Białka związane z wirionami HCV

Pojawienie się raka wątrobowokomórkowego (HCC) skłoniło do poszukiwania dogłębnego zrozumienia biologii jednego z jego głównych czynników sprawczych, wirusa zapalenia wątroby typu C (HCV). Cząsteczki HCV nabywają się poprzez pączkowanie i enkapsydację białek komórkowych. Istnieje coraz więcej dowodów na temat kilku gatunków wirusów, że białka związane z wirionami są podatne na etapy replikacji, pączkowania/wychodzenia lub wejścia/uwalniania cyklu wirusowego.

Zidentyfikowanie takich celów może dostarczyć idealnych kandydatów do uzyskania wglądu w zależność HCV od ograniczonego podzbioru białek gospodarza, zapewniając w ten sposób wyrafinowane zestawy genetycznie stabilnych celów terapii. Celem tego projektu jest stworzenie odpowiednich warunków do niezawodnego i powtarzalnego oczyszczania wirionów HCV w próbkach klinicznych, a następnie identyfikacja ich białek gospodarza związanych z HCV i scharakteryzowanie ich funkcji. Profilowanie proteomiczne cząstek HCV oczyszczonych z próbek klinicznych zostanie nałożone na białka zidentyfikowane i scharakteryzowane w cząsteczkach HCV wyhodowanych w hodowli komórkowej podczas mojego szkolenia podoktorskiego, przy użyciu kryteriów stopnia odkrycia biomarkerów klinicznych. Cele zidentyfikowane w obu zestawach próbek zostaną poddane badaniom in vitro z użyciem komórek replikujących HCV. Konwencjonalne metody biochemiczne i obrazowe zostaną wykorzystane w celu: (i) ustalenia ich fizycznego związku z wirionami HCV; (ii) zdefiniować modalności ich interakcji z białkami HCV; (iii) rozszyfrować topologię i subkomórkową lokalizację ich związku z białkami i wirionami HCV; (iv) ocenić ilościowo ich funkcjonalne zaangażowanie w pączkowanie cząstek, wydostawanie się lub wydzielanie oraz zakaźność. Kandydat, który uzyskał zadowalające wyniki w tych eksperymentach, zostanie ujawniony i dalej badany na poziomie biologii strukturalnej, w ramach wspólnych programów badawczych.