Identifiera unika patogena makrofager i systemisk skleros-ILD

Med hjälp av banbrytande encellig RNA-Seq-teknik kommer vi att identifiera i BAL-vätskan hos patienter med SSc-ILD framväxande patogena cellpopulationer i lungan som tidigare inte kändes igen med hjälp av standard RNA-Seq och microarray-teknologier, som saknar upplösningen att analysera transkriptom av enskilda celler. Alveolära makrofager isolerade från bronkoalveolär lavage-vätska (BAL) från SSc-patienter med kliniskt signifikant lungfibros kommer att studeras vid baslinjen och 6 månader efter inskrivningen för att longitudinellt bedöma närvaron och persistensen av en framväxande, pro-fibrotisk alveolär makrofagpopulation.

Försökspersoner med SSc-ILD kommer att rekryteras från sklerodermiprogrammet. Vi kommer att rekrytera vuxna som uppfyller 2013 American College of Rheumatology (ACR) SSc-kriterier och kliniskt relevant SSc-interstitiell lungsjukdom. Patienterna kommer att genomgå bronkoskopi med bronkoalveolsköljning vid månad 0 och sedan vid månad 6. Friska kontrollpersoner kommer att fylla i demografiska och grundläggande medicinska formulär för att säkerställa hälsan. Relevanta kliniska data kommer att laddas ner från Enterprise Data Warehouse, en elektronisk databas som används på Northwestern som utformats för att aggregera och lagra patientdata från olika medicinska system, eller genom manuell kartgranskning, och läggas in i en RedCap-databas skapad specifikt för detta projekt .

Under en elektiv bronkoskopiprocedur hos SSc och friska kontrollpersoner kommer bronkoskopet att kilas in i ett påverkat lungsegment som styrs av CT-skanning. Efter att bronkoskopet har kilats in, instilleras 120 ml steril 0,09 % normal koksaltlösning. Alla efterföljande alikvoter kommer att slås samman. Upp till 40-60 ml BAL-vätska kommer att erhållas för analys under varje provtagning. Alveolära makrofager kommer att sorteras på ett fluorescensaktiverad cellsorterare (FACS) Aria III-instrument. High-throughput single cell transcriptomic (Drop-seq) data kommer att bearbetas på Northwestern högpresterande beräkningskluster med hjälp av Cell Ranger pipeline och efterbehandlas med modifierad AltAnalyze pipeline.