Långtidsstabilitet för orala mikrobiomprover

Den mänskliga mikrobiomet (dvs insamlingen av mikrobiella gener som finns i och på människokroppen) har observerats vara associerad med många hälsotillstånd, men nuvarande metodologiska studier tyder på att insamlingsmetod, laboratoriehantering, bioinformatisk bearbetning av data och andra faktorer kan i hög grad påverka resultaten av mikrobiomstudier. I kohortstudier samlas prover vanligtvis in vid baslinjen, men bearbetas ofta inte förrän tillräckligt många fall har samlats. Denna typ av studiedesign kommer att kräva att prover förblir frysta i sannolikt många år innan laboratoriehantering för mikrobiommätningar. Såvitt vi vet har ingen studie beaktat effekten av långtidslagring av orala prover på orala mikrobiomegenskaper. Därför kommer vi att utvärdera effekten av långtidsförvaring av två orala provinsamlingsmetoder (OMNIgene ORAL och Scope munvatten) från 30 personer som arbetar på NCI på orala mikrobiomegenskaper. Vi kommer att begära att varje deltagare kommer att tillhandahålla prover under 6 separata dagar under två veckor. Deltagarna kommer också att fylla i ett kort frågeformulär. Vi kommer att skapa alikvoter från de poolade OMNIgene ORAL- och Scope-munsköljproverna från varje individ och omedelbart extrahera DNA:t en alikvot. De återstående alikvoterna kommer att frysas vid -80 grader C och DNA kommer att extraheras efter en månad, tre månader, sex månader och ett år efter insamling. De återstående alikvoterna kommer att finnas kvar i -80 grader C frysen för ännu längre sikt tester och andra framtida studier. Vi kommer att jämföra de mikrobiella profilerna från de lagrade proverna med de omedelbart extraherade proverna för att bestämma effekten av lagring på orala prover.