Échantillons de salive auto-prélevés sans milieu de transport viral pour les tests COVID-19 via RT-PCR

Il s'agit d'une étude descriptive qui tentera de valider la procédure de détection du SRAS-CoV-2 sur le système Eppendorf Thermal Cycler PCR en utilisant la salive auto-collectée comme échantillon. Les enquêteurs calculeront le pourcentage de concordance et les intervalles de confiance à 95 % (c'est-à-dire, la concordance globale, le pourcentage de concordance positive et le pourcentage de concordance négative) entre les échantillons de salive auto-prélevés (évalués sur le système PCR Eppendorf Thermal Cycler) et les échantillons nasopharyngés prélevés par le personnel soignant. (évalué sur le système BioFire® FilmArray® Torch® ou sur le système Cepheid® GeneXpert® comme référence). Les participants sans résultats utilisables pour les méthodes salivaire et nasopharyngée ne seront pas inclus dans les analyses. Actuellement, la DGMC utilise indifféremment les deux systèmes d'autorisation d'utilisation d'urgence de la FDA pour tester le SRAS-CoV-2.

Utilisant des volontaires humains pour obtenir des échantillons nasopharyngés et salivaires positifs et négatifs du SRAS-COV-2, il s'agit d'une étude de validation de test. Il utilise le système Eppendorf Thermal Cycler PCR pour comparer les performances de test de la salive en tant qu'échantillon à l'échantillon nasopharyngé standard.

Ce protocole utilise deux échantillons de commodité différents de patients DGMC. Les patients (c'est-à-dire patients hospitalisés, patients externes) avec un test COVID-19 positif au cours des 72 dernières heures, et ceux qui se présentent pour un test COVID-19 à la DGMC et ont des résultats négatifs. Les deux groupes de patients sont prêts à fournir un échantillon de salive pour le test COVID-19 dans les 72 heures. Les populations seront composées de personnes en service actif, de personnes à charge du DoD et de retraités qui sont des patients DGMC. Cette étude recrutera au moins 60 personnes. Seuls les échantillons de salive de 30 participants avec des résultats négatifs et 30 avec des résultats NP positifs seront traités. L'étude cessera de recruter des patients positifs après avoir obtenu les résultats appariés de salive et de NP de 30 participants positifs au COVID-19 par le test NP. L'étude cessera de recruter activement des patients négatifs après avoir obtenu les résultats appariés de salive et de NP de 30 participants qui sont négatifs au COVID-19 par le test NP. Plus de 30 patients négatifs peuvent être recrutés pour tenter de capturer 30 patients positifs.

Les efforts de recrutement de patients positifs seront menés en utilisant une dérogation HIPAA pour identifier les participants potentiels à l'étude, ainsi qu'en ciblant les patients exposés et/ou présentant des symptômes liés au COVID-19 qui se présentent pour le test COVID-19. La dérogation HIPAA sera utilisée pour identifier les patients (patients hospitalisés, patients externes) qui ont eu un test COVID-19 NP positif au cours des 72 dernières heures. Ces patients, ainsi que d'autres qui subiront un test COVID-19 à la DGMC, seront informés de l'étude.

Les patients intéressés à participer prendront contact avec le personnel de l'étude. Les personnes éligibles à participer recevront des documents d'étude (consentement et formulaire d'autorisation HIPAA), qui seront ensuite examinés et signés par le patient et le personnel de l'étude. Par la suite, des informations supplémentaires (contact, démographiques) et un échantillon de salive auto-prélevé seront obtenus.

Pour minimiser les contacts avec les patients positifs au COVID-19 ou potentiellement infectés lors de la signature des documents et de l'obtention de l'échantillon de salive auto-prélevé, le personnel portera des gommages (ou une blouse de laboratoire), des gants, des lunettes de protection et un masque N95. Les documents nécessitant une signature seront signés par le patient tout en portant un masque et en maintenant une distance d'au moins 6 pieds du personnel de l'étude ou de son véhicule. Les formulaires de consentement et d'autorisation HIPAA seront signés. Les documents originaux signés seront conservés par le personnel de l'étude et une copie sera remise au participant. Une fois les deux documents signés, le personnel de l'étude obtiendra des informations démographiques (âge, origine ethnique, race et sexe) et des informations de contact (nom, adresse e-mail si un contact futur est souhaité), la date de naissance et l'échantillon de salive auto-prélevé.

Avant de prélever l'échantillon de salive, le personnel de l'étude s'assurera que le participant n'a rien fumé, mangé ou bu pendant les 10 minutes précédentes. Les participants recevront un sac biohazard, une étiquette (avec un code numérique à 6 chiffres), un tube d'échantillon en plastique de 25 ml sans milieu de transport à l'intérieur. Puis demandé de le remplir avec environ 2 ml de salive. Il y aura une marque sur le tube pour s'assurer qu'un échantillon suffisant est prélevé. Le participant sera invité à fermer le couvercle, à placer l'étiquette à l'extérieur du tube, puis à placer le tube étiqueté dans le sac à risque biologique. Les participants placeront ensuite le spécimen ensaché dans un deuxième sac à risque biologique détenu par le DGMC ou un membre de l'équipe d'étude. L'échantillon de salive auto-prélevé dans un double sac sera ensuite placé dans la glacière de l'étude contenant un sac de glace. Les échantillons de salive seront ensuite transportés au CIF par lots.

Après avoir obtenu les résultats appariés de salive et de NP de 30 participants qui sont négatifs au COVID-19 par le test NP, les tests de salive ne seront effectués que sur des échantillons prélevés sur des participants NP positifs. Les patients dont le statut COVID-19 est inconnu, inscrits pour tenter de capturer un patient positif au COVID-19, auront accès au dossier médical pour récupérer le résultat NP avant d'effectuer un test de salive. Si le résultat NP est positif, un test de salive sera effectué.

Les tests seront effectués sur des échantillons de salive à l'aide de la réaction en chaîne par polymérase à transcription inverse (RTPCR). L'ARN naturel et/ou synthétique sera acquis pour être utilisé comme contrôle positif. La RT-PCR ciblera le gène E et le gène N du SRAS-CoV-2.

1. Dans les 5 minutes suivant le prélèvement de l'échantillon, l'échantillon sera conservé au froid pour stabilisation. Une glacière avec un sac de glace à l'intérieur sera apportée à l'endroit où le participant fournit l'échantillon. L'échantillon sera placé dans un sac à risque biologique, puis immédiatement placé dans la glacière pour être transporté au laboratoire CIF en lot.
2. Extraction de l'acide ribonucléique (ARN) - Dans les 12 heures, l'ARN sera extrait des échantillons à l'aide du mini kit Invitrogen PureLink ® Viral RNA/DNA (Life Technologies). L'échantillon d'ARN sera stocké à -80 oC jusqu'à son utilisation.
3. La RT-PCR en une étape SuperScriptTM III avec PlatinumTM Taq (Life Technologies) sera utilisée pour la détection et l'amplification de l'ARN viral présent dans les échantillons à l'aide d'Eppendorf Mastercyler Pro S (Eppendorf). Jusqu'à sept paires d'amorces basées sur le CDC et d'autres publications seront utilisées.18-19 Trois du gène de la protéine d'enveloppe et quatre du gène de la protéine de la nucléocapside.
4. Les échantillons congelés seront testés et exécutés par lots.
5. Les produits de PCR seront évalués par électrophorèse sur gel à l'aide de la Mini-Protein® Tetra Cell (Bio-Rad).
6. Séquençage - Toutes les réactions PCR qui produisent des amplicons acceptables seront stockées à -80°C pour une éventuelle confirmation de séquençage à l'aide de l'ABI 3130 (Life Technologies).

Une fois les tests terminés, les échantillons seront aliquotés et conservés à -80 oC.

Les échantillons de salive seront interprétés comme négatifs, positifs ou non concluants. Négatif sera signalé lorsqu'il n'y a aucune détection dans aucune cible ; non concluant lorsqu'une cible est détectée ; et positif lorsque 2 cibles ou plus sont détectées.

Le personnel de l'étude accédera au numéro d'accès au laboratoire associé à chaque résultat de NP positif au SRAS-CoV-2 pour demander une impression, au laboratoire clinique de la DGMC, des données brutes de l'instrument utilisé pour effectuer les tests. Ces informations seront utilisées pour évaluer toute divergence entre les deux méthodes de test.