Identifisering av unike patogene makrofager i systemisk sklerose-ILD

Ved å bruke banebrytende enkeltcellet RNA-Seq-teknologi vil vi identifisere i BAL-væsken til forsøkspersoner med SSc-ILD nye patogene cellepopulasjoner i lungen som tidligere ikke var gjenkjent ved bruk av standard RNA-Seq og mikroarray-teknologier, som mangler oppløsningen til å analysere transkriptomer av individuelle celler. Alveolære makrofager isolert fra bronkoalveolar lavage (BAL) væske fra SSc-pasienter med klinisk signifikant lungefibrose vil bli studert ved baseline og 6 måneder etter innrullering for å vurdere longitudinelt tilstedeværelse og persistens av en emergent, pro-fibrotisk alveolar makrofagpopulasjon.

Emner med SSc-ILD vil bli rekruttert fra sklerodermiprogrammet. Vi vil rekruttere voksne som oppfyller 2013 American College of Rheumatology (ACR) SSc-kriterier og klinisk relevant SSc-interstitiell lungesykdom. Pasienter vil gjennomgå bronkoskopi med bronkoalveolær skylling ved måned 0 og deretter ved måned 6. Friske kontrollpersoner vil fylle ut demografiske og grunnleggende medisinske skjemaer for å sikre helse. Relevante kliniske data vil bli lastet ned fra Enterprise Data Warehouse, en elektronisk database i bruk på Northwestern som ble designet for å samle og lagre pasientdata fra ulike medisinske systemer, eller gjennom manuell kartgjennomgang, og legges inn i en RedCap-database laget spesielt for dette prosjektet .

Under en elektiv bronkoskopi prosedyre hos SSc og friske kontrollpersoner vil bronkoskopet bli kilt inn i et berørt lungesegment veiledet av CT-skanning. Etter fastkiling av bronkoskopet vil 120 ml sterilt 0,09 % normalt saltvann tilføres. Alle påfølgende alikvoter vil bli samlet. Opptil 40-60 ml BAL-væske vil bli oppnådd for analyse under hver prøvetaking. Alveolære makrofager vil bli sortert på et fluorescensaktivert cellesorteringsinstrument (FACS) Aria III-instrument. High-throughput single cell transcriptomic (Drop-seq) data vil bli behandlet på Northwestern høyytelses beregningsklynge ved bruk av Cell Ranger pipeline og etterbehandlet med modifisert AltAnalyze pipeline.