HCV-virioneihin sitoutuneet proteiinit

Hepatosellulaarisen karsinooman (HCC) ilmaantuminen on saanut etsimään perusteellista ymmärrystä yhden sen tärkeimmistä taudinaiheuttajista, hepatiitti C -viruksen (HCV) biologiaan. HCV-partikkelit hankkivat soluproteiinien orastumisen ja kapseloitumisen kautta. Useista viruslajeista on yhä enemmän todisteita siitä, että virioneihin sitoutuneet proteiinit ovat alttiita osallistumaan joko virussyklin replikaatio-, silmu-/poistumis- tai sisääntulo-/vapautumisvaiheisiin.

Tällaisten kohteiden tunnistaminen voi tuottaa ihanteellisia ehdokkaita saadakseen käsityksen HCV:n riippuvuudesta rajoitetusta isäntäproteiinien osajoukosta, mikä tarjoaa jalostetut joukot geneettisesti stabiileja kohteita terapiaa varten. Tämän projektin tavoitteena on luoda riittävät olosuhteet HCV-virionien vankkalle ja toistettavalle puhdistukselle kliinisissä näytteissä, minkä jälkeen niiden HCV:hen sitoutuneiden isäntäproteiinien tunnistaminen ja niiden toimintojen karakterisointi. Kliinisistä näytteistä puhdistettujen HCV-partikkelien proteominen profilointi päällystetään tohtorintutkinnon jälkeisen koulutukseni aikana soluviljelmässä kasvatetuissa HCV-partikkeleissa tunnistetuilla ja karakterisoiduilla proteiineilla käyttäen kliinisen biomarkkerin löytämisluokan kriteerejä. Molemmissa näytesarjoissa tunnistetut kohteet altistetaan in vitro -tutkimuksille käyttämällä HCV:tä replikoituvia soluja. Tavanomaisia ​​biokemiallisia ja kuvantamismenetelmiä käytetään: (i) niiden fyysisen yhteyden HCV-virioneihin varmistamiseen; (ii) määrittelevät niiden vuorovaikutuksen HCV-proteiinien kanssa menettelytavat; (iii) selvittää niiden HCV-proteiinien ja virionien kanssa yhdistymisen topologia ja subsellulaarinen sijainti; iv) arvioida kvantitatiivisesti niiden toiminnallista osallistumista hiukkasten silmumiseen, ulostuloon tai erittymiseen ja tarttuvuutta. Näissä kokeissa tyydyttäviä tuloksia tuonut ehdokas julkistetaan ja sitä tutkitaan edelleen rakennebiologian tasolla yhteisissä tutkimusohjelmissa.