Az orális mikrobiomminták hosszú távú stabilitása

Az emberi mikrobiom (azaz az emberi testben és az emberi testen található mikrobiális gének gyűjteménye) számos egészségügyi állapothoz köthető, de a jelenlegi módszertani vizsgálatok azt sugallják, hogy a gyűjtési módszer, a laboratóriumi kezelés, az adatok bioinformatikai feldolgozása és egyéb tényezők nagymértékben befolyásolhatják a mikrobiom vizsgálati eredményeit. A kohorsz vizsgálatok során a mintákat jellemzően a kiinduláskor gyűjtik, de gyakran csak addig dolgozzák fel őket, amíg elegendő számú eset összegyűlik. Az ilyen típusú vizsgálati terv megköveteli, hogy a minták fagyasztva maradjanak valószínűleg sok évig a mikrobiommérések laboratóriumi kezelése előtt. Tudomásunk szerint egyetlen tanulmány sem foglalkozott a szájminták hosszú távú tárolásának a szájüregi mikrobiom jellemzőire gyakorolt ​​hatásával. Ezért értékelni fogjuk az NCI-nél dolgozó 30 személy két szájon át történő mintavételi módszer (OMNIgene ORAL és Scope szájvíz) hosszú távú tárolásának hatását a szájüregi mikrobiom jellemzőire. Felkérjük, hogy minden résztvevő 6 külön napon át adjon mintát két hét alatt. A résztvevők egy rövid kérdőívet is kitöltenek. Alikvot részeket készítünk az egyesített OMNIgene ORAL és Scope szájvízmintákból, és azonnal kivonjuk a DNS-t egy aliquot részből. A fennmaradó alikvotokat -80 °C-on lefagyasztják, és a DNS-t a begyűjtés után egy hónap, három hónap, hat hónap és egy év múlva vonják ki. A fennmaradó alikvot részek a -80 °C-os fagyasztóban maradnak még hosszabb távú tesztelés és egyéb jövőbeli vizsgálatok céljából. Összehasonlítjuk a tárolt minták mikrobaprofiljait az azonnal kinyert mintákkal, hogy meghatározzuk a tárolás hatását a szájmintákra.