Identifikation af unikke patogene makrofager i systemisk sklerose-ILD

Ved at bruge banebrydende enkeltcellet RNA-Seq-teknologi vil vi identificere i BAL-væsken fra forsøgspersoner med SSc-ILD nye patogene cellepopulationer i lungen, som tidligere ikke var genkendt ved hjælp af standard RNA-Seq og microarray-teknologier, som mangler opløsningen til at analysere transkriptomer af individuelle celler. Alveolære makrofager isoleret fra bronchoalveolar lavage (BAL) væske fra SSc-patienter med klinisk signifikant lungefibrose vil blive undersøgt ved baseline og 6 måneder efter indskrivning for at vurdere longitudinelt tilstedeværelsen og persistensen af ​​en emergent, pro-fibrotisk alveolær makrofagpopulation.

Emner med SSc-ILD vil blive rekrutteret fra sklerodermiprogrammet. Vi vil rekruttere voksne, der opfylder 2013 American College of Rheumatology (ACR) SSc-kriterier og klinisk relevant SSc-interstitiel lungesygdom. Patienterne vil gennemgå bronkoskopi med bronkoalveolær skylning ved måned 0 og derefter ved måned 6. Sunde kontrolpersoner vil udfylde demografiske og grundlæggende medicinske former for at sikre sundhed. Relevante kliniske data vil blive downloadet fra Enterprise Data Warehouse, en elektronisk database i brug hos Northwestern, som er designet til at samle og gemme patientdata fra forskellige medicinske systemer, eller gennem manuel diagramgennemgang og indtastet i en RedCap-database, der er oprettet specifikt til dette projekt .

Under en elektiv bronkoskopiprocedure hos SSc og raske kontrolpersoner vil bronkoskopet blive kilet ind i et påvirket lungesegment styret af CT-skanning. Efter fastkiling af bronkoskopet inddryppes 120 ml sterilt 0,09 % normalt saltvand. Alle efterfølgende aliquoter vil blive samlet. Der opnås op til 40-60 ml BAL-væske til analyse under hver prøvetagning. Alveolære makrofager vil blive sorteret på et fluorescensaktiveret cellesorteringsinstrument (FACS) Aria III-instrument. High-throughput enkeltcelle transkriptomiske (Drop-seq) data vil blive behandlet på Northwestern højtydende beregningsklynge ved hjælp af Cell Ranger pipeline og efterbehandlet ved hjælp af modificeret AltAnalyze pipeline.