HCV viriony vázané proteiny

Vznik hepatocelulárního karcinomu (HCC) podnítil hledání důkladného pochopení biologie jednoho z jeho hlavních původců, viru hepatitidy C (HCV). Částice HCV získávají prostřednictvím pučení a enkapsidace buněčné proteiny. U několika druhů virů se množí důkazy, že proteiny vázané na virion jsou náchylné k tomu, aby se podílely buď na replikaci, pučení/egresi nebo krocích vstupu/uvolnění virového cyklu.

Identifikace takových cílů může poskytnout ideální kandidáty pro získání náhledu na závislost HCV na omezené podskupině hostitelských proteinů, a proto poskytuje rafinované sady geneticky stabilních cílů pro terapii. Cílem tohoto projektu je vytvořit adekvátní podmínky pro robustní a reprodukovatelnou purifikaci HCV virionů v klinických vzorcích s následnou identifikací jejich HCV vázaných hostitelských proteinů a charakterizací jejich funkcí. Proteomické profilování částic HCV purifikovaných z klinických vzorků bude překryto proteiny identifikovanými a charakterizovanými v částicích HCV vypěstovaných v buněčné kultuře během mého postdoktorského školení za použití kritérií stupně objevu klinických biomarkerů. Cíle identifikované v obou souborech vzorků budou podrobeny zkoumání in vitro s použitím buněk replikujících HCV. Konvenční biochemické a zobrazovací metody budou použity za účelem: (i) zjištění jejich fyzické asociace s HCV viriony; (ii) definovat způsoby jejich interakce s HCV proteiny; (iii) dešifrovat topologii a subcelulární lokalizaci jejich asociace s HCV proteiny a viriony; (iv) kvantitativně zhodnotit jejich funkční zapojení do pučení částic, jejich výstupu nebo sekrece a infekčnosti. Kandidát, který v těchto experimentech přinesl uspokojivé výsledky, bude odhalen a dále zkoumán na úrovni strukturní biologie v programech společného výzkumu.