Retolkning av CNV med ukjent betydning: en 5-års retrospektiv analyse (ReAC)

Array-CGH er en frontlinjeteknikk i mange genetiske indikasjoner i både prenatale og postnatale omgivelser. Den tillater påvisning av kromosomale omorganiseringer (duplisering eller sletting for eksempel) rutinemessig. Tolkningen og klassifiseringen av disse kopinummervariasjonene eller CNV-ene er viktig, men kompleks. Det krever en systematisk og metodisk analyse av variasjonen i sammenheng med den vitenskapelige litteraturen. Når disse revisjonene ikke oppfyller verken patogenitets- eller benignitetskriterier, omtales de som variasjon av ukjent betydning (eller VUS). De står for en betydelig andel av revisjonene opp til 75 % (Palmer et al., 2013).

Påvisning av VUS tillater i de fleste tilfeller ikke en diagnose og krever ofte bruk av andre, kostbare teknikker. Den menneskelige påvirkningen kan også være betydelig i fravær av mulig genetisk rådgivning (f.eks. i sammenheng med en fremtidig graviditet). Reanalyse av en VUS er av stor interesse av minst to grunner: (1) den første, hvis den er klassifisert som godartet, gjør det mulig å avslutte etterforskningen av varianten, å vurdere andre spor uten baktanker, og for å berolige pasient om fraværet av patogenisitet av varianten. (2) dersom VUS til syvende og sist er patogen, gjør dette det mulig å navngi sykdommen for pasienten, spesifisere genetisk veiledning, unngå ytterligere lang og kostbar utredning og eventuelt foreslå behandling.

Foreløpig kan VUS analyseres på nytt av laboratoriet på forespørsel fra forskrivende lege eller eventuelt annen lege. Imidlertid er ingen systematisk reanalyseprosedyre på plass.

Selv om disse variasjonene av ukjent betydning er hyppige og representerer et viktig problem, er det så vidt vi vet ikke utført noen systematisk databasestudie. Noe lignende arbeid har likevel blitt utført over en kortere periode eller på ad hoc-basis, og viser interesse for denne typen tilnærminger (Palmer et al., 2014).

Det synes faktisk viktig å bestemme interessen for å reanalysere slike variasjoner på flere måter: diagnostisk, økonomisk og menneskelig.