Identificazione di macrofagi patogeni unici nella sclerosi sistemica-ILD

Utilizzando la tecnologia all'avanguardia di RNA-Seq a singola cellula, identificheremo nel fluido BAL di soggetti di SSc-ILD popolazioni di cellule patogene emergenti nel polmone che erano precedentemente non riconosciute utilizzando tecnologie standard di RNA-Seq e microarray, che mancano della risoluzione per analizzare trascrittomi delle singole cellule. I macrofagi alveolari isolati dal fluido di lavaggio broncoalveolare (BAL) da pazienti SSc con fibrosi polmonare clinicamente significativa saranno studiati al basale ea 6 mesi dopo l'arruolamento per valutare longitudinalmente la presenza e la persistenza di una popolazione emergente di macrofagi alveolari pro-fibrotici.

I soggetti con SSc-ILD saranno reclutati dal programma Scleroderma. Recluteremo adulti che soddisfino i criteri SSc dell'American College of Rheumatology (ACR) del 2013 e la malattia polmonare interstiziale SSc clinicamente rilevante. I pazienti verranno sottoposti a broncoscopia con lavaggio broncoalveolare al mese 0 e poi al mese 6. I soggetti di controllo sani completeranno i moduli demografici e medici di base per garantire la salute. I dati clinici pertinenti verranno scaricati dall'Enterprise Data Warehouse, un database elettronico in uso presso Northwestern progettato per aggregare e archiviare i dati dei pazienti da vari sistemi medici, o attraverso la revisione manuale delle cartelle cliniche, e inseriti in un database RedCap creato appositamente per questo progetto .

Durante una procedura di broncoscopia elettiva in SSc e soggetti di controllo sani il broncoscopio verrà incuneato in un segmento polmonare interessato guidato dalla scansione TC. Dopo aver incuneato il broncoscopio, verranno instillati 120 ml di soluzione fisiologica sterile allo 0,09%. Tutte le aliquote successive verranno raggruppate. Saranno ottenuti fino a 40-60 mL di fluido BAL per l'analisi durante ogni campionamento. I macrofagi alveolari saranno selezionati su uno strumento Aria III attivato dalla fluorescenza (FACS). I dati trascrittomici a cella singola ad alto rendimento (Drop-seq) verranno elaborati sul cluster computazionale ad alte prestazioni nordoccidentale utilizzando la pipeline Cell Ranger e post-elaborati utilizzando la pipeline AltAnalyze modificata.