Omtolkning av CNV med okänd betydelse: en 5-årig retrospektiv analys (ReAC)

Array-CGH är en frontlinjeteknik inom många genetiska indikationer i både prenatala och postnatala miljöer. Det tillåter detektering av kromosomförändringar (t.ex. dubbelarbete eller radering) i rutin. Tolkningen och klassificeringen av dessa kopienummervariationer eller CNV:er är väsentlig men komplex. Det kräver en systematisk och metodisk analys av variationen inom ramen för den vetenskapliga litteraturen. När dessa revisioner inte uppfyller vare sig patogenicitets- eller benignitetskriterier, kallas de för variation av okänd signifikans (eller VUS). De står för en betydande andel av revisionerna upp till 75 % (Palmer et al., 2013).

Detekteringen av VUS tillåter i de flesta fall inte en diagnos och kräver ofta användning av andra, kostsamma tekniker. Den mänskliga påverkan kan också vara betydande i avsaknad av möjlig genetisk rådgivning (t.ex. i samband med en framtida graviditet). Omanalys av en VUS är av stort intresse av minst två anledningar: (1) den första, om den klassificeras som godartad, gör det möjligt att avsluta undersökningen av varianten, att överväga andra spår utan baktankar och att lugna patient om frånvaron av patogenicitet hos varianten. (2) om VUS i slutändan är patogen gör detta det möjligt att namnge sjukdomen för patienten, att specificera genetisk rådgivning, för att undvika ytterligare långa och kostsamma utredningar och eventuellt att föreslå behandling.

I dagsläget kan VUS omanalyseras av laboratoriet på begäran av den förskrivande läkaren eller eventuellt annan läkare. För närvarande finns dock ingen systematisk omanalys.

Även om dessa variationer av okända betydelser är frekventa och representerar en viktig fråga, har såvitt vi vet ingen systematisk databasstudie utförts. En del liknande arbeten har ändå utförts under en kortare period eller på ad hoc-basis, vilket visar ett intresse för denna typ av tillvägagångssätt (Palmer et al., 2014).

Det verkar faktiskt väsentligt att fastställa intresset av att omanalysera sådana variationer på flera sätt: diagnostiska, ekonomiska och mänskliga.