Egyedülálló patogén makrofágok azonosítása szisztémás szklerózis-ILD-ben

A legmodernebb egysejtes RNA-Seq technológia segítségével azonosítani fogjuk az SSc-ILD alanyok BAL folyadékában a tüdőben feltörekvő patogén sejtpopulációkat, amelyeket korábban nem ismertek fel szabványos RNA-Seq és microarray technológiák segítségével, amelyekből hiányzik az elemzéshez szükséges felbontás. az egyes sejtek átiratai. A klinikailag jelentős tüdőfibrózisban szenvedő SSc-betegekből származó bronchoalveolaris lavage (BAL) folyadékból izolált alveoláris makrofágokat a kiinduláskor és a beiratkozás után 6 hónappal vizsgálják, hogy longitudinálisan értékeljék a kialakuló, pro-fibrotikus alveoláris makrofág populáció jelenlétét és perzisztenciáját.

Az SSc-ILD-vel rendelkező alanyokat a Scleroderma Programból veszik fel. Felnőtteket fogunk felvenni, akik megfelelnek a 2013-as American College of Rheumatology (ACR) SSc kritériumainak és klinikailag releváns SSc-intersticiális tüdőbetegségnek. A betegeket a 0., majd a 6. hónapban bronchoscopiás vizsgálatnak vetik alá bronchoalveoláris mosással. Az egészséges kontroll alanyok demográfiai és alapvető orvosi nyomtatványokat töltenek ki az egészség biztosítása érdekében. A vonatkozó klinikai adatokat letöltik az Enterprise Data Warehouse-ból, a Northwesternben használt elektronikus adatbázisból, amelyet arra terveztek, hogy a különböző egészségügyi rendszerekből származó páciensadatokat összesítse és tárolja, vagy manuális diagramok áttekintésével, és bekerüljenek a kifejezetten ehhez a projekthez létrehozott RedCap adatbázisba. .

Az elektív bronchoszkópos eljárás során SSc-ben és egészséges kontroll egyénekben a bronchoszkóp egy érintett tüdőszegmensbe ékelődik CT-vizsgálattal. A bronchoszkóp beékelését követően 120 ml steril 0,09%-os normál sóoldatot csepegtetünk be. Az összes ezt követő alikvot részt összevonjuk. Minden mintavétel során legfeljebb 40-60 ml BAL folyadékot nyerünk az elemzéshez. Az alveoláris makrofágokat egy fluoreszcenciával aktivált sejtválogató (FACS) Aria III műszerrel válogatják szét. A nagy áteresztőképességű egysejtű transzkriptomikus (Drop-seq) adatok feldolgozása Northwestern nagy teljesítményű számítási klaszteren történik Cell Ranger pipeline segítségével, majd utófeldolgozása módosított AltAnalyze pipeline segítségével.