära proteiner via spirande och inkapsling. Det finns växande bevis på flera virala arter att virionbundna proteiner är benägna att vara involverade antingen vid replikering, knoppning/utträde eller inträde/frisättning av viruscykeln.

Att identifiera sådana mål kan ge idealiska kandidater för att få insikt om beroendet av HCV på en begränsad delmängd av värdproteiner, vilket därför tillhandahåller raffinerade uppsättningar av genetiskt stabila mål för terapi. Detta projekts mål är att skapa adekvata förhållanden för robust och reproducerbar rening av HCV-virioner i kliniska prover, följt av identifiering av deras HCV-bundna värdproteiner och karakterisering av deras funktioner. Proteomics-profilering av HCV-partiklar renade från kliniska prover kommer att överlagras med proteiner som identifierats och karakteriserats i cellkulturodlade HCV-partiklar under min postdoktorala utbildning, med hjälp av kriterier för klinisk biomarkör upptäcktsgrad. Mål som identifierats i båda provuppsättningarna kommer att utsättas för in vitro-undersökningar med HCV-replikerande celler. Konventionella biokemiska metoder och avbildningsmetoder kommer att användas för att: (i) fastställa deras fysiska association med HCV-virioner; (ii) definiera modaliteterna för deras interaktion med HCV-proteiner; (iii) dechiffrera topologin och subcellulär lokalisering av deras association med HCV-proteiner och virioner; (iv) kvantitativt bedöma deras funktionella inblandning i partikelknoppning, utträde eller utsöndring och smittsamhet. En kandidat som gav tillfredsställande resultat i dessa experiment kommer att avslöjas och undersökas vidare på strukturbiologins nivå, i samarbetande forskningsprogram.