Langzeitstabilität oraler Mikrobiomproben

Es wurde beobachtet, dass das menschliche Mikrobiom (d. h. die Ansammlung mikrobieller Gene, die im und am menschlichen Körper gefunden werden) mit zahlreichen Gesundheitszuständen in Zusammenhang steht. Aktuelle methodische Studien legen jedoch nahe, dass die Erfassungsmethode, die Handhabung im Labor, die bioinformatische Verarbeitung der Daten und andere Faktoren berücksichtigt werden müssen Faktoren können die Ergebnisse von Mikrobiomstudien stark beeinflussen. In Kohortenstudien werden Proben typischerweise zu Studienbeginn gesammelt, aber oft erst dann verarbeitet, wenn sich genügend Fälle angesammelt haben. Diese Art von Studiendesign erfordert, dass die Proben wahrscheinlich viele Jahre lang gefroren bleiben, bevor sie im Labor für Mikrobiommessungen verwendet werden. Unseres Wissens hat keine Studie die Auswirkungen der Langzeitlagerung oraler Proben auf die Eigenschaften des oralen Mikrobioms untersucht. Daher werden wir die Wirkung der Langzeitlagerung von zwei oralen Probenentnahmemethoden (OMNIgene ORAL und Scope Mundwasser) von 30 Personen bewerten, die am NCI an oralen Mikrobiommerkmalen arbeiten. Wir bitten jeden Teilnehmer, innerhalb von zwei Wochen an sechs verschiedenen Tagen Proben zur Verfügung zu stellen. Die Teilnehmer füllen außerdem einen kurzen Fragebogen aus. Wir erstellen Aliquots aus den gepoolten OMNIgene ORAL- und Scope-Mundwasserproben jedes Einzelnen und extrahieren sofort ein Aliquot der DNA. Die verbleibenden Aliquots werden bei -80 °C eingefroren und die DNA wird einen Monat, drei Monate, sechs Monate und ein Jahr nach der Entnahme extrahiert. Die verbleibenden Aliquots bleiben für noch längerfristige Tests und andere zukünftige Studien im Gefrierschrank bei -80 °C. Wir werden die mikrobiellen Profile der gelagerten Proben mit den sofort entnommenen Proben vergleichen, um die Auswirkung der Lagerung auf orale Proben zu bestimmen.