Mitokondrielle sygdomme - langlæst genom og transkriptomsekvensering i tilfælde, der ikke er løst efter kortlæst genomik

I MiDiSeq (monocentrisk, prospektiv, åben-label diagnostisk) projekt prioriterede patienter med mistanke om mitokondriel sygdom i) høj a priori sandsynlighed for et genetisk grundlag (f.eks. positiv familiehistorie) samt tilgængelighed af (ii) fibroblastcellelinjer med en biokemisk defineret fænotype, (iii) forældreprøver, (iv) kortlæste hele genom- og transkriptomdatasæt og (v) valgfri yderligere metabolomik- og proteomikdata.

Følgende spørgsmål vil lede projektet:

i) systematisk at benchmarke forskellige sekventeringsteknologier for at detektere genetisk og epigenetisk variation og deres indvirkning på genregulering.

(ii) at videreudvikle algoritmer til integrative analyser af forskellige 'omics-datasæt.

(iii) at udvide analysen fra kodende enkeltnukleotidvarianter (SNV'er) og regulatoriske mutationer til strukturelle varianter (SV'er), gentagne udvidelser og sammentrækninger, regioner med lav kompleksitet og epigenetiske signaturer.

(iv) at identificere nye ændringer og sygdomsmekanismer. (v) at opnå grundlæggende ny indsigt i sygdomsmekanismer og cellulær biologi.

(vi) at forbedre genetisk diagnostik af fremtidige patienter med sjældne sygdomme og at evaluere personlige terapeutiske muligheder.