Självinsamlade salivprover utan virustransportmedia för covid-19-testning via RT-PCR

Detta är en beskrivande studie som kommer att försöka validera proceduren för att detektera SARS-CoV-2 på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet med hjälp av självinsamlad saliv som prov. Utredarna kommer att beräkna procentöverensstämmelsen och 95 % konfidensintervall (dvs. övergripande överensstämmelse, procentuell överensstämmelse och procentuell negativ överensstämmelse) mellan självinsamlade salivprover (utvärderade på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet) och sjukvårdspersonal insamlade nasofarynxprover (utvärderad på antingen BioFire® FilmArray® Torch®-systemet eller Cepheid® GeneXpert® som guldstandard). Deltagare utan användbara resultat för både saliv- och nasofaryngeala metoder kommer inte att inkluderas i analyserna. För närvarande använder DGMC båda FDA:s system för auktorisering för nödbruk omväxlande för att testa för SARS-CoV-2.

Genom att använda mänskliga frivilliga för att erhålla positiva och negativa nasofaryngeala och salivprover av SARS-COV-2, är detta en testvalideringsstudie. Den använder Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet för att jämföra testprestandan hos saliv som ett prov med det vanliga nasofaryngeala provet.

Detta protokoll använder två olika bekvämlighetsprover av DGMC-patienter. Patienter (dvs. slutenvård, öppenvårdspatienter) med ett positivt covid-19-test under de senaste 72 timmarna, och de som inställer sig för covid-19-test på DGMC och har negativa resultat. Båda grupperna av patienter är villiga att ge ett salivprov för COVID-19-test inom 72 timmar. Populationerna kommer att bestå av aktiv tjänst, DoD-beroende och pensionärer som är DGMC-patienter. Denna studie kommer att registrera minst 60 personer. Endast salivprover från 30 deltagare med negativa och 30 med positiva NP-resultat kommer att behandlas. Studien kommer att sluta rekrytera positiva patienter efter att ha erhållit de parade saliv- och NP-resultaten från 30 deltagare som är covid-19-positiva genom NP-test. Studien kommer att sluta aktivt rekrytera negativa patienter efter att ha erhållit de parade saliv- och NP-resultaten från 30 deltagare som är covid-19-negativa genom NP-test. Mer än 30 negativa patienter kan rekryteras i ett försök att fånga 30 positiva patienter.

Rekryteringsinsatser för positiva patienter kommer att genomföras med hjälp av en HIPAA-friskrivning för att identifiera potentiella studiedeltagare, samt rikta in sig på patienter exponerade för och/eller med symtom relaterade till COVID-19 som presenterar sig för COVID-19-testning. HIPAA Waiver kommer att användas för att identifiera patienter (slutenvårdspatienter, öppenvårdspatienter) som har haft ett positivt COVID-19 NP-test under de senaste 72 timmarna. Dessa patienter, liksom andra som kommer att genomgå COVID-19-testning vid DGMC, kommer att informeras om studien.

Patienter som är intresserade av att delta kommer att ta kontakt med studiepersonalen. De som är berättigade att delta kommer att få studiedokument (samtycke och HIPAA-tillståndsformulär), som senare kommer att granskas och undertecknas av patienten och studiepersonalen. Därefter kommer ytterligare information (kontakt, demografi) och ett självinsamlat salivprov att erhållas.

För att minimera kontakten med COVID-19-positiva eller potentiellt infekterade patienter när de undertecknar dokument och erhåller det självinsamlade salivprovet, kommer personalen att bära skrubb (eller laboratorierock), handskar, ögonskydd och N95-mask. Dokument som kräver underskrift kommer att undertecknas av patienten när han bär en mask och håller ett avstånd på minst 6 fot från studiepersonalen eller från deras fordon. Samtyckes- och HIPAA-auktoriseringsformulär kommer att undertecknas. De undertecknade originaldokumenten kommer att underhållas av studiepersonalen och en kopia kommer att ges till deltagaren. Efter att båda dokumenten har undertecknats kommer studiepersonalen att få demografisk (ålder, etnicitet, ras och kön) och kontaktinformation (namn, e-postadress om framtida kontakt önskas), födelsedatum och det självinsamlade salivprovet.

Innan salivprovet samlas in kommer studiepersonalen att säkerställa att deltagaren inte har rökt, ätit eller druckit något under de senaste 10 minuterna. Deltagarna kommer att få en påse för biologisk risk, etikett (med en 6-siffrig numerisk kod), 25 ml plastprovrör utan transportmedium inuti. Ombads sedan att fylla den med cirka 2 ml saliv. Det kommer att finnas en märkning på röret för att säkerställa att tillräckligt med prov samlas in. Deltagaren kommer att instrueras att stänga locket, placera etiketten på utsidan av tuben och sedan lägga den märkta tuben i biofarlig påse. Deltagarna kommer sedan att placera det förpackade provet i en andra påse för biologiska risker som hålls av antingen DGMC eller en medlem av studieteamet. Det självinsamlade salivprovet med dubbelpåsar kommer sedan att placeras i studiekylaren som innehåller ett ispaket. Salivprover kommer sedan att transporteras till CIF i sats.

Efter att ha erhållit de parade saliv- och NP-resultaten från 30 deltagare som är COVID-19-negativa genom NP-test, kommer salivtestning endast att utföras på prover som samlats in från NP-positiva deltagare. Patienter med okänd covid-19-status, inskrivna i ett försök att fånga en covid-19-positiv patient, kommer att ha tillgång till journalen för att hämta NP-resultatet innan salivtestning utförs. Om NP-resultatet är positivt kommer salivtestning att utföras.

Testning kommer att utföras på salivprover med användning av omvänd transkriptionspolymeraskedjereaktion (RTPCR). Naturligt och/eller syntetiskt RNA kommer att förvärvas för användning som en positiv kontroll. RT-PCR kommer att rikta in sig på E-genen och N-genen av SARS-CoV-2.

1. Inom 5 minuter efter provtagningen kommer provet att hållas kallt för stabilisering. En kylare med ett ispaket inuti kommer att tas till den plats där deltagaren tillhandahåller provet. Provet kommer att läggas i en biologisk riskpåse och placeras sedan omedelbart i kylaren för transport till CIF-laboratoriet i batch.
2. Ribonukleinsyraextraktion (RNA) - Inom 12 timmar kommer RNA att extraheras från proverna med Invitrogen PureLink ® Viral RNA/DNA Mini Kit (Life Technologies). Prov-RNA kommer att lagras vid -80oC tills det används.
3. SuperScriptTM III One-Step RT-PCR med PlatinumTM Taq (Life Technologies) kommer att användas för detektion och amplifiering av viralt RNA som finns i prover med Eppendorf Mastercyler Pro S (Eppendorf). Upp till sju primerpar som är baserade från CDC och andra publikationer kommer att användas.18-19 Tre från höljesproteingenen och fyra från nukleokapsidproteingenen.
4. Frysta prover kommer att testas och köras i omgångar.
5. PCR-produkter kommer att utvärderas med gelelektrofores med Mini-Protein® Tetra Cell (Bio-Rad).
6. Sekvensering - Alla PCR-reaktioner som producerar acceptabla amplikoner kommer att lagras vid -80oC för möjlig sekvensbekräftelse med hjälp av ABI 3130 (Life Technologies).

När testningen är klar kommer proverna att alikvoteras och förvaras vid -80oC.

Salivprover kommer att tolkas som negativa, positiva eller osäkra. Negativt kommer att rapporteras när det inte finns någon detektering i något mål; inkonklusive när 1 mål detekteras; och positiv när 2 eller fler mål detekteras.

Studiepersonalen kommer att få tillgång till lab-accessionsnumret som är associerat med varje SARS-CoV-2-positivt NP-resultat för att begära en utskrift, från DGMC:s kliniska labb, av rådata från instrumentet som används för att utföra testning. Denna information kommer att användas för att utvärdera eventuella avvikelser mellan de två testmetoderna.