Selvindsamlede spytprøver uden virale transportmedier til COVID-19-test via RT-PCR

Dette er en beskrivende undersøgelse, der vil forsøge at validere proceduren til påvisning af SARS-CoV-2 på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet ved hjælp af selvopsamlet spyt som prøven. Efterforskere vil beregne procent overensstemmelse og 95 % konfidensintervaller (dvs. overordnet overensstemmelse, procent positiv overensstemmelse og procent negativ overensstemmelse) mellem selvindsamlede spytprøver (evalueret på Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet) og sundhedspersonale indsamlede nasopharyngeale prøver (vurderet på enten BioFire® FilmArray® Torch®-systemet eller Cepheid® GeneXpert® som guldstandarden). Deltagere uden brugbare resultater for både spyt- og nasopharyngeale metoder vil ikke indgå i analyserne. I øjeblikket bruger DGMC begge FDA-autorisationssystemer til nødbrug til at teste for SARS-CoV-2.

Ved at bruge frivillige forsøgspersoner til at opnå positive og negative nasopharyngeale og spytprøver af SARS-COV-2, er dette et testvalideringsstudie. Den bruger Eppendorf Thermal Cycler PCR-systemet til at sammenligne testydelsen af ​​spyt som en prøve med standard nasopharyngeal prøve.

Denne protokol anvender to forskellige bekvemmelighedsprøver af DGMC-patienter. Patienter (dvs. indlagte, ambulante patienter) med en positiv COVID-19-test inden for de seneste 72 timer, og dem, der møder op til COVID-19-test på DGMC og har negative resultater. Begge grupper af patienter er villige til at give en spytprøve til COVID-19-test inden for 72 timer. Populationerne vil bestå af aktiv tjeneste, DoD-afhængige og pensionister, der er DGMC-patienter. Denne undersøgelse vil omfatte mindst 60 personer. Kun spytprøver fra 30 deltagere med negative og 30 med positive NP-resultater vil blive behandlet. Studiet vil stoppe med at rekruttere positive patienter efter at have opnået de parrede spyt- og NP-resultater fra 30 deltagere, som er COVID-19-positive ved NP-test. Undersøgelsen vil stoppe aktivt med at rekruttere negative patienter efter at have opnået de parrede spyt- og NP-resultater fra 30 deltagere, som er COVID-19-negative ved NP-test. Mere end 30 negative patienter kan rekrutteres i et forsøg på at fange 30 positive patienter.

Rekrutteringsindsatsen for positive patienter vil blive udført ved at bruge en HIPAA-fritagelse for at identificere potentielle undersøgelsesdeltagere, samt målrette patienter, der er udsat for og/eller med symptomer relateret til COVID-19, som præsenterer sig for COVID-19-test. HIPAA Waiver vil blive brugt til at identificere patienter (indlagte, ambulante), som har haft en positiv COVID-19 NP-test inden for de seneste 72 timer. Disse patienter, såvel som andre, der skal have COVID-19-test på DGMC, vil blive informeret om undersøgelsen.

Patienter, der er interesserede i at deltage, vil tage kontakt til undersøgelsens personale. De berettigede til at deltage vil få udleveret undersøgelsesdokumenter (samtykke og HIPAA-autorisationsformular), som senere vil blive gennemgået og underskrevet af patienten og undersøgelsens personale. Derefter vil der blive indhentet yderligere information (kontakt, demografi) og en selvindsamlet spytprøve.

For at minimere kontakt med COVID-19-positive eller potentielt inficerede patienter, når de underskriver dokumenter og indhenter den selvopsamlede spytprøve, vil personalet bære scrubs (eller en laboratoriefrakke), handsker, øjenbeskyttelse og N95-maske. Dokumenter, der kræver underskrift, vil blive underskrevet af patienten, mens han bærer en maske og holder en afstand på mindst 6 fod fra studiepersonalet eller fra deres køretøj. Samtykke og HIPAA-godkendelsesformularer vil blive underskrevet. De originale, underskrevne dokumenter vil blive vedligeholdt af studiepersonalet, og en kopi vil blive givet til deltageren. Efter at begge dokumenter er blevet underskrevet, vil undersøgelsespersonalet indhente demografiske (alder, etnicitet, race og køn) og kontaktoplysninger (navn, e-mailadresse, hvis fremtidig kontakt ønskes), fødselsdato og den selvopsamlede spytprøve.

Inden spytprøven indsamles, vil undersøgelsespersonalet sikre, at deltageren ikke har røget, spist eller drukket noget i de foregående 10 minutter. Deltagerne får udleveret en biohazard-pose, etiket (med en 6-cifret numerisk kode), 25 ml plastikprøverør uden transportmedium indeni. Derefter bedt om at fylde det med ca. 2 ml spyt. Der vil være en markering på røret for at sikre, at der er indsamlet tilstrækkelig prøve. Deltageren vil blive bedt om at lukke låget, placere etiketten på ydersiden af ​​røret og derefter lægge det mærkede rør i biohazard-posen. Deltagerne vil derefter placere prøven i sække i en anden biofarepose, der opbevares af enten DGMC eller et medlem af undersøgelsesteamet. Den selvopsamlede spytprøve i dobbeltposer vil derefter blive placeret i undersøgelseskøleren indeholdende en ispose. Spytprøver vil derefter blive transporteret til CIF i batch.

Efter opnåelse af de parrede spyt- og NP-resultater fra 30 deltagere, som er COVID-19-negative ved NP-test, vil spyttestning kun blive udført på prøver indsamlet fra NP-positive deltagere. Patienter med ukendt COVID-19-status, der er tilmeldt i et forsøg på at fange en COVID-19-positiv patient, vil have adgang til journalen for at hente NP-resultatet, inden spyttestning udføres. Hvis NP-resultatet er positivt, vil spyttest blive udført.

Testning vil blive udført på spytprøver ved hjælp af revers-transkriptionspolymerasekædereaktion (RTPCR). Naturligt og/eller syntetisk RNA vil blive erhvervet til brug som en positiv kontrol. RT-PCR vil målrette mod E-genet og N-genet af SARS-CoV-2.

1. Inden for 5 minutter efter prøvetagning vil prøven blive holdt kold for stabilisering. En køler med en ispose indeni vil blive taget til det sted, hvor deltageren leverer prøven. Prøven vil blive puttet i en biohazard-pose og derefter straks anbragt i køleren til transport til CIF-laboratoriet i batch.
2. Ribonukleinsyre (RNA) Ekstraktion - Inden for 12 timer vil RNA blive ekstraheret fra prøverne ved hjælp af Invitrogen PureLink ® Viral RNA/DNA Mini Kit (Life Technologies). Prøve-RNA vil blive opbevaret ved -80oC indtil brug.
3. SuperScriptTM III One-Step RT-PCR med PlatinumTM Taq (Life Technologies) vil blive brugt til påvisning og amplifikation af viralt RNA, der findes i prøver ved hjælp af Eppendorf Mastercyler Pro S (Eppendorf). Op til syv primerpar, der er baseret på CDC og andre publikationer, vil blive brugt.18-19 Tre fra kappeproteingenet og fire fra nukleocapsidproteingenet.
4. Frosne prøver vil blive testet og kørt i batches.
5. PCR-produkter vil blive evalueret med gelelektroforese ved hjælp af Mini-Protein® Tetra Cell (Bio-Rad).
6. Sekventering - Alle PCR-reaktioner, der producerer acceptable amplikoner, vil blive opbevaret ved -80oC til mulig bekræftelse af sekventering ved hjælp af ABI 3130 (Life Technologies).

Når testen er afsluttet, vil prøverne blive aliquoteret og opbevaret ved -80oC.

Spytprøver vil blive fortolket som negative, positive eller inkonklusive. Negativ vil blive rapporteret, når der ikke er detektering i noget mål; inkonklusive, når 1 mål er detekteret; og positiv, når 2 eller flere mål detekteres.

Undersøgelsespersonale vil få adgang til laboratoriets adgangsnummer, der er knyttet til hvert SARS-CoV-2-positivt NP-resultat, for at anmode om en udskrift fra DGMC's kliniske laboratorium af rådata fra det instrument, der blev brugt til at udføre testning. Disse oplysninger vil blive brugt til at evaluere eventuelle uoverensstemmelser mellem de to testmetoder.