Möjlighet att använda överskott av qFIT-prover för att undersöka tarmmikrobiotan. (FUTURISTIC)

Vi strävar efter att testa hypotesen att 2 mg avföring suspenderad i buffertreagens i qFIT-kassetten kommer att räcka för att utföra 16S rRNA-gensekvensering och kommer att ge jämförbara resultat med konventionellt insamlade fekala prover, vilket gör det möjligt för oss att studera det stora antalet patienter ' prover tillgängliga från National Bowel Screening Program i framtida studier.

Om vi ​​kunde visa att DNA från denna avföring ger liknande resultat som från konventionellt insamlade prover (t. 15-20 ml avföring samlad i en 30 ml avföringskruka), skulle detta kunna göra det möjligt för oss att studera det stora antalet patientprover som finns tillgängliga från National Bowel Screening Program i framtida studier.

Andra studier har undersökt potentialen för att använda färsk eller fryst kvarvarande FIT-testbuffert istället för intakta avföringsprover för att mäta avföringsmikrobiella egenskaper genom 16S rRNA-gensekvensering, med OC-Auto FIT-patroner (Polymedco Inc) som tillsätter 10 mg avföring till 2 ml buffert, men buffertstabiliteten är lägre än för EXTEL-insamlingsplockarpatronerna (7 dagar mot 32 dagar i rumstemperatur; 28 dagar mot 120 dagar vid 2-8oC).

Vi antar att den lilla mängden avföring suspenderad i buffertreagens i qFIT-kassetten kommer att vara tillräcklig för att utföra 16S rRNA-gensekvensering och kommer att ge jämförbara resultat med konventionellt insamlade fekala prover.

Vi ska:

1. avgöra om 500 ul buffert/avföringsblandning från qFIT-uppsamlingskassetter kommer att ge tillräckligt med DNA för 16S rRNA-gensekvensering eller om 1,5 till 2 ml krävs
2. jämför 16S rRNA-gensekvensering av färsk avföring från 16 mänskliga frivilliga (bearbetade inom 24 timmar) med qFIT-kassetter och konventionella avföringsmetoder
3. bestämma lämpligheten av avföring som samlats in med qFIT, som hålls i kassetten under en tid som motsvarar prover som hanteras i Scottish Bowel Screening Programme, upp till 14 dagar
4. kvantifiera DNA som finns i 100 qFIT-prover överskott till krav från symtomatiska patienter från Aberdeen Royal Infirmary, för att bestämma andelen prover med adekvat DNA för 16S rRNA-gensekvensering.