Ainutlaatuisten patogeenisten makrofagien tunnistaminen systeemisessä skleroosissa-ILD:ssä

Huippuluokan yksisoluisen RNA-Seq-teknologian avulla tunnistamme BAL-nesteestä SSc-ILD:n koehenkilöiden keuhkoissa esiin nousevia patogeenisiä solupopulaatioita, joita ei aiemmin tunnistettu käyttämällä tavallisia RNA-Seq- ja microarray-tekniikoita, joilla ei ole resoluutiota analysoida. yksittäisten solujen transkriptomit. Alveolaarisia makrofageja, jotka on eristetty bronkoalveolaarisesta huuhtelunesteestä (BAL) SSc-potilailta, joilla on kliinisesti merkittävä keuhkofibroosi, tutkitaan lähtötilanteessa ja 6 kuukautta ilmoittautumisen jälkeen, jotta voidaan arvioida pitkittäissuuntaisesti ilmaantuvan, pro-fibroottisen alveolaarisen makrofaagipopulaation olemassaolo ja pysyvyys.

Koehenkilöt, joilla on SSc-ILD, rekrytoidaan sklerodermaohjelmasta. Rekrytoimme aikuisia, jotka täyttävät 2013 American College of Rheumatology (ACR) SSc-kriteerit ja kliinisesti merkityksellisen SSc-interstitiaalisen keuhkosairauden. Potilaille tehdään bronkoskopia ja bronkoalveolaarinen huuhtelu kuukaudella 0 ja sitten kuukaudella 6. Terveet kontrollikohteet täyttävät demografiset ja peruslääketieteelliset lomakkeet terveyden varmistamiseksi. Asiaankuuluvat kliiniset tiedot ladataan Enterprise Data Warehousesta, Northwesternissä käytössä olevasta sähköisestä tietokannasta, joka on suunniteltu kokoamaan ja tallentamaan potilastietoja eri lääketieteellisistä järjestelmistä, tai manuaalisen kaaviotarkistuksen kautta ja syötetään nimenomaan tätä projektia varten luotuun RedCap-tietokantaan. .

Elektiivisen bronkoskopiatoimenpiteen aikana SSc- ja terveillä kontrollihenkilöillä bronkoskooppi kiilataan sairaaseen keuhkosegmenttiin CT-skannauksen ohjaamana. Bronkoskoopin kiinnittämisen jälkeen tiputetaan 120 ml steriiliä 0,09 % normaalia suolaliuosta. Kaikki myöhemmät erät yhdistetään. Jopa 40-60 ml BAL-nestettä saadaan analysoitavaksi jokaisen näytteenoton aikana. Alveolaariset makrofagit lajitellaan fluoresenssiaktivoidulla solulajittelijalla (FACS) Aria III -laitteella. Tehokas yksisoluinen transkriptio (Drop-seq) -data käsitellään Northwesternin korkean suorituskyvyn laskennallisessa klusterissa Cell Ranger -putkilinjalla ja jälkikäsitellään modifioidulla AltAnalyze-putkilinjalla.