Identifikace jedinečných patogenních makrofágů u systémové sklerózy-ILD

Pomocí špičkové jednobuněčné technologie RNA-Seq identifikujeme v tekutině BAL subjektů SSc-ILD objevující se patogenní buněčné populace v plicích, které byly dříve nerozpoznané pomocí standardních technologií RNA-Seq a microarray, které postrádají rozlišení pro analýzu. transkriptomy jednotlivých buněk. Alveolární makrofágy izolované z tekutiny z bronchoalveolární laváže (BAL) od pacientů se SSc s klinicky významnou plicní fibrózou budou studovány na začátku studie a 6 měsíců po zařazení, aby se longitudinálně vyhodnotila přítomnost a perzistence vznikající profibrotické populace alveolárních makrofágů.

Subjekty s SSc-ILD budou rekrutovány z programu Scleroderma. Přijmeme dospělé, kteří splňují kritéria SSc 2013 American College of Rheumatology (ACR) a klinicky relevantní SSc-intersticiální plicní onemocnění. Pacienti podstoupí bronchoskopii s bronchoalveolární laváží v měsíci 0 a poté v měsíci 6. Subjekty zdravé kontroly vyplní demografické a základní lékařské formuláře k zajištění zdraví. Příslušná klinická data budou stažena z Enterprise Data Warehouse, elektronické databáze používané v Northwestern, která byla navržena tak, aby shromažďovala a ukládala data pacientů z různých lékařských systémů, nebo prostřednictvím ručního prohlížení diagramů, a vložila se do databáze RedCap vytvořené speciálně pro tento projekt. .

Během elektivní bronchoskopie u SSc a zdravých kontrolních subjektů bude bronchoskop zaklíněn do postiženého plicního segmentu podle CT skenování. Po zaklínění bronchoskopu bude nakapáno 120 ml sterilního 0,09% normálního fyziologického roztoku. Všechny následující alikvoty budou spojeny. Během každého odběru vzorků bude pro analýzu získáno až 40–60 ml tekutiny BAL. Alveolární makrofágy budou tříděny na fluorescenčně aktivovaném třídiči buněk (FACS) Aria III. Vysoce výkonná jednobuněčná transkriptomická data (Drop-seq) budou zpracována na vysoce výkonném výpočetním clusteru Northwestern pomocí potrubí Cell Ranger a následně zpracována pomocí modifikovaného potrubí AltAnalyze.