Identifizierung einzigartiger pathogener Makrophagen bei systemischer Sklerose-ILD

Mit modernster Einzelzell-RNA-Seq-Technologie werden wir in der BAL-Flüssigkeit von Patienten mit SSc-ILD neu auftretende pathogene Zellpopulationen in der Lunge identifizieren, die zuvor mit Standard-RNA-Seq- und Microarray-Technologien nicht erkannt wurden, denen die Auflösung zur Analyse fehlt Transkriptome einzelner Zellen. Alveolarmakrophagen, die aus bronchoalveolärer Lavage (BAL)-Flüssigkeit von SSc-Patienten mit klinisch signifikanter Lungenfibrose isoliert wurden, werden zu Studienbeginn und 6 Monate nach der Aufnahme untersucht, um das Vorhandensein und die Persistenz einer entstehenden, pro-fibrotischen Alveolarmakrophagen-Population im Längsschnitt zu beurteilen.

Probanden mit SSc-ILD werden aus dem Scleroderma-Programm rekrutiert. Wir werden Erwachsene rekrutieren, die die SSc-Kriterien des American College of Rheumatology (ACR) von 2013 und eine klinisch relevante SSc-interstitielle Lungenerkrankung erfüllen. Die Patienten werden in Monat 0 und dann in Monat 6 einer Bronchoskopie mit bronchoalveolärer Lavage unterzogen. Gesunde Kontrollpersonen füllen demografische und grundlegende medizinische Formulare aus, um die Gesundheit sicherzustellen. Relevante klinische Daten werden aus dem Enterprise Data Warehouse, einer bei Northwestern verwendeten elektronischen Datenbank, die zum Sammeln und Speichern von Patientendaten aus verschiedenen medizinischen Systemen entwickelt wurde, oder durch manuelle Diagrammprüfung heruntergeladen und in eine speziell für dieses Projekt erstellte RedCap-Datenbank eingegeben .

Während eines elektiven Bronchoskopieverfahrens bei SSc und gesunden Kontrollpersonen wird das Bronchoskop in ein betroffenes Lungensegment eingeklemmt, das durch CT-Scanning gesteuert wird. Nach dem Verkeilen des Bronchoskops werden 120 ml sterile 0,09 %ige physiologische Kochsalzlösung instilliert. Alle nachfolgenden Aliquots werden gepoolt. Bei jeder Probenahme werden bis zu 40–60 ml BAL-Flüssigkeit zur Analyse entnommen. Alveolarmakrophagen werden auf einem fluoreszenzaktivierten Zellsortierer (FACS) Aria III-Instrument sortiert. Einzelzell-Transkriptomikdaten (Drop-seq) mit hohem Durchsatz werden auf dem Hochleistungs-Rechencluster von Northwestern mit der Cell Ranger-Pipeline verarbeitet und mit der modifizierten AltAnalyze-Pipeline nachbearbeitet.