Langetermijnstabiliteit van orale microbioommonsters

Er is waargenomen dat het menselijk microbioom (d.w.z. de verzameling van microbiële genen die in en op het menselijk lichaam worden aangetroffen) verband houdt met tal van gezondheidsproblemen, maar huidige methodologische studies suggereren dat de verzamelingsmethode, laboratoriumbehandeling, bioinformatische verwerking van de gegevens en andere factoren kunnen de bevindingen van microbioomonderzoeken sterk beïnvloeden. In cohortstudies worden steekproeven doorgaans bij baseline verzameld, maar vaak pas verwerkt als er voldoende gevallen zijn verzameld. Dit type studieontwerp vereist dat monsters waarschijnlijk vele jaren bevroren blijven voordat ze in het laboratorium worden gebruikt voor microbioommetingen. Voor zover wij weten, heeft geen enkele studie gekeken naar de impact van langdurige opslag van orale monsters op de kenmerken van het orale microbioom. Daarom zullen we het effect evalueren van langdurige opslag van twee methoden voor het verzamelen van orale monsters (OMNIgene ORAL en Scope mondspoeling) van 30 personen die bij het NCI werken aan de kenmerken van het orale microbioom. We zullen elke deelnemer vragen om op 6 verschillende dagen in de loop van twee weken monsters te verstrekken. Deelnemers vullen ook een korte vragenlijst in. We zullen aliquots maken van de gepoolde OMNIgene ORAL en Scope mondwatermonsters van elk individu, en onmiddellijk één aliquot DNA extraheren. De resterende aliquots worden ingevroren bij -80 graden C en DNA wordt geëxtraheerd na een maand, drie maanden, zes maanden en een jaar na verzameling. De resterende aliquots blijven in de vriezer van -80 graden C voor testen op nog langere termijn en andere toekomstige studies. We zullen de microbiële profielen van de opgeslagen monsters vergelijken met de onmiddellijk geëxtraheerde monsters om het effect van opslag op orale monsters te bepalen.