Identificatie van unieke pathogene macrofagen bij systemische sclerose-ILD

Met behulp van geavanceerde eencellige RNA-Seq-technologie zullen we in de BAL-vloeistof van proefpersonen van SSc-ILD opkomende pathogene celpopulaties in de long identificeren die voorheen niet werden herkend met behulp van standaard RNA-Seq- en microarray-technologieën, die niet de resolutie hebben om te analyseren transcriptomen van individuele cellen. Alveolaire macrofagen geïsoleerd uit bronchoalveolaire lavage (BAL) vloeistof van SSc-patiënten met klinisch significante longfibrose zullen worden bestudeerd bij aanvang en 6 maanden na inschrijving om longitudinaal de aanwezigheid en persistentie van een opkomende, pro-fibrotische alveolaire macrofaagpopulatie te beoordelen.

Proefpersonen met SSc-ILD zullen worden gerekruteerd uit het Sclerodermie-programma. We zullen volwassenen rekruteren die voldoen aan de SSc-criteria van het American College of Rheumatology (ACR) van 2013 en aan klinisch relevante SSc-interstitiële longziekte. Patiënten ondergaan bronchoscopie met bronchoalveolaire lavage in maand 0 en vervolgens in maand 6. Gezonde controlepersonen zullen demografische en medische basisformulieren invullen om de gezondheid te waarborgen. Relevante klinische gegevens zullen worden gedownload van het Enterprise Data Warehouse, een elektronische database die in gebruik is bij Northwestern en die is ontworpen om patiëntgegevens uit verschillende medische systemen te verzamelen en op te slaan, of door middel van handmatige beoordeling van grafieken, en worden ingevoerd in een RedCap-database die speciaal voor dit project is gemaakt. .

Tijdens een electieve bronchoscopieprocedure bij SSc en gezonde controlepersonen wordt de bronchoscoop vastgeklemd in een aangetast longsegment, geleid door CT-scanning. Na het vastzetten van de bronchoscoop wordt 120 ml steriele 0,09% normale zoutoplossing ingebracht. Alle volgende aliquots worden samengevoegd. Tijdens elke bemonstering wordt maximaal 40-60 ml BAL-vloeistof verkregen voor analyse. Alveolaire macrofagen zullen worden gesorteerd op een fluorescentie-geactiveerde celsorteerder (FACS) Aria III-instrument. High-throughput eencellige transcriptomische (Drop-seq) gegevens zullen worden verwerkt op Noordwestelijke high-performance computationele cluster met behulp van de Cell Ranger-pijplijn en nabewerkt met behulp van de gemodificeerde AltAnalyze-pijplijn.