Selvinnsamlede spyttprøver uten virale transportmedier for COVID-19-testing via RT-PCR

Dette er en beskrivende studie som vil forsøke å validere prosedyren for å oppdage SARS-CoV-2 på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet ved å bruke selvoppsamlet spytt som prøven. Etterforskerne vil beregne prosentavtalen og 95 % konfidensintervaller (dvs. samlet samsvar, prosent positiv samsvar og prosent negativ samsvar) mellom selvinnsamlede spyttprøver (evaluert på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet) og helsepersonell innsamlede nasofaryngeale prøver (evaluert på enten BioFire® FilmArray® Torch®-systemet eller Cepheid® GeneXpert® som gullstandarden). Deltakere uten brukbare resultater for både spytt- og nasofaryngeal metode vil ikke bli inkludert i analysene. For øyeblikket bruker DGMC begge FDAs nødbruksautorisasjonssystemer om hverandre for å teste for SARS-CoV-2.

Ved å bruke frivillige for å oppnå positive og negative nasofaryngeale og spyttprøver av SARS-COV-2, er dette en testvalideringsstudie. Den bruker Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet for å sammenligne testytelsen til spytt som en prøve med standard nasopharyngeal prøve.

Denne protokollen bruker to forskjellige bekvemmelighetsprøver av DGMC-pasienter. Pasienter (dvs. inneliggende pasienter, polikliniske pasienter) med en positiv COVID-19-test i løpet av de siste 72 timene, og de som møter til COVID-19-testing ved DGMC og har negative resultater. Begge pasientgruppene er villige til å gi en spyttprøve for COVID-19-testing innen 72 timer. Populasjonene vil bestå av aktiv tjeneste, DoD-avhengige og pensjonister som er DGMC-pasienter. Denne studien vil omfatte minst 60 personer. Kun spyttprøver fra 30 deltakere med negative og 30 med positive NP-resultater vil bli behandlet. Studien vil slutte å rekruttere positive pasienter etter å ha oppnådd de sammenkoblede spytt- og NP-resultatene fra 30 deltakere som er COVID-19-positive ved NP-test. Studien vil slutte å aktivt rekruttere negative pasienter etter å ha oppnådd de sammenkoblede spytt- og NP-resultatene fra 30 deltakere som er COVID-19-negative ved NP-test. Mer enn 30 negative pasienter kan rekrutteres i et forsøk på å fange opp 30 positive pasienter.

Rekrutteringsarbeid for positive pasienter vil bli utført ved å bruke en HIPAA-fritak for å identifisere potensielle studiedeltakere, samt målrette pasienter utsatt for og/eller med symptomer relatert til COVID-19 som møter opp for COVID-19-testing. HIPAA Waiver vil bli brukt til å identifisere pasienter (stasjonær, poliklinisk) som har hatt en positiv COVID-19 NP-test i løpet av de siste 72 timene. Disse pasientene, så vel som andre som skal ha COVID-19-testing ved DGMC, vil bli informert om studien.

Pasienter som er interessert i å delta vil ta kontakt med studiepersonell. De som er kvalifisert til å delta vil få studiedokumenter (samtykke og HIPAA-autorisasjonsskjema), som senere vil bli gjennomgått og signert av pasienten og studiepersonalet. Deretter vil tilleggsinformasjon (kontakt, demografi) og en selvinnhentet spyttprøve innhentes.

For å minimere kontakt med COVID-19-positive eller potensielt infiserte pasienter når de signerer dokumenter og innhenter den selvinnsamlede spyttprøven, vil personalet bruke skrubber (eller laboratoriefrakk), hansker, øyebeskyttelse og N95-maske. Dokumenter som krever signatur vil bli signert av pasienten mens han har på seg en maske og holder en avstand på minst 6 fot fra studiepersonell eller fra kjøretøyet. Samtykke og HIPAA-autorisasjonsskjemaer vil bli signert. De originale, signerte dokumentene vil bli vedlikeholdt av studiepersonell, og en kopi vil bli gitt til deltakeren. Etter at begge dokumentene er signert, vil studiepersonell innhente demografisk (alder, etnisitet, rase og kjønn) og kontaktinformasjon (navn, e-postadresse hvis fremtidig kontakt er ønsket), fødselsdato og den selvinnsamlede spyttprøven.

Før innsamling av spyttprøven, vil studiepersonell sikre at deltakeren ikke har røykt, spist eller drukket noe de siste 10 minuttene. Deltakerne vil få en biofarepose, etikett (med en 6-sifret tallkode), 25 ml plastprøverør uten transportmedium inni. Deretter bedt om å fylle den med ca. 2 ml spytt. Det vil være en markering på røret for å sikre at en tilstrekkelig prøve er samlet inn. Deltakeren vil bli bedt om å lukke lokket, plassere etiketten på utsiden av røret, og deretter legge det merkede røret i biofareposen. Deltakerne vil deretter plassere prøven i pose i en andre biofarepose som holdes av enten DGMC eller et medlem av studieteamet. Den selvoppsamlede spyttprøven med dobbel pose vil deretter plasseres i studiekjøleren som inneholder en ispose. Spyttprøver vil deretter bli transportert til CIF i batch.

Etter å ha oppnådd de sammenkoblede spytt- og NP-resultatene fra 30 deltakere som er COVID-19-negative ved NP-test, vil spytttesting kun utføres på prøver samlet fra NP-positive deltakere. Pasienter med ukjent COVID-19-status, registrert i et forsøk på å fange en COVID-19-positiv pasient, vil få tilgang til journalen for å hente NP-resultatet før spytttesting. Hvis NP-resultatet er positivt, vil spytttesting bli utført.

Testing vil bli utført på spyttprøver ved bruk av revers-transkripsjonspolymerasekjedereaksjon (RTPCR). Naturlig og/eller syntetisk RNA vil bli anskaffet for bruk som en positiv kontroll. RT-PCR vil målrette mot E-genet og N-genet til SARS-CoV-2.

1. Innen 5 minutter etter prøvetaking vil prøven holdes kaldt for stabilisering. En kjøler med en ispose inni vil bli tatt med til stedet hvor deltakeren gir prøven. Prøven vil bli lagt i en biofarepose, og deretter umiddelbart plassert i kjøleren for transport til CIF-laboratoriet i batch.
2. Ekstraksjon av ribonukleinsyre (RNA) - Innen 12 timer vil RNA bli ekstrahert fra prøvene ved hjelp av Invitrogen PureLink ® Viral RNA/DNA Mini Kit (Life Technologies). Prøve-RNA vil bli lagret ved -80oC til bruk.
3. SuperScriptTM III One-Step RT-PCR med PlatinumTM Taq (Life Technologies) vil bli brukt for deteksjon og amplifikasjon av viralt RNA som finnes i prøver ved bruk av Eppendorf Mastercyler Pro S (Eppendorf). Opptil syv primerpar som er basert fra CDC og andre publikasjoner vil bli brukt.18-19 Tre fra kappeproteingenet og fire fra nukleokapsidproteingenet.
4. Frosne prøver vil bli testet og kjørt i partier.
5. PCR-produkter vil bli evaluert med gelelektroforese ved bruk av Mini-Protein® Tetra Cell (Bio-Rad).
6. Sekvensering - Alle PCR-reaksjoner som produserer akseptable amplikoner vil bli lagret ved -80oC for mulig bekreftelse av sekvensering ved bruk av ABI 3130 (Life Technologies).

Når testingen er fullført, vil prøvene alikvoteres og lagres ved -80oC.

Spyttprøver vil bli tolket som negative, positive eller inkonklusive. Negativ vil bli rapportert når det ikke er deteksjon i noe mål; inkonklusive når 1 mål er oppdaget; og positiv når 2 eller flere mål oppdages.

Studiepersonell vil få tilgang til laboratoriets tilgangsnummer knyttet til hvert SARS-CoV-2-positive NP-resultat for å be om en utskrift, fra DGMCs kliniske laboratorium, av rådataene fra instrumentet som ble brukt til å utføre testing. Denne informasjonen vil bli brukt til å evaluere eventuelle avvik mellom de to testmetodene.