Identification des macrophages pathogènes uniques dans la sclérodermie systémique-ILD

À l'aide de la technologie de pointe d'ARN-Seq à cellule unique, nous identifierons dans le liquide BAL des sujets de SSc-ILD des populations de cellules pathogènes émergentes dans le poumon qui n'étaient auparavant pas reconnues à l'aide des technologies standard d'ARN-Seq et de puces à ADN, qui n'ont pas la résolution d'analyser transcriptomes de cellules individuelles. Les macrophages alvéolaires isolés du liquide de lavage bronchoalvéolaire (BAL) de patients atteints de ScS présentant une fibrose pulmonaire cliniquement significative seront étudiés au départ et 6 mois après l'inscription pour évaluer longitudinalement la présence et la persistance d'une population émergente de macrophages alvéolaires pro-fibrotiques.

Les sujets atteints de SSc-ILD seront recrutés dans le programme de sclérodermie. Nous recruterons des adultes qui remplissent les critères SSc 2013 de l'American College of Rheumatology (ACR) et une maladie pulmonaire interstitielle SSc cliniquement pertinente. Les patients subiront une bronchoscopie avec lavage bronchoalvéolaire au mois 0 puis au mois 6. Les sujets témoins en bonne santé rempliront des formulaires démographiques et médicaux de base pour assurer leur santé. Les données cliniques pertinentes seront téléchargées à partir de l'Enterprise Data Warehouse, une base de données électronique utilisée à Northwestern qui a été conçue pour agréger et stocker les données des patients provenant de divers systèmes médicaux, ou par le biais d'un examen manuel des dossiers, et saisies dans une base de données RedCap créée spécifiquement pour ce projet. .

Au cours d'une procédure de bronchoscopie élective chez des sujets SSc et témoins sains, le bronchoscope sera calé dans un segment pulmonaire affecté guidé par un scanner. Après avoir calé le bronchoscope, 120 ml de sérum physiologique stérile à 0,09 % seront instillés. Toutes les aliquotes suivantes seront regroupées. Jusqu'à 40-60 ml de fluide BAL seront obtenus pour analyse lors de chaque échantillonnage. Les macrophages alvéolaires seront triés sur un instrument Aria III de trieur de cellules activées par fluorescence (FACS). Les données transcriptomiques à cellule unique à haut débit (Drop-seq) seront traitées sur le cluster de calcul haute performance Northwestern à l'aide du pipeline Cell Ranger et post-traitées à l'aide du pipeline AltAnalyze modifié.