Mitokondriella sjukdomar - långläst genom och transkriptomsekvensering i fall som inte lösts efter kortläst genomik

I MiDiSeq-projektet (monocentrisk, prospektiv, öppen diagnostisk) prioriterade patienter med misstänkt mitokondriell sjukdom i) hög a priori sannolikhet för en genetisk grund (t.ex. positiv familjehistoria) samt tillgänglighet av (ii) fibroblastcellinjer med en biokemiskt definierad fenotyp, (iii) föräldraprover, (iv) kortlästa helgenom- och transkriptomdatauppsättningar och (v) valfria ytterligare metabolomik- och proteomikdata.

Följande frågor kommer att leda projektet:

i) att systematiskt jämföra olika sekvenseringsteknologier för att upptäcka genetisk och epigenetisk variation och deras inverkan på genreglering.

(ii) att vidareutveckla algoritmer för integrativa analyser av olika omics-datauppsättningar.

(iii) att utöka analysen från kodande enkelnukleotidvarianter (SNV) och regulatoriska mutationer till strukturella varianter (SV), upprepade expansioner och sammandragningar, regioner med låg komplexitet och epigenetiska signaturer.

(iv) att identifiera nya förändringar och sjukdomsmekanismer. (v) att få grundläggande nya insikter om sjukdomsmekanismer och cellbiologi.

(vi) att förbättra genetisk diagnostik för framtida patienter med sällsynta sjukdomar och att utvärdera personliga terapeutiska alternativ.